PDB-8p1f: X-ray structure of acetylcholine-binding protein (AChBP) in compl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8p1f

タイトル

X-ray structure of acetylcholine-binding protein (AChBP) in complex with FL001909.

要素

Acetylcholine-binding protein

キーワード

CHOLINE-BINDING PROTEIN / Fragment based drug design / Acetylcholine-binding protein / choline-binding proteins

機能・相同性

機能・相同性情報

synaptic cleft / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / synapse / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Lymnaea stagnalis (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Cederfelt, D. / Boronat, P. / Dobritzsch, D. / Hennig, S. / Fitzgerald, E.A. / de Esch, I.J.P. / Danielson, U.H.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Elucidating the regulation of ligand gated ion channels via biophysical studies of ligand-induced conformational dynamics of acetylcholine binding proteins
著者: Fitzgerald, E.A. / Cederfelt, D. / Boronat, P. / Aarmo Lund, B. / de Esch, I.J.P. / Danielson, U.H.

履歴

登録	2023年5月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年5月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8p1f.cif.gz	818.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8p1f.ent.gz	677.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8p1f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8p1f_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8p1f_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	8p1f_validation.xml.gz	144.2 KB	表示
CIF形式データ	8p1f_validation.cif.gz	193.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/8p1f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/8p1f	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8p11C 8p1eC 8p22C 9qm8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (5) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Acetylcholine-binding protein

B: Acetylcholine-binding protein

C: Acetylcholine-binding protein

D: Acetylcholine-binding protein

E: Acetylcholine-binding protein

F: Acetylcholine-binding protein

G: Acetylcholine-binding protein

H: Acetylcholine-binding protein

I: Acetylcholine-binding protein

J: Acetylcholine-binding protein

K: Acetylcholine-binding protein

L: Acetylcholine-binding protein

M: Acetylcholine-binding protein

N: Acetylcholine-binding protein

O: Acetylcholine-binding protein

P: Acetylcholine-binding protein

Q: Acetylcholine-binding protein

R: Acetylcholine-binding protein

S: Acetylcholine-binding protein

T: Acetylcholine-binding protein

ヘテロ分子

545 kDa, 20 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Acetylcholine-binding protein

B: Acetylcholine-binding protein

C: Acetylcholine-binding protein

D: Acetylcholine-binding protein

E: Acetylcholine-binding protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: surface plasmon resonance
136 kDa, 5 ポリマー
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2

F: Acetylcholine-binding protein

G: Acetylcholine-binding protein

H: Acetylcholine-binding protein

I: Acetylcholine-binding protein

J: Acetylcholine-binding protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
136 kDa, 5 ポリマー
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3

K: Acetylcholine-binding protein

L: Acetylcholine-binding protein

M: Acetylcholine-binding protein

N: Acetylcholine-binding protein

O: Acetylcholine-binding protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
136 kDa, 5 ポリマー
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4

