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- PDB-8p2f: Staphylococcus aureus 70S ribosome with elongation factor G locke... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8p2f
タイトルStaphylococcus aureus 70S ribosome with elongation factor G locked with fusidic acid cyclopentane in post-translocational state
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 19
  • (50S ribosomal protein ...) x 28
  • 16S ribosomal RNA
  • 23S ribosomal RNA
  • 5S ribosomal RNA
  • Elongation factor G
  • mRNA
  • tRNA
キーワードRIBOSOME / fusidic acid / EF-G / antibiotic
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosome disassembly / translation elongation factor activity / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity ...ribosome disassembly / translation elongation factor activity / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / cytosolic small ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / RNA binding / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L31 type B / Translation elongation factor EFG/EF2 / : / Elongation factor G, domain III / EFG, domain V / Elongation Factor G, domain II / Elongation Factor G, domain III / Ribosomal protein L25, long-form / Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV / Elongation factor G, domain IV ...Ribosomal protein L31 type B / Translation elongation factor EFG/EF2 / : / Elongation factor G, domain III / EFG, domain V / Elongation Factor G, domain II / Elongation Factor G, domain III / Ribosomal protein L25, long-form / Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Elongation factor G C-terminus / Elongation factor EFG, domain V-like / Elongation factor G C-terminus / EF-G domain III/V-like / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / : / Ribosomal protein S14, type Z / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Elongation factor Tu domain 2 / Ribosomal protein L31 signature. / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / : / Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L32p, bacterial type / : / : / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / 1,4-DIAMINOBUTANE / SPERMIDINE / : / : / : / : / RNA / RNA (> 10) ...GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / 1,4-DIAMINOBUTANE / SPERMIDINE / : / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein uS14B / Small ribosomal subunit protein uS8 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein bL31B / Small ribosomal subunit protein uS4 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Large ribosomal subunit protein bL33A / Small ribosomal subunit protein uS2 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Elongation factor G / Large ribosomal subunit protein bL25 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS15
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.44 Å
データ登録者Gonzalez-Lopez, A. / Selmer, M.
資金援助 スウェーデン, 4件
組織認可番号国
Other private スウェーデン
Other government スウェーデン
Swedish Research Council2016-06264 スウェーデン
Swedish Research Council2022-04511 スウェーデン
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2024
タイトル: Structures of the Staphylococcus aureus ribosome inhibited by fusidic acid and fusidic acid cyclopentane.
著者: Adrián González-López / Daniel S D Larsson / Ravi Kiran Koripella / Brett N Cain / Martin Garcia Chavez / Paul J Hergenrother / Suparna Sanyal / Maria Selmer /
要旨: The antibiotic fusidic acid (FA) is used to treat Staphylococcus aureus infections. It inhibits protein synthesis by binding to elongation factor G (EF-G) and preventing its release from the ribosome ...The antibiotic fusidic acid (FA) is used to treat Staphylococcus aureus infections. It inhibits protein synthesis by binding to elongation factor G (EF-G) and preventing its release from the ribosome after translocation. While FA, due to permeability issues, is only effective against gram-positive bacteria, the available structures of FA-inhibited complexes are from gram-negative model organisms. To fill this knowledge gap, we solved cryo-EM structures of the S. aureus ribosome in complex with mRNA, tRNA, EF-G and FA to 2.5 Å resolution and the corresponding complex structures with the recently developed FA derivative FA-cyclopentane (FA-CP) to 2.0 Å resolution. With both FA variants, the majority of the ribosomal particles are observed in chimeric state and only a minor population in post-translocational state. As expected, FA binds in a pocket between domains I, II and III of EF-G and the sarcin-ricin loop of 23S rRNA. FA-CP binds in an identical position, but its cyclopentane moiety provides additional contacts to EF-G and 23S rRNA, suggesting that its improved resistance profile towards mutations in EF-G is due to higher-affinity binding. These high-resolution structures reveal new details about the S. aureus ribosome, including confirmation of many rRNA modifications, and provide an optimal starting point for future structure-based drug discovery on an important clinical drug target.
履歴
登録2023年5月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
1: 50S ribosomal protein L28
2: 50S ribosomal protein L29
3: 50S ribosomal protein L30
4: 50S ribosomal protein L31 type B
5: 50S ribosomal protein L32
6: 50S ribosomal protein L33 1
7: 50S ribosomal protein L34
8: 50S ribosomal protein L35
9: 50S ribosomal protein L36
A: 23S ribosomal RNA
B: 5S ribosomal RNA
D: tRNA
E: Elongation factor G
F: tRNA
G: 50S ribosomal protein L2
H: 50S ribosomal protein L3
I: 50S ribosomal protein L4
J: 50S ribosomal protein L5
K: 50S ribosomal protein L6
M: 50S ribosomal protein L13
N: 50S ribosomal protein L14
O: 50S ribosomal protein L15
P: 50S ribosomal protein L16
Q: 50S ribosomal protein L17
R: 50S ribosomal protein L18
S: 50S ribosomal protein L19
T: 50S ribosomal protein L20
U: 50S ribosomal protein L21
V: 50S ribosomal protein L22
W: 50S ribosomal protein L23
X: 50S ribosomal protein L24
Y: 50S ribosomal protein L25
Z: 50S ribosomal protein L27
a: 16S ribosomal RNA
b: mRNA
c: 30S ribosomal protein S2
d: 30S ribosomal protein S3
e: 30S ribosomal protein S4
f: 30S ribosomal protein S5
g: 30S ribosomal protein S6
h: 30S ribosomal protein S7
i: 30S ribosomal protein S8
j: 30S ribosomal protein S9
k: 30S ribosomal protein S10
l: 30S ribosomal protein S11
m: 30S ribosomal protein S12
n: 30S ribosomal protein S13
o: 30S ribosomal protein S14 type Z
p: 30S ribosomal protein S15
q: 30S ribosomal protein S16
r: 30S ribosomal protein S17
s: 30S ribosomal protein S18
t: 30S ribosomal protein S19
u: 30S ribosomal protein S20
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,275,201207
ポリマ－2,270,21854
非ポリマー4,983153
水29,1661619
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area280290 Å2
ΔGint-3498 kcal/mol
Surface area782430 Å2

