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万見
- PDB-8p4k: Vaccinia Virus palisade layer A10 trimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8p4k
タイトルVaccinia Virus palisade layer A10 trimer
要素Core protein OPG136
キーワードVIRAL PROTEIN / Poxvirus / Vaccinia Virus / core / cryo-electron tomography / AlphaFold
機能・相同性Poxvirus P4A / Poxvirus P4A protein / virion component / structural molecule activity / Major core protein OPG136 precursor
機能・相同性情報
生物種Vaccinia virus Western Reserve (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Datler, J. / Hansen, J.M. / Thader, A. / Schloegl, A. / Hodirnau, V.V. / Schur, F.K.M.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Multi-modal cryo-EM reveals trimers of protein A10 to form the palisade layer in poxvirus cores.
著者: Julia Datler / Jesse M Hansen / Andreas Thader / Alois Schlögl / Lukas W Bauer / Victor-Valentin Hodirnau / Florian K M Schur /
要旨: Poxviruses are among the largest double-stranded DNA viruses, with members such as variola virus, monkeypox virus and the vaccination strain vaccinia virus (VACV). Knowledge about the structural ...Poxviruses are among the largest double-stranded DNA viruses, with members such as variola virus, monkeypox virus and the vaccination strain vaccinia virus (VACV). Knowledge about the structural proteins that form the viral core has remained sparse. While major core proteins have been annotated via indirect experimental evidence, their structures have remained elusive and they could not be assigned to individual core features. Hence, which proteins constitute which layers of the core, such as the palisade layer and the inner core wall, has remained enigmatic. Here we show, using a multi-modal cryo-electron microscopy (cryo-EM) approach in combination with AlphaFold molecular modeling, that trimers formed by the cleavage product of VACV protein A10 are the key component of the palisade layer. This allows us to place previously obtained descriptions of protein interactions within the core wall into perspective and to provide a detailed model of poxvirus core architecture. Importantly, we show that interactions within A10 trimers are likely generalizable over members of orthopox- and parapoxviruses.
履歴
登録2023年5月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年7月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Core protein OPG136
B: Core protein OPG136
C: Core protein OPG136


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)207,2053
ポリマ－207,2053
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Core protein OPG136 / 62 kDa peptide


分子量: 69068.242 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Vaccinia virus Western Reserve (ウイルス)
参照: UniProt: P16715

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Vaccinia virus Western Reserve / タイプ: VIRUS
詳細: Purified from HeLa cells infected with Vaccinia Virus Western Reserve.
Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Vaccinia virus Western Reserve (ウイルス)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
緩衝液pH: 9
詳細: diluted 1:1 with 0.25% Trypsin (final concentration 0.125%) and 1:1 4% paraformaldehyde (final concentration 2%) in 1 mM Tris-HCl.
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1210 mMPotassium chlorideKCl1
21 mMTris hydrochlorideTris-HCl1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Isolated viral cores with some detached soluble monodispersed particles.
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 80 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: Leica GP2

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1250 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 53.04 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
実像数: 9264 / 詳細: 34 frames total.
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン横: 5760 / 縦: 4092

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARC4粒子像選択
2EPU2.13画像取得
4cryoSPARC4CTF補正
5RELION4CTF補正
8UCSF ChimeraX1.5モデルフィッティングrigid body fit
10cryoSPARC4初期オイラー角割当
11RELION4最終オイラー角割当
12cryoSPARC4分類
13RELION4分類
14RELION4３次元再構成
15Rosetta3.13.20220812モデル精密化centroid relax
画像処理詳細: dose weighted and motion corrected
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C3 (3回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: OTHER / 粒子像の数: 24943 / 詳細: Phenix FSCref following density modification / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 詳細: Rosetta relaxation
原子モデル構築詳細: version 2.3 / Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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