PDB-8p1v: Crystal structure of human methionine adenosyltransferase 2A (MAT...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8p1v

タイトル

Crystal structure of human methionine adenosyltransferase 2A (MAT2A) in complex with SAM and allosteric compound 2

要素

S-adenosylmethionine synthase isoform type-2

キーワード

TRANSFERASE / METHIONINE ADENOSYLTRANSFERASE / S-ADENOSYLMETHIONINE SYNTHASE ISOFORM 2 TYPE-2 / SAM / ALLOSTERIC INHIBITOR

機能・相同性

機能・相同性情報

methionine adenosyltransferase complex / methionine adenosyltransferase / methionine adenosyltransferase activity / S-adenosylmethionine biosynthetic process / protein heterooligomerization / Methylation / cellular response to methionine / protein hexamerization / small molecule binding / positive regulation of TORC1 signaling ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.54 Å

データ登録者

Thomsen, M. / Thieulin-Pardo, G. / Neumann, L.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2023
タイトル: Discovery of novel methionine adenosyltransferase 2A (MAT2A) allosteric inhibitors by structure-based virtual screening.
著者: Kalliokoski, T. / Kettunen, H. / Kumpulainen, E. / Kettunen, E. / Thieulin-Pardo, G. / Neumann, L. / Thomsen, M. / Paul, R. / Malyutina, A. / Georgiadou, M.

履歴

登録	2023年5月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年8月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8p1v.cif.gz	178 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8p1v.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8p1v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/8p1v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/8p1v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8p1tC 8p1wC 8p4hC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: S-adenosylmethionine synthase isoform type-2

ヘテロ分子

46.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: S-adenosylmethionine synthase isoform type-2

ヘテロ分子

AAA: S-adenosylmethionine synthase isoform type-2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
93.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.935, 93.812, 116.773
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-551- HOH
2	1	AAA-608- HOH
3	1	AAA-781- HOH
4	1	AAA-881- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質	S-adenosylmethionine synthase isoform type-2 / AdoMet synthase 2 / Methionine adenosyltransferase 2 / MAT 2 / Methionine adenosyltransferase II / MAT-II 分子量: 45703.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAT2A, AMS2, MATA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31153, methionine adenosyltransferase

#1: タンパク質

S-adenosylmethionine synthase isoform type-2 / AdoMet synthase 2 / Methionine adenosyltransferase 2 / MAT 2 / Methionine adenosyltransferase II / MAT-II

分子量: 45703.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAT2A, AMS2, MATA2 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31153, methionine adenosyltransferase

-
非ポリマー , 5種, 402分子

#2: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE 分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S
#3: 化合物	ChemComp-WIV / 6-cyclopropyl-~{N}-(2-methylindazol-5-yl)-1-propan-2-yl-pyrazolo[3,4-b]pyridine-4-carboxamide 分子量: 374.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₂N₆O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 392 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.57 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0.10 M HEPES pH 8.0, 8 - 12%(v/v) Ethylene glycol, 8 - 10.0% (w/v) PEG8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 1.1807 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1807 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.54→73.13 Å / Num. obs: 55294 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.7 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.092 / R_pim(I) all: 0.033 / R_sym value: 0.085 / Net I/σ(I): 14.4
反射シェル	解像度: 1.54→1.57 Å / R_merge(I) obs: 1.247 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 2721 / CC_1/2: 0.651 / R_pim(I) all: 0.437 / R_sym value: 1.1651

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
autoPROC		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.54→73.13 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 4.765 / SU ML: 0.072 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.11 / ESU R Free: 0.086 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2065	3914	7.182 %
R_work	0.1624	50587	-
all	0.166	-	-
obs	-	54501	98.271 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.651 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.913 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.854 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.059 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.54→73.13 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2972	0	75	392	3439

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	3168
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.009	0.017	2999
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.37	1.66	4304
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.372	1.594	6917
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.979	5	401
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.68	22.215	158
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.293	15.028	531
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	51.259	20	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.454	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.849	20	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_6_deg	26.01	20	1
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	408
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3629
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	697
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.189	0.2	597
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.17	0.2	2798
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.153	0.2	1473
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.068	0.2	1329
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.159	0.2	304
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.021	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.122	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.147	0.2	127
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.187	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.105	1.697	1574
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.107	1.697	1574
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.409	2.555	1979
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.409	2.555	1980
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.632	1.962	1594
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.632	1.963	1595
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.91	2.845	2320
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.91	2.846	2321
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.436	22.125	3608
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	2.695	21.024	3499
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.18	3	6164

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.54-1.58	0.296	286	0.247	3794	X-RAY DIFFRACTION	99.7799
1.58-1.623	0.258	271	0.215	3644	X-RAY DIFFRACTION	99.9489
1.623-1.67	0.23	300	0.188	3539	X-RAY DIFFRACTION	100
1.67-1.722	0.257	244	0.2	3481	X-RAY DIFFRACTION	99.9732
1.722-1.778	0.216	256	0.152	3396	X-RAY DIFFRACTION	99.9726
1.778-1.841	0.196	254	0.128	3252	X-RAY DIFFRACTION	99.886
1.841-1.91	0.355	223	0.288	2948	X-RAY DIFFRACTION	93.5674
1.91-1.988	0.303	211	0.288	2779	X-RAY DIFFRACTION	92.0566
1.988-2.076	0.288	224	0.247	2830	X-RAY DIFFRACTION	97.2302
2.076-2.177	0.184	236	0.121	2725	X-RAY DIFFRACTION	98.1113
2.177-2.295	0.301	173	0.26	2437	X-RAY DIFFRACTION	91.2268
2.295-2.434	0.164	198	0.105	2509	X-RAY DIFFRACTION	99.9262
2.434-2.602	0.173	184	0.098	2360	X-RAY DIFFRACTION	99.8822
2.602-2.81	0.198	164	0.125	2216	X-RAY DIFFRACTION	99.4567
2.81-3.078	0.157	150	0.104	2056	X-RAY DIFFRACTION	99.9547
3.078-3.441	0.175	145	0.128	1850	X-RAY DIFFRACTION	99.7999
3.441-3.971	0.168	121	0.141	1615	X-RAY DIFFRACTION	98.0791
3.971-4.86	0.13	136	0.113	1404	X-RAY DIFFRACTION	99.9351
4.86-6.859	0.191	76	0.173	1113	X-RAY DIFFRACTION	99.8321
6.859-73.13	0.217	62	0.179	639	X-RAY DIFFRACTION	99.1513

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