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万見
- PDB-8p4i: Cyanide dihydratase from Bacillus pumilus C1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8p4i
タイトルCyanide dihydratase from Bacillus pumilus C1
要素Cyanide dihydratase
キーワードHYDROLASE / Cyanide degrading enzyme
機能・相同性Nitrilase/Cyanide hydratase / Nitrilases / cyanide hydratase signature 1. / Nitrilase/cyanide hydratase, conserved site / nitrilase activity / Carbon-nitrogen hydrolase superfamily / Carbon-nitrogen hydrolase / Carbon-nitrogen hydrolase domain profile. / Carbon-nitrogen hydrolase / Cyanide dihydratase
機能・相同性情報
生物種Bacillus pumilus (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.83 Å
データ登録者Mulelu, A.E. / Reitz, J. / van Rooyen, J.M. / Scheffer, M. / Frangakis, A.S. / Dlamini, L.S. / Woodward, J.D. / Benedik, M.J. / Sewell, B.T.
資金援助 南アフリカ, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation in South Africa 南アフリカ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Role of Histidine Residues in the Oligomerization of Cyanide Dihydratase from Bacillus pumilus C1
著者: Mulelu, A.E. / Reitz, J. / van Rooyen, J. / Scheffer, M. / Frangakis, A.S. / Dlamini, L.S. / Woodward, J.D. / Benedik, M.J. / Sewell, B.T.
履歴
登録2023年5月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Cyanide dihydratase
D: Cyanide dihydratase
F: Cyanide dihydratase
G: Cyanide dihydratase
H: Cyanide dihydratase
I: Cyanide dihydratase
J: Cyanide dihydratase
K: Cyanide dihydratase
L: Cyanide dihydratase
M: Cyanide dihydratase
N: Cyanide dihydratase
O: Cyanide dihydratase
P: Cyanide dihydratase
Q: Cyanide dihydratase
R: Cyanide dihydratase
S: Cyanide dihydratase
U: Cyanide dihydratase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)611,00417
ポリマ－611,00417
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area79630 Å2
ΔGint-438 kcal/mol
Surface area205790 Å2

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要素

#1: タンパク質
Cyanide dihydratase


分子量: 35941.418 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus pumilus (バクテリア) / 遺伝子: cynD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8GGL4

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Wildtype cyanide dihydratase from Bacillus pumilus C1
タイプ: COMPLEX
詳細: Homo-oligomeric 18mer expressed recombinantly without a purification tag.
Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.666 kDa/nm / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Bacillus pumilus (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 5.4
緩衝液成分濃度: 50 mM / 名称: citrate / 式: C6H8O7
試料濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 59.4 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
7Coot0.98.1モデルフィッティング
19PHENIX1.2モデル精密化PHENIX was used to generate a model with better fit into the map
20UCSF ChimeraX1.4モデル精密化The ISOLDE plugin of UCSF ChimeraX was used for further model fitting into the map and obtaining correct geometry
21Coot0.98.1モデル精密化Coot was used to obtain correct residue geometry
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: -77 ° / 軸方向距離/サブユニット: 16.9 Å / らせん対称軸の対称性: C2
3次元再構成解像度: 3.83 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 粒子像の数: 120943 / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00344132
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.53359925
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.195865
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0426290
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0047820

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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