P: Acetylcholine-binding protein

Q: Acetylcholine-binding protein

R: Acetylcholine-binding protein

S: Acetylcholine-binding protein

T: Acetylcholine-binding protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
136 kDa, 5 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	116.710, 140.710, 147.170
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.68, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LYS	LYS	A	A	20 - 223	20 - 223
2	1	LYS	LYS	B	B	20 - 223	20 - 223
1	2	LYS	LYS	A	A	20 - 223	20 - 223
2	2	LYS	LYS	C	C	20 - 223	20 - 223
1	3	LYS	LYS	A	A	20 - 222	20 - 222
2	3	LYS	LYS	D	D	20 - 222	20 - 222
1	4	LYS	LYS	A	A	20 - 223	20 - 223
2	4	LYS	LYS	E	E	20 - 223	20 - 223
1	5	LYS	LYS	A	A	20 - 223	20 - 223
2	5	LYS	LYS	F	F	20 - 223	20 - 223
1	6	LYS	LYS	A	A	20 - 223	20 - 223
2	6	LYS	LYS	G	G	20 - 223	20 - 223
1	7	LYS	LYS	A	A	20 - 223	20 - 223
2	7	LYS	LYS	H	H	20 - 223	20 - 223
1	8	LYS	LYS	A	A	20 - 223	20 - 223
2	8	LYS	LYS	I	I	20 - 223	20 - 223
1	9	LYS	LYS	A	A	20 - 223	20 - 223
2	9	LYS	LYS	J	J	20 - 223	20 - 223
1	10	LYS	LYS	A	A	20 - 223	20 - 223
2	10	LYS	LYS	K	K	20 - 223	20 - 223
1	11	LYS	LYS	A	A	20 - 222	20 - 222
2	11	LYS	LYS	L	L	20 - 222	20 - 222
1	12	LYS	LYS	A	A	20 - 223	20 - 223
2	12	LYS	LYS	M	M	20 - 223	20 - 223
1	13	LYS	LYS	A	A	20 - 223	20 - 223
2	13	LYS	LYS	N	N	20 - 223	20 - 223
1	14	LYS	LYS	A	A	20 - 223	20 - 223
2	14	LYS	LYS	O	O	20 - 223	20 - 223
1	15	LYS	LYS	A	A	20 - 223	20 - 223
2	15	LYS	LYS	P	P	20 - 223	20 - 223
1	16	LYS	LYS	A	A	20 - 223	20 - 223
2	16	LYS	LYS	Q	Q	20 - 223	20 - 223
1	17	LYS	LYS	A	A	20 - 223	20 - 223
2	17	LYS	LYS	R	R	20 - 223	20 - 223
1	18	LYS	LYS	A	A	20 - 223	20 - 223
2	18	LYS	LYS	S	S	20 - 223	20 - 223
1	19	LYS	LYS	A	A	20 - 222	20 - 222
2	19	LYS	LYS	T	T	20 - 222	20 - 222
1	20	LYS	LYS	B	B	20 - 222	20 - 222
2	20	LYS	LYS	C	C	20 - 222	20 - 222
1	21	LYS	LYS	B	B	20 - 222	20 - 222
2	21	LYS	LYS	D	D	20 - 222	20 - 222
1	22	LYS	LYS	B	B	20 - 222	20 - 222
2	22	LYS	LYS	E	E	20 - 222	20 - 222
1	23	LYS	LYS	B	B	20 - 223	20 - 223
2	23	LYS	LYS	F	F	20 - 223	20 - 223
1	24	LYS	LYS	B	B	20 - 223	20 - 223
2	24	LYS	LYS	G	G	20 - 223	20 - 223
1	25	LYS	LYS	B	B	20 - 222	20 - 222
2	25	LYS	LYS	H	H	20 - 222	20 - 222
1	26	LYS	LYS	B	B	20 - 223	20 - 223
2	26	LYS	LYS	I	I	20 - 223	20 - 223
1	27	LYS	LYS	B	B	20 - 223	20 - 223
2	27	LYS	LYS	J	J	20 - 223	20 - 223
1	28	LYS	LYS	B	B	20 - 223	20 - 223
2	28	LYS	LYS	K	K	20 - 223	20 - 223
1	29	LYS	LYS	B	B	20 - 223	20 - 223
2	29	LYS	LYS	L	L	20 - 223	20 - 223
