PDB-8p5j: Kinase domain of mutant human ULK1 in complex with compound WZ4003

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8p5j

タイトル

Kinase domain of mutant human ULK1 in complex with compound WZ4003

要素

Serine/threonine-protein kinase ULK1

キーワード

TRANSFERASE / Autophagy / Unc-like 1 kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

omegasome membrane / neuron projection regeneration / regulation of protein lipidation / negative regulation of collateral sprouting / Atg1/ULK1 kinase complex / positive regulation of autophagosome assembly / phagophore assembly site membrane / piecemeal microautophagy of the nucleus / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.164 Å

データ登録者

Battista, T. / Semrau, M.S. / Heroux, A. / Lolli, G. / Storici, P.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structures of ULK1 in complex with KCGS compounds
著者: Battista, T. / Semrau, M.S. / Lolli, G. / Storici, P.

履歴

登録	2023年5月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年6月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8p5j.cif.gz	235.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8p5j.ent.gz	185.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8p5j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8p5j_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8p5j_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8p5j_validation.xml.gz	24 KB	表示
CIF形式データ	8p5j_validation.cif.gz	34.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p5/8p5j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p5/8p5j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8p5gC 8p5hC 8p5iC 8p5kC 8p5lC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (2) #115 - 2009年7月 β-セクレターゼ (beta-Secretase) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1)

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wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#203 - 2016年11月
アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy)
類似性 (1)
#252 - 2020年12月
C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (2)
#115 - 2009年7月
β-セクレターゼ (beta-Secretase)
類似性 (1)
#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#56 - 2004年8月
カスパーゼ (Caspases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Serine/threonine-protein kinase ULK1

B: Serine/threonine-protein kinase ULK1

ヘテロ分子

65.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Serine/threonine-protein kinase ULK1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
32.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Serine/threonine-protein kinase ULK1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.090, 96.090, 108.900
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 8 - 279 / Label seq-ID: 9 - 280

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Serine/threonine-protein kinase ULK1 / Autophagy-related protein 1 homolog / ATG1 / hATG1 / Unc-51-like kinase 1 分子量: 32121.098 Da / 分子数: 2 / 変異: R245A, E245A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ULK1, KIAA0722 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O75385, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-WYT / ~{N}-[3-[5-chloranyl-2-[[2-methoxy-4-(4-methylpiperazin-1-yl)phenyl]amino]pyrimidin-4-yl]oxyphenyl]propanamide 分子量: 496.989 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₂₉ClN₆O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 272 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.08 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.3-0.8 M NaAcetate pH 6, 20-26% w/v PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.164→63.281 Å / Num. obs: 47753 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.6 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 19.4
反射シェル	解像度: 2.164→2.201 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 2362 / CC_1/2: 0.697 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0405	精密化
XDS		データ削減
pointless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.164→63.281 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / SU B: 4.253 / SU ML: 0.106 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.141 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2001	2331	4.881 %
R_work	0.1676	45422	-
all	0.169	-	-
obs	-	47753	99.937 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.156 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.393 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.029 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.364 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.164→63.281 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4297	0	73	272	4642

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	4518
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	4395
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.525	1.656	6105
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.502	1.58	10117
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.267	5	549
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	11.021	5	36
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.83	10	824
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.799	10	202
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	670
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	5208
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1044
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.221	0.2	822
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.189	0.2	3913
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	2236
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	2488
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.186	0.2	213
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.053	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.12	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.186	0.2	74
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.088	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.997	4.473	2162
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.987	4.473	2162
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.295	8.012	2700
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.294	8.013	2701
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.668	5.113	2356
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.668	5.113	2357
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.439	9.092	3396
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.438	9.092	3397
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.763	43.268	5004
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.76	42.95	4953
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.096	0.05	8556

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09613	0.05008
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09613	0.05008

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.164-2.22	0.272	155	0.251	3330	X-RAY DIFFRACTION	99.914
2.22-2.281	0.267	159	0.228	3235	X-RAY DIFFRACTION	99.8823
2.281-2.347	0.254	153	0.208	3139	X-RAY DIFFRACTION	99.9696
2.347-2.419	0.234	189	0.199	3021	X-RAY DIFFRACTION	100
2.419-2.498	0.25	141	0.193	2965	X-RAY DIFFRACTION	100
2.498-2.586	0.236	130	0.191	2895	X-RAY DIFFRACTION	100
2.586-2.683	0.255	149	0.185	2759	X-RAY DIFFRACTION	100
2.683-2.793	0.222	141	0.181	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
2.793-2.917	0.221	126	0.172	2583	X-RAY DIFFRACTION	100
2.917-3.059	0.186	141	0.165	2426	X-RAY DIFFRACTION	100
3.059-3.224	0.218	141	0.169	2340	X-RAY DIFFRACTION	99.9597
3.224-3.419	0.202	107	0.171	2213	X-RAY DIFFRACTION	100
3.419-3.654	0.21	101	0.172	2122	X-RAY DIFFRACTION	100
3.654-3.945	0.187	104	0.159	1940	X-RAY DIFFRACTION	99.9511
3.945-4.32	0.174	110	0.145	1793	X-RAY DIFFRACTION	99.9475
4.32-4.828	0.161	70	0.128	1663	X-RAY DIFFRACTION	99.9423
4.828-5.569	0.173	78	0.141	1472	X-RAY DIFFRACTION	100
5.569-6.807	0.198	54	0.179	1262	X-RAY DIFFRACTION	100
6.807-9.572	0.144	54	0.144	990	X-RAY DIFFRACTION	99.6183
9.572-63.281	0.201	28	0.182	601	X-RAY DIFFRACTION	98.2812

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