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- EMDB-17351: Structure of hantaan orthohantavirus (HTNV) polymerase - Apo core -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17351
タイトルStructure of hantaan orthohantavirus (HTNV) polymerase - Apo core
マップデータ
試料
  • 複合体: RNA-dependent RNA polymerase of Hantaan orthohantavirus (HTNV).
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase L
キーワードRNA-dependent RNA polymerase / HTNV / Hantaan orthohantavirus / Bunyavirales / Hantaviridae. / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA-templated viral transcription / negative stranded viral RNA replication / cap snatching / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell perinuclear region of cytoplasm / RNA-directed RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
RNA-directed RNA polymerase, hantavirus / RNA-directed RNA polymerase, hantavirus, N-terminal / : / RNA dependent RNA polymerase / Cap-snatching endonuclease / : / RNA-dependent RNA polymerase, bunyaviral / Bunyavirus RNA dependent RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-directed RNA polymerase L
類似検索 - 構成要素
生物種Hantaan orthohantavirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.78 Å
データ登録者Keown JR / Carrique L / Grimes JM
資金援助 英国, 3件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust200835/Z/16/Z 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/R009945/1 英国
University of Oxford, Medical Sciences Internal Fund (MSIF)BDR00281 英国
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2024
タイトル: Structural characterization of the full-length Hantaan virus polymerase.
著者: Jeremy R Keown / Loïc Carrique / Benjamin E Nilsson-Payant / Ervin Fodor / Jonathan M Grimes /
要旨: Hantaviridae are a family of segmented negative-sense RNA viruses that contain important human and animal pathogens. Hantaviridae contain a viral RNA-dependent RNA polymerase that replicates and ...Hantaviridae are a family of segmented negative-sense RNA viruses that contain important human and animal pathogens. Hantaviridae contain a viral RNA-dependent RNA polymerase that replicates and transcribes the viral genome. Here we establish the expression and purification of the polymerase from the Old World Hantaan virus and characterise the structure using Cryo-EM. We determine a series of structures at resolutions between 2.7 and 3.3 Å of RNA free polymerase comprising the core, core and endonuclease, and a full-length polymerase. The full-length polymerase structure depicts the location of the cap binding and C-terminal domains which are arranged in a conformation that is incompatible with transcription and in a novel conformation not observed in previous conformations of cap-snatching viral polymerases. We further describe structures with 5' vRNA promoter in the presence and absence of a nucleotide triphosphate. The nucleotide bound structure mimics a replication pre-initiation complex and the nucleotide stabilises the motif E in a conformation distinct from those previously observed. We observe motif E in four distinct conformations including β-sheet, two helical arrangements, and nucleotide primed arrangement. The insights gained here guide future mechanistic studies of both the transcription and replication activities of the hantavirus polymerase and for the development of therapeutic targets.
履歴
登録2023年5月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年5月22日-
マップ公開2024年5月22日-
更新2025年1月8日-
現状2025年1月8日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_17351.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17351.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.93 Å/pix.
x 300 pix.
= 279.6 Å		0.93 Å/pix.
x 300 pix.
= 279.6 Å		0.93 Å/pix.
x 300 pix.
= 279.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.932 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.356
最小 - 最大-2.3914275 - 3.3159232
平均 (標準偏差)-0.000084928135 (±0.07419058)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 279.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_17351_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_17351_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_17351_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : RNA-dependent RNA polymerase of Hantaan orthohantavirus (HTNV).

全体名称: RNA-dependent RNA polymerase of Hantaan orthohantavirus (HTNV).
要素
  • 複合体: RNA-dependent RNA polymerase of Hantaan orthohantavirus (HTNV).
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase L

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超分子 #1: RNA-dependent RNA polymerase of Hantaan orthohantavirus (HTNV).

超分子名称: RNA-dependent RNA polymerase of Hantaan orthohantavirus (HTNV).
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Hantaan orthohantavirus (ウイルス)
分子量理論値: 247 KDa

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分子 #1: RNA-directed RNA polymerase L

