PDB-8p1t: Crystal structure of human methionine adenosyltransferase 2A (MAT...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8p1t

タイトル

Crystal structure of human methionine adenosyltransferase 2A (MAT2A) in complex with SAM and allosteric inhibitor Z237451470

要素

S-adenosylmethionine synthase isoform type-2

キーワード

TRANSFERASE / METHIONINE ADENOSYLTRANSFERASE / S-ADENOSYLMETHIONINE SYNTHASE ISOFORM 2 TYPE-2 / SAM / ALLOSTERIC INHIBITOR

機能・相同性

機能・相同性情報

methionine adenosyltransferase complex / methionine adenosyltransferase / methionine adenosyltransferase activity / S-adenosylmethionine biosynthetic process / protein heterooligomerization / Methylation / cellular response to methionine / protein hexamerization / small molecule binding / positive regulation of TORC1 signaling ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.442 Å

データ登録者

Thomsen, M. / Thieulin-Pardo, G. / Neumann, L.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2023
タイトル: Discovery of novel methionine adenosyltransferase 2A (MAT2A) allosteric inhibitors by structure-based virtual screening.
著者: Kalliokoski, T. / Kettunen, H. / Kumpulainen, E. / Kettunen, E. / Thieulin-Pardo, G. / Neumann, L. / Thomsen, M. / Paul, R. / Malyutina, A. / Georgiadou, M.

履歴

登録	2023年5月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年8月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8p1t.cif.gz	184 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8p1t.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8p1t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/8p1t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/8p1t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8p1vC 8p1wC 8p4hC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: S-adenosylmethionine synthase isoform type-2

ヘテロ分子

46.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: S-adenosylmethionine synthase isoform type-2

ヘテロ分子

AAA: S-adenosylmethionine synthase isoform type-2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
93.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.858, 93.482, 116.793
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-615- HOH
2	1	AAA-628- HOH
3	1	AAA-818- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質	S-adenosylmethionine synthase isoform type-2 / AdoMet synthase 2 / Methionine adenosyltransferase 2 / MAT 2 / Methionine adenosyltransferase II / MAT-II 分子量: 45703.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAT2A, AMS2, MATA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31153, methionine adenosyltransferase

#1: タンパク質

S-adenosylmethionine synthase isoform type-2 / AdoMet synthase 2 / Methionine adenosyltransferase 2 / MAT 2 / Methionine adenosyltransferase II / MAT-II

分子量: 45703.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAT2A, AMS2, MATA2 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31153, methionine adenosyltransferase

-
非ポリマー , 6種, 425分子

#2: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE 分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S
#3: 化合物	ChemComp-WJL / 6-cyclopropyl-~{N}-(1~{H}-indazol-5-yl)-1-propan-2-yl-pyrazolo[3,4-b]pyridine-4-carboxamide 分子量: 360.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₀N₆O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 415 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.3 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0.10 M HEPES pH 8.0, 8 - 12%(v/v) Ethylene glycol, 8 - 10.0% (w/v) PEG8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 1.1807 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1807 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.44→54.98 Å / Num. obs: 67105 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8 % / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.097 / R_pim(I) all: 0.034 / R_sym value: 0.09 / Net I/σ(I): 14.1
反射シェル	解像度: 1.44→1.47 Å / R_merge(I) obs: 1.616 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 3302 / CC_1/2: 0.614 / R_pim(I) all: 0.568 / R_sym value: 1.511

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.442→54.976 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.985 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.978 / WR_factor R_free: 0.138 / WR_factor R_work: 0.108 / SU B: 2.53 / SU ML: 0.04 / Average fsc free: 0.9359 / Average fsc work: 0.9423 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.061 / ESU R Free: 0.054 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1513	4755	7.086 %
R_work	0.1175	62345	-
all	0.12	-	-
obs	-	67100	99.982 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.737 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.141 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.342 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.799 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.442→54.976 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2972	0	80	415	3467

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	3308
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.009	0.017	3121
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.404	1.662	4517
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.468	1.593	7207
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.859	5	431
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.799	21.914	162
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.283	15.027	547
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	50.756	20	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.641	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	11	20	2
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	424
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3871
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	735
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	689
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.181	0.2	3006
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.161	0.2	1565
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.073	0.2	1385
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.125	0.2	357
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.065	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.143	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.155	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.16	0.2	137
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.197	0.2	59
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.103	1.52	1658
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.103	1.521	1658
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.391	2.294	2111
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.391	2.294	2112
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.53	1.778	1650
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.529	1.779	1651
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.88	2.564	2403
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.88	2.565	2404
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.078	20.291	3892
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	2.487	19.246	3767
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.983	3	6425

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.442-1.479	0.294	327	0.275	4545	X-RAY DIFFRACTION	99.959
1.479-1.52	0.254	346	0.229	4460	X-RAY DIFFRACTION	99.9584
1.52-1.564	0.233	337	0.201	4300	X-RAY DIFFRACTION	99.9784
1.564-1.612	0.197	299	0.171	4249	X-RAY DIFFRACTION	100
1.612-1.665	0.19	302	0.143	4070	X-RAY DIFFRACTION	99.9771
1.665-1.723	0.159	309	0.125	3947	X-RAY DIFFRACTION	100
1.723-1.788	0.166	313	0.117	3814	X-RAY DIFFRACTION	100
1.788-1.861	0.166	280	0.103	3659	X-RAY DIFFRACTION	100
1.861-1.944	0.134	267	0.091	3552	X-RAY DIFFRACTION	100
1.944-2.038	0.126	256	0.086	3363	X-RAY DIFFRACTION	100
2.038-2.149	0.141	248	0.088	3213	X-RAY DIFFRACTION	100
2.149-2.279	0.126	254	0.082	3037	X-RAY DIFFRACTION	99.9696
2.279-2.436	0.123	225	0.083	2865	X-RAY DIFFRACTION	100
2.436-2.631	0.144	203	0.094	2687	X-RAY DIFFRACTION	99.9654
2.631-2.882	0.129	189	0.095	2471	X-RAY DIFFRACTION	100
2.882-3.221	0.127	173	0.104	2244	X-RAY DIFFRACTION	100
3.221-3.718	0.147	131	0.118	2035	X-RAY DIFFRACTION	99.9539
3.718-4.551	0.134	118	0.11	1715	X-RAY DIFFRACTION	100
4.551-6.423	0.16	114	0.142	1329	X-RAY DIFFRACTION	100
6.423-54.976	0.15	64	0.163	790	X-RAY DIFFRACTION	99.6499

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

-
非ポリマー , 6種, 425分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

-非ポリマー , 6種, 425分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

-
非ポリマー , 6種, 425分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)