1	30	LYS	LYS	B	B	20 - 223	20 - 223
2	30	LYS	LYS	M	M	20 - 223	20 - 223
1	31	LYS	LYS	B	B	20 - 223	20 - 223
2	31	LYS	LYS	N	N	20 - 223	20 - 223
1	32	LYS	LYS	B	B	20 - 223	20 - 223
2	32	LYS	LYS	O	O	20 - 223	20 - 223
1	33	LYS	LYS	B	B	20 - 223	20 - 223
2	33	LYS	LYS	P	P	20 - 223	20 - 223
1	34	LYS	LYS	B	B	20 - 223	20 - 223
2	34	LYS	LYS	Q	Q	20 - 223	20 - 223
1	35	LYS	LYS	B	B	20 - 223	20 - 223
2	35	LYS	LYS	R	R	20 - 223	20 - 223
1	36	LYS	LYS	B	B	20 - 223	20 - 223
2	36	LYS	LYS	S	S	20 - 223	20 - 223
1	37	LYS	LYS	B	B	20 - 222	20 - 222
2	37	LYS	LYS	T	T	20 - 222	20 - 222
1	38	LYS	LYS	C	C	20 - 223	20 - 223
2	38	LYS	LYS	D	D	20 - 223	20 - 223
1	39	GLY	GLY	C	C	20 - 224	20 - 224
2	39	GLY	GLY	E	E	20 - 224	20 - 224
1	40	GLY	GLY	C	C	20 - 224	20 - 224
2	40	GLY	GLY	F	F	20 - 224	20 - 224
1	41	LYS	LYS	C	C	20 - 223	20 - 223
2	41	LYS	LYS	G	G	20 - 223	20 - 223
1	42	GLY	GLY	C	C	20 - 224	20 - 224
2	42	GLY	GLY	H	H	20 - 224	20 - 224
1	43	GLY	GLY	C	C	20 - 224	20 - 224
2	43	GLY	GLY	I	I	20 - 224	20 - 224
1	44	GLY	GLY	C	C	20 - 224	20 - 224
2	44	GLY	GLY	J	J	20 - 224	20 - 224
1	45	LYS	LYS	C	C	20 - 223	20 - 223
2	45	LYS	LYS	K	K	20 - 223	20 - 223
1	46	GLY	GLY	C	C	20 - 224	20 - 224
2	46	GLY	GLY	L	L	20 - 224	20 - 224
1	47	LYS	LYS	C	C	20 - 222	20 - 222
2	47	LYS	LYS	M	M	20 - 222	20 - 222
1	48	LYS	LYS	C	C	20 - 223	20 - 223
2	48	LYS	LYS	N	N	20 - 223	20 - 223
1	49	LYS	LYS	C	C	20 - 223	20 - 223
2	49	LYS	LYS	O	O	20 - 223	20 - 223
1	50	LYS	LYS	C	C	20 - 223	20 - 223
2	50	LYS	LYS	P	P	20 - 223	20 - 223
1	51	LYS	LYS	C	C	20 - 223	20 - 223
2	51	LYS	LYS	Q	Q	20 - 223	20 - 223
1	52	LYS	LYS	C	C	20 - 222	20 - 222
2	52	LYS	LYS	R	R	20 - 222	20 - 222
1	53	GLY	GLY	C	C	20 - 224	20 - 224
2	53	GLY	GLY	S	S	20 - 224	20 - 224
1	54	LYS	LYS	C	C	20 - 223	20 - 223
2	54	LYS	LYS	T	T	20 - 223	20 - 223
1	55	LYS	LYS	D	D	20 - 223	20 - 223
2	55	LYS	LYS	E	E	20 - 223	20 - 223
1	56	GLY	GLY	D	D	20 - 224	20 - 224
2	56	GLY	GLY	F	F	20 - 224	20 - 224
1	57	LYS	LYS	D	D	20 - 223	20 - 223
2	57	LYS	LYS	G	G	20 - 223	20 - 223
1	58	LYS	LYS	D	D	20 - 223	20 - 223
2	58	LYS	LYS	H	H	20 - 223	20 - 223
1	59	GLY	GLY	D	D	20 - 224	20 - 224
2	59	GLY	GLY	I	I	20 - 224	20 - 224
1	60	ARG	ARG	D	D	20 - 225	20 - 225
2	60	ARG	ARG	J	J	20 - 225	20 - 225
1	61	LYS	LYS	D	D	20 - 222	20 - 222
2	61	LYS	LYS	K	K	20 - 222	20 - 222
1	62	GLY	GLY	D	D	20 - 224	20 - 224
2	62	GLY	GLY	L	L	20 - 224	20 - 224
1	63	LYS	LYS	D	D	20 - 222	20 - 222
2	63	LYS	LYS	M	M	20 - 222	20 - 222
1	64	LYS	LYS	D	D	20 - 222	20 - 222