-
要素

+
50S ribosomal protein ... , 28種, 28分子 123456789GHIJKMNOPQRSTUVWXYZ

#1: タンパク質 50S ribosomal protein L28


分子量: 6995.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
株: 8325-4 / 参照: UniProt: Q2FZ60
#2: タンパク質 50S ribosomal protein L29


分子量: 8105.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
株: 8325-4 / 参照: UniProt: Q2FW14
#3: タンパク質 50S ribosomal protein L30


分子量: 6565.683 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
株: 8325-4 / 参照: UniProt: P0A0G2
#4: タンパク質 50S ribosomal protein L31 type B


分子量: 9737.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
株: 8325-4 / 参照: UniProt: Q2FWD8
#5: タンパク質 50S ribosomal protein L32


分子量: 6500.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
株: 8325-4 / 参照: UniProt: Q2FZF1
#6: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L33 1


分子量: 5944.937 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
株: 8325-4 / 参照: UniProt: Q2FYU6
#7: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34


分子量: 5454.642 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
株: 8325-4 / 参照: UniProt: Q2FUQ0
#8: タンパク質 50S ribosomal protein L35


分子量: 7722.368 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
株: 8325-4 / 参照: UniProt: Q2FXQ0
#9: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36


分子量: 4318.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
株: 8325-4 / 参照: UniProt: Q2FW29
#14: タンパク質 50S ribosomal protein L2


分子量: 30217.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
株: 8325-4 / 参照: UniProt: P60430
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L3


分子量: 23760.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
株: 8325-4 / 参照: UniProt: Q2FW06
#16: タンパク質 50S ribosomal protein L4


分子量: 22495.697 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
株: 8325-4 / 参照: UniProt: Q2FW07
#17: タンパク質 50S ribosomal protein L5


分子量: 20296.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
株: 8325-4 / 参照: UniProt: Q2FW18
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L6


