PDB-8p1x: TarM(Se)_G117R-UDP-glucose

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8p1x

タイトル

TarM(Se)_G117R-UDP-glucose

要素

TarM(Se)

キーワード

TRANSFERASE / Staphylococcus epidermidis / glycosyltransferase / GT-B fold / alpha-O-glucose / wall teichoic acid

機能・相同性

TRIETHYLENE GLYCOL / PHOSPHATE ION / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE

機能・相同性情報

生物種

Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換 / 解像度: 2.03 Å

データ登録者

Guo, Y. / Stehle, T.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023
タイトル: Invasive Staphylococcus epidermidis uses a unique processive wall teichoic acid glycosyltransferase to evade immune recognition.
著者: Guo, Y. / Du, X. / Krusche, J. / Beck, C. / Ali, S. / Walter, A. / Winstel, V. / Mayer, C. / Codee, J.D.C. / Peschel, A. / Stehle, T.

履歴

登録	2023年5月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年12月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8p1x.cif.gz	128.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8p1x.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8p1x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8p1x_validation.pdf.gz	765.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8p1x_full_validation.pdf.gz	769 KB	表示
XML形式データ	8p1x_validation.xml.gz	22.3 KB	表示
CIF形式データ	8p1x_validation.cif.gz	32.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/8p1x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/8p1x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qd7C 7qh9C 7qntC 8p20C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: TarM(Se)

ヘテロ分子

61 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.650, 88.730, 98.050
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質	TarM(Se) 分子量: 59652.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

-
非ポリマー , 7種, 300分子

#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 化合物	ChemComp-UPG / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE GLUCOPYRANOSYL-MONOPHOSPHATE ESTER / UDP-グルコ-ス分子量: 566.302 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₄N₂O₁₇P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 290 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.48 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9 詳細: 10% PEG 20 000, 25% PEG MME 550, 0.1 M MES/imidazole, pH 6.9, 0.03 M NaNO3, 0.03 M Na2HPO4, 0.03 M (NH4)2SO4. PH範囲: 6.2-8.1

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.03→49.03 Å / Num. obs: 33765 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.2 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15.64
反射シェル	解像度: 2.03→2.08 Å / Num. unique obs: 2443 / CC_1/2: 0.52 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換 / 解像度: 2.03→49.025 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 3.068 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.046 / ESU R Free: 0.038 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2381	1689	5.002 %
R_work	0.2012	32075	-
all	0.203	-	-
obs	-	33764	99.976 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.271 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.034 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.139 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-3.895 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.03→49.025 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3847	0	81	290	4218

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	3993
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3591
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.143	1.642	5395
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.341	1.573	8304
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.562	5	491
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.614	23.915	189
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.39	15	684
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.389	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.058	0.2	546
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	4391
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	811
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.179	0.2	695
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.181	0.2	3270
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.164	0.2	1944
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.073	0.2	1809
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.137	0.2	204
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.233	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.168	0.2	55
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.178	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.674	12.42	1967
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.654	12.417	1966
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.632	16.748	2457
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.632	16.751	2458
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.948	12.893	2026
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.947	12.892	2027
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.093	17.157	2938
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.092	17.156	2939
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.052	70.998	16720
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.052	70.996	16721

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.03-2.083	0.314	122	0.265	2315	X-RAY DIFFRACTION	99.877
2.083-2.14	0.312	119	0.237	2257	X-RAY DIFFRACTION	99.9579
2.14-2.201	0.301	117	0.247	2224	X-RAY DIFFRACTION	100
2.201-2.269	0.246	114	0.226	2168	X-RAY DIFFRACTION	99.9562
2.269-2.343	0.261	110	0.23	2091	X-RAY DIFFRACTION	100
2.343-2.425	0.264	106	0.219	2016	X-RAY DIFFRACTION	100
2.425-2.517	0.287	102	0.208	1934	X-RAY DIFFRACTION	100
2.517-2.619	0.238	99	0.203	1884	X-RAY DIFFRACTION	100
2.619-2.735	0.257	96	0.209	1815	X-RAY DIFFRACTION	99.9477
2.735-2.868	0.274	92	0.222	1746	X-RAY DIFFRACTION	100
2.868-3.023	0.283	87	0.218	1652	X-RAY DIFFRACTION	100
3.023-3.205	0.241	82	0.204	1570	X-RAY DIFFRACTION	100
3.205-3.426	0.231	78	0.203	1485	X-RAY DIFFRACTION	100
3.426-3.699	0.251	73	0.188	1388	X-RAY DIFFRACTION	100
3.699-4.049	0.194	68	0.169	1276	X-RAY DIFFRACTION	99.9257
4.049-4.524	0.179	61	0.156	1172	X-RAY DIFFRACTION	100
4.524-5.216	0.16	55	0.156	1042	X-RAY DIFFRACTION	100
5.216-6.37	0.246	47	0.22	894	X-RAY DIFFRACTION	100
6.37-8.934	0.212	38	0.21	709	X-RAY DIFFRACTION	99.8663
8.934-49.025	0.312	23	0.221	437	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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