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- PDB-8p1k: Structure of hantaan orthohantavirus (HTNV) polymerase - Apo core... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8p1k
タイトルStructure of hantaan orthohantavirus (HTNV) polymerase - Apo core endonuclease
要素RNA-directed RNA polymerase L
キーワードVIRAL PROTEIN / RNA-dependent RNA polymerase / HTNV / Hantaan orthohantavirus / Bunyavirales / Hantaviridae.
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA-templated viral transcription / negative stranded viral RNA replication / cap snatching / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell perinuclear region of cytoplasm / RNA-directed RNA polymerase / nucleotide binding / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
RNA-directed RNA polymerase, hantavirus / RNA-directed RNA polymerase, hantavirus, N-terminal / : / RNA dependent RNA polymerase / Cap-snatching endonuclease / : / RNA-dependent RNA polymerase, bunyaviral / Bunyavirus RNA dependent RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-directed RNA polymerase L
類似検索 - 構成要素
生物種Hantaan orthohantavirus (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.24 Å
データ登録者Keown, J.R. / Carrique, L. / Grimes, J.M.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Wellcome Trust200835/Z/16/Z 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/R009945/1 英国
University of Oxford, Medical Sciences Internal Fund (MSIF)BDR00281 英国
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2024
タイトル: Structural characterization of the full-length Hantaan virus polymerase.
著者: Jeremy R Keown / Loïc Carrique / Benjamin E Nilsson-Payant / Ervin Fodor / Jonathan M Grimes /
要旨: Hantaviridae are a family of segmented negative-sense RNA viruses that contain important human and animal pathogens. Hantaviridae contain a viral RNA-dependent RNA polymerase that replicates and ...Hantaviridae are a family of segmented negative-sense RNA viruses that contain important human and animal pathogens. Hantaviridae contain a viral RNA-dependent RNA polymerase that replicates and transcribes the viral genome. Here we establish the expression and purification of the polymerase from the Old World Hantaan virus and characterise the structure using Cryo-EM. We determine a series of structures at resolutions between 2.7 and 3.3 Å of RNA free polymerase comprising the core, core and endonuclease, and a full-length polymerase. The full-length polymerase structure depicts the location of the cap binding and C-terminal domains which are arranged in a conformation that is incompatible with transcription and in a novel conformation not observed in previous conformations of cap-snatching viral polymerases. We further describe structures with 5' vRNA promoter in the presence and absence of a nucleotide triphosphate. The nucleotide bound structure mimics a replication pre-initiation complex and the nucleotide stabilises the motif E in a conformation distinct from those previously observed. We observe motif E in four distinct conformations including β-sheet, two helical arrangements, and nucleotide primed arrangement. The insights gained here guide future mechanistic studies of both the transcription and replication activities of the hantavirus polymerase and for the development of therapeutic targets.
履歴
登録2023年5月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月8日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / em_admin / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-directed RNA polymerase L


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)251,8061
ポリマ－251,8061
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 RNA-directed RNA polymerase L / Protein L / Large structural protein / RdRp / Replicase / Transcriptase


分子量: 251806.016 Da / 分子数: 1 / 変異: D97A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hantaan orthohantavirus (ウイルス)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P23456, RNA-directed RNA polymerase, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: RNA-dependent RNA polymerase of Hantaan orthohantavirus (HTNV).
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.247 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Hantaan orthohantavirus (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mM2-[4-(2-hydroxyethyl)piperazin-1-yl]ethanesulfonic acidHEPES1
2500 mMsodium chlorideNaCl1
31 mMdithiothreitolDTT1
45 %GlycerolGlycerol1
試料濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1400 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU3.1画像取得
4cryoSPARC4CTF補正
7UCSF ChimeraX1.5モデルフィッティング
8Coot0.9.6モデルフィッティング
10PHENIX1.19.2モデル精密化
11cryoSPARC4初期オイラー角割当
12cryoSPARC4最終オイラー角割当
13cryoSPARC4分類
14cryoSPARC4３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.24 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 50000 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient
原子モデル構築Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00212538
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.49216942
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.4341650
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0391883
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0032139

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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