分子量: 19818.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
株: 8325-4 / 参照: UniProt: Q2FW21
#19: タンパク質 50S ribosomal protein L13


分子量: 16359.427 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
株: 8325-4 / 参照: UniProt: Q2FW38
#20: タンパク質 50S ribosomal protein L14


分子量: 13157.342 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
株: 8325-4 / 参照: UniProt: Q2FW16
#21: タンパク質 50S ribosomal protein L15


分子量: 15628.890 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
株: 8325-4 / 参照: UniProt: P0A0F8
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L16


分子量: 16274.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
株: 8325-4 / 参照: UniProt: Q2FW13
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L17


分子量: 13771.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
株: 8325-4 / 参照: UniProt: Q2FW33
#24: タンパク質 50S ribosomal protein L18


分子量: 13124.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
株: 8325-4 / 参照: UniProt: Q2FW22
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L19


分子量: 13392.771 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
株: 8325-4 / 参照: UniProt: Q2FZ42
#26: タンパク質 50S ribosomal protein L20


分子量: 13720.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
株: 8325-4 / 参照: UniProt: Q2FXQ1
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L21


分子量: 11354.081 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
株: 8325-4 / 参照: UniProt: Q2FXS8
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L22


分子量: 12857.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
株: 8325-4 / 参照: UniProt: Q2FW11
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L23


分子量: 10625.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
株: 8325-4 / 参照: UniProt: Q2FW08
#30: タンパク質 50S ribosomal protein L24


分子量: 11561.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
株: 8325-4 / 参照: UniProt: Q2FW17
#31: タンパク質 50S ribosomal protein L25 / General stress protein CTC


分子量: 23810.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
株: 8325-4 / 参照: UniProt: Q2G0S0
#32: タンパク質 50S ribosomal protein L27


分子量: 10334.798 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
株: 8325-4 / 参照: UniProt: Q2FXT0

-
RNA鎖 , 5種, 6分子 ABDFab

#10: RNA鎖 23S ribosomal RNA


分子量: 946782.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
株: 8325-4 / 参照: GenBank: CP000253
#11: RNA鎖 5S ribosomal RNA


分子量: 36974.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
株: 8325-4 / 参照: GenBank: CP000253.1
#12: RNA鎖 tRNA


分子量: 24802.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 1848851804
#33: RNA鎖 16S ribosomal RNA


分子量: 503117.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
株: 8325-4 / 参照: GenBank: CP000253
#34: RNA鎖 mRNA


分子量: 7889.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)

-
タンパク質 , 1種, 1分子 E

#13: タンパク質 Elongation factor G / EF-G


分子量: 76699.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: fusA, SAOUHSC_00529 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2G0N1

-
30S ribosomal protein ... , 19種, 19分子 cdefghijklmnopqrstu

#35: タンパク質 30S ribosomal protein S2


分子量: 29136.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
株: 8325-4 / 参照: UniProt: Q2FZ25
#36: タンパク質 30S ribosomal protein S3


分子量: 24143.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
株: 8325-4 / 参照: UniProt: Q2FW12
#37: タンパク質 30S ribosomal protein S4


分子量: 23051.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
株: 8325-4 / 参照: UniProt: Q2FXK6
#38: タンパク質 30S ribosomal protein S5


分子量: 17770.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
株: 8325-4 / 参照: UniProt: Q2FW23
#39: タンパク質 30S ribosomal protein S6


分子量: 11613.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
株: 8325-4 / 参照: UniProt: Q2G113
#40: タンパク質 30S ribosomal protein S7


分子量: 17826.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
株: 8325-4 / 参照: UniProt: P48940
#41: タンパク質 30S ribosomal protein S8


分子量: 14854.315 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
株: 8325-4 / 参照: UniProt: Q2FW20
#42: タンパク質 30S ribosomal protein S9


分子量: 14856.987 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
株: 8325-4 / 参照: UniProt: Q2FW39
#43: タンパク質 30S ribosomal protein S10


分子量: 11598.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
株: 8325-4 / 参照: UniProt: A0A0D1JTN2
#44: タンパク質 30S ribosomal protein S11