分子名称: RNA-directed RNA polymerase L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Hantaan orthohantavirus (ウイルス)
分子量理論値: 251.806016 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MWSHPQFEKG GGSGGGSGGS SAWSHPQFEK HHHHHHHHEN LYFQGMDKYR EIHNKLKEFS PGTLTAVECI DYLDRLYAVR HDIVDQMIK HDWSDNKDSE EAIGKVLLFA GVPSNIITAL EKKIIPNHPT GKSLKAFFKM TPANYKISGT TIEFVEVTVT A DVDKGIRE ...文字列:
MWSHPQFEKG GGSGGGSGGS SAWSHPQFEK HHHHHHHHEN LYFQGMDKYR EIHNKLKEFS PGTLTAVECI DYLDRLYAVR HDIVDQMIK HDWSDNKDSE EAIGKVLLFA GVPSNIITAL EKKIIPNHPT GKSLKAFFKM TPANYKISGT TIEFVEVTVT A DVDKGIRE KKLKYEAGLT YIEQELHKFF LKGEIPQPYK ITFNVVAVRT DGSNITTQWP SRRNDGVVQY MRLVQAEISY VR EHLIKTE ERAALEAMFN LKFNISTHKS QPYYIPDYKG MEPIGANIED LVDYSKDWLS RARNFSFFEV KGTAVFECFN SNE ANHCQR YPMSRKPRNF LLIQCSLITS YKPATTLSDQ IDSRRACSYI LNLIPDTPAS YLIHDMAYRY INLTREDMIN YYAP RIQFK QTQNVREPGT FKLTSSMLRA ESKAMLDLLN NHKSGEKHGA QIESLNIASH IVQSESVSLI TKILSDLELN ITEPS TQEY STTKHTYVDT VLDKFFQNET QKYLIDVLKK TTAWHIGHLI RDITESLIAH SGLKRSKYWS LHSYNNGNVI LFILPS KSL EVAGSFIRFI TVFRIGPGLV DKDNLDTILI DGDSQWGVSK VMSIDLNRLL ALNIAFEKAL IATATWFQYY TEDQGQF PL QYAIRSVFAN HFLLAICQKM KLCAIFDNLR YLIPAVTSLY SGFPSLIEKL FERPFKSSLE VYIYYNIKSL LVALAQNN K ARFYSKVKLL GLTVDQSTVG ASGVYPSFMS RIVYKHYRSL ISEVTTCFFL FEKGLHGNMN EEAKIHLETV EWALKFREK EEKYGESLVE NGYMMWELRA NAELAEQQLY CQDAIELAAI ELNKVLATKS SVVANSILSK NWEEPYFSQT RNISLKGMSG QVQEDGHLS SSVTIIEAIR YLSNSRHNPS LLKLYEETRE QKAMARIVRK YQRTEADRGF FITTLPTRCR LEIIEDYYDA I AKNISEEY ISYGGEKKIL AIQGALEKAL RWASGESFIE LSNHKFIRMK RKLMYVSADA TKWSPGDNSA KFRRFTSMLH NG LPNNKLK NCVIDALKQV YKTDFFMSRK LRNYIDSMES LDPHIKQFLD FFPDGHHGEV KGNWLQGNLN KCSSLFGVAM SLL FKQVWT NLFPELDCFF EFAHHSDDAL FIYGYLEPVD DGTDWFLFVS QQIQAGHLHW FSVNTEMWKS MFNLHEHILL LGSI KISPK KTTVSPTNAE FLSTFFEGCA VSIPFVKILL GSLSDLPGLG YFDDLAAAQS RCVKALDLGA SPQVAQLAVA LCTSK VERL YGTAPGMVNH PAAYLQVKHT DTPIPLGGNG AMSIMELATA GIGMSDKNLL KRALLGYSHK RQKSMLYILG LFKFLM KLS DETFQHERLG QFSFIGKVQW KIFTPKSEFE FADMYTSKFL ELWSSQHVTY DYIIPKGRDN LLIYLVRKLN DPSIVTA MT MQSPLQLRFR MQAKQHMKVC RLDGEWVTFR EVLAAANSFA ENYSATSQDM DLFQTLTSCT FSKEYAWKDF LNGIHCDV I PTKQVQRAKV ARTFTVREKD QIIQNSIPAV IGYKFAVTVE EMSDVLDTAK FPDSLSVDLK TMKDGVYREL GLDISLPDV MKRIAPMLYK SSKSRVVIVQ GNVEGTAEAI CRYWLKSMSL VKTIRVKPHK EVLQAVSIFN RKEDIGQQKD LAALKLCIEV WRWCKANSA PYRDWFQALW FEDKTFSEWL DRFCRVGVPP IDPEIQCAAL MIADIKGDYS VLQLQANRRA YSGKQYDAYC V QTYNEVTK LYEGDLRVTF NFGLDCARLE IFWDKKAYIL ETSITQKHVL KIMMDEVSKE LIKCGMRFNT EQVQGVRHMV LF KTESGFE WGKPNIPCIV YKNCVLRTSL RTTQAINHKF MITIKDDGLR AIAQHDEDSP RFLLAHAFHT IRDIRYQAVD AVS NVWFIH KGVKLYLNPI ISSGLLENFM KNLPAAIPPA AYSLIMNRAK ISVDLFMFND LLKLINPRNT LDLSGLETTG DEFS TVSSM SSRLWSEEMS LVDDDEELDD EFTIDLQDVD FENIDIEADI EHFLQDESSY TGDLLISTEE TESKKMRGIV KILEP VRLI KSWVSRGLSI EKVYSPVNII LMSRYISKTF NLSTKQVSLL DPYDLTELES IVRGWGECVI DQFESLDREA QNMVVN KGI CPEDVIPDSL FSFRHTMVLL RRLFPQDSIS SFY

UniProtKB: RNA-directed RNA polymerase L

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMHEPES2-[4-(2-hydroxyethyl)piperazin-1-yl]ethanesulfonic acid
500.0 mMNaClsodium chloride
1.0 mMDTTdithiothreitol
5.0 %GlycerolGlycerol
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Alphafold2 model
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.78 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0) / 使用した粒子像数: 500000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0)
最終 3次元分類クラス数: 8 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient
得られたモデル

PDB-8p1j:
Structure of hantaan orthohantavirus (HTNV) polymerase - Apo core

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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