分子量: 13907.978 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
株: 8325-4 / 参照: UniProt: Q2FW31
#45: タンパク質 30S ribosomal protein S12


分子量: 15320.870 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
株: 8325-4 / 参照: UniProt: P0A0H0
#46: タンパク質 30S ribosomal protein S13


分子量: 13747.919 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
株: 8325-4 / 参照: UniProt: Q2FW30
#47: タンパク質 30S ribosomal protein S14 type Z


分子量: 7317.769 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
株: 8325-4 / 参照: UniProt: Q2FW19
#48: タンパク質 30S ribosomal protein S15


分子量: 10634.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
株: 8325-4 / 参照: UniProt: Q2G2Q1
#49: タンパク質 30S ribosomal protein S16


分子量: 10253.886 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
株: 8325-4 / 参照: UniProt: Q2FZ45
#50: タンパク質 30S ribosomal protein S17


分子量: 10196.888 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
株: 8325-4 / 参照: UniProt: Q2FW15
#51: タンパク質 30S ribosomal protein S18


分子量: 9332.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
株: 8325-4 / 参照: UniProt: Q2G111
#52: タンパク質 30S ribosomal protein S19


分子量: 10639.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
株: 8325-4 / 参照: UniProt: Q2FW10
#53: タンパク質 30S ribosomal protein S20


分子量: 9039.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
株: 8325-4 / 参照: UniProt: Q2FXY6

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非ポリマー , 8種, 1772分子

#54: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#55: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#56: 化合物 ChemComp-SPD / SPERMIDINE / N-(2-AMINO-PROPYL)-1,4-DIAMINOBUTANE / PA(34) / スペルミジン


分子量: 145.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H19N3
#57: 化合物 ChemComp-PUT / 1,4-DIAMINOBUTANE / PUTRESCINE / プトレシン


分子量: 88.151 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12N2
#58: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#59: 化合物 ChemComp-WUX / 2-[(3~{R},4~{S},5~{S},8~{S},9~{S},10~{S},11~{R},13~{S},14~{S},16~{S})-16-acetyloxy-4,8,10,14-tetramethyl-3,11-bis(oxidanyl)-1,2,3,4,5,6,7,9,11,12,13,15,16,17-tetradecahydrocyclopenta[a]phenanthren-17-yl]-5-cyclopentyl-pentanoic acid


分子量: 546.778 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H54O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#60: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#61: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1619 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Staphylococcus aureus 70S ribosome with elongation factor G and fusidic acid cyclopentane
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#53 / 由来: NATURAL
分子量値: 2.6 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
株: 8325-4
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHEPES-KOHC8H18N2O4S1
295 mMPotassium chlorideKCl1
35 mMAmmonium chlorideNH4Cl1
45 mMMagnesium acetateMg(OAc)21
50.5 mMCalcium chlorideCaCl21
68 mMPutrescine(CH2)4(NH2)21
71 mMSpermidineC7H19N31
80.4 mMFusidic acid cyclopentaneC33H50O6Na1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 165000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1300 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm / Calibrated defocus min: 200 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2400 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 2.23 sec. / 電子線照射量: 27.77 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 17252
電子光学装置エネルギーフィルター名称: TFS Selectris / エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.0.2粒子像選択
2EPU3.2.0画像取得
4cryoSPARC4.0.2CTF補正
7UCSF ChimeraX1.5モデルフィッティング
9cryoSPARC4.0.2初期オイラー角割当
10cryoSPARC4.1.2最終オイラー角割当
11cryoSPARC4.1.2分類
12cryoSPARC4.1.2３次元再構成
19Coot0.9.8.5モデル精密化
20PHENIX1.20.1-4487-000モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 559995
3次元再構成解像度: 2.44 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 40800 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 4 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB-IDPDB chain-IDAccession codeInitial refinement model-IDChain-ID
17NHM

7nhm

7NHM1
22XEX

2xex

E2XEX2E
37SSD

7ssd

D7SSD3D
47K00

7k00

F7K004F
精密化交差検証法: NONE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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