2	64	LYS	LYS	N	N	20 - 222	20 - 222
1	65	LYS	LYS	D	D	20 - 222	20 - 222
2	65	LYS	LYS	O	O	20 - 222	20 - 222
1	66	LYS	LYS	D	D	20 - 223	20 - 223
2	66	LYS	LYS	P	P	20 - 223	20 - 223
1	67	LYS	LYS	D	D	20 - 223	20 - 223
2	67	LYS	LYS	Q	Q	20 - 223	20 - 223
1	68	LYS	LYS	D	D	20 - 222	20 - 222
2	68	LYS	LYS	R	R	20 - 222	20 - 222
1	69	ARG	ARG	D	D	20 - 225	20 - 225
2	69	ARG	ARG	S	S	20 - 225	20 - 225
1	70	ARG	ARG	D	D	20 - 225	20 - 225
2	70	ARG	ARG	T	T	20 - 225	20 - 225
1	71	GLY	GLY	E	E	20 - 224	20 - 224
2	71	GLY	GLY	F	F	20 - 224	20 - 224
1	72	LYS	LYS	E	E	20 - 223	20 - 223
2	72	LYS	LYS	G	G	20 - 223	20 - 223
1	73	GLY	GLY	E	E	20 - 224	20 - 224
2	73	GLY	GLY	H	H	20 - 224	20 - 224
1	74	GLY	GLY	E	E	20 - 224	20 - 224
2	74	GLY	GLY	I	I	20 - 224	20 - 224
1	75	GLY	GLY	E	E	20 - 224	20 - 224
2	75	GLY	GLY	J	J	20 - 224	20 - 224
1	76	LYS	LYS	E	E	20 - 223	20 - 223
2	76	LYS	LYS	K	K	20 - 223	20 - 223
1	77	GLY	GLY	E	E	20 - 224	20 - 224
2	77	GLY	GLY	L	L	20 - 224	20 - 224
1	78	LYS	LYS	E	E	20 - 222	20 - 222
2	78	LYS	LYS	M	M	20 - 222	20 - 222
1	79	LYS	LYS	E	E	20 - 223	20 - 223
2	79	LYS	LYS	N	N	20 - 223	20 - 223
1	80	LYS	LYS	E	E	20 - 223	20 - 223
2	80	LYS	LYS	O	O	20 - 223	20 - 223
1	81	LYS	LYS	E	E	20 - 223	20 - 223
2	81	LYS	LYS	P	P	20 - 223	20 - 223
1	82	LYS	LYS	E	E	20 - 223	20 - 223
2	82	LYS	LYS	Q	Q	20 - 223	20 - 223
1	83	LYS	LYS	E	E	20 - 222	20 - 222
2	83	LYS	LYS	R	R	20 - 222	20 - 222
1	84	GLY	GLY	E	E	20 - 224	20 - 224
2	84	GLY	GLY	S	S	20 - 224	20 - 224
1	85	LYS	LYS	E	E	20 - 223	20 - 223
2	85	LYS	LYS	T	T	20 - 223	20 - 223
1	86	LYS	LYS	F	F	20 - 223	20 - 223
2	86	LYS	LYS	G	G	20 - 223	20 - 223
1	87	GLY	GLY	F	F	20 - 224	20 - 224
2	87	GLY	GLY	H	H	20 - 224	20 - 224
1	88	GLY	GLY	F	F	20 - 224	20 - 224
2	88	GLY	GLY	I	I	20 - 224	20 - 224
1	89	GLY	GLY	F	F	20 - 224	20 - 224
2	89	GLY	GLY	J	J	20 - 224	20 - 224
1	90	LYS	LYS	F	F	20 - 223	20 - 223
2	90	LYS	LYS	K	K	20 - 223	20 - 223
1	91	GLY	GLY	F	F	20 - 224	20 - 224
2	91	GLY	GLY	L	L	20 - 224	20 - 224
1	92	LYS	LYS	F	F	20 - 223	20 - 223
2	92	LYS	LYS	M	M	20 - 223	20 - 223
1	93	LYS	LYS	F	F	20 - 223	20 - 223
2	93	LYS	LYS	N	N	20 - 223	20 - 223
1	94	LYS	LYS	F	F	20 - 223	20 - 223
2	94	LYS	LYS	O	O	20 - 223	20 - 223
1	95	LYS	LYS	F	F	20 - 223	20 - 223
2	95	LYS	LYS	P	P	20 - 223	20 - 223
1	96	LYS	LYS	F	F	20 - 223	20 - 223
2	96	LYS	LYS	Q	Q	20 - 223	20 - 223
1	97	LYS	LYS	F	F	20 - 223	20 - 223
2	97	LYS	LYS	R	R	20 - 223	20 - 223
1	98	GLY	GLY	F	F	20 - 224	20 - 224
2	98	GLY	GLY	S	S	20 - 224	20 - 224
1	99	GLY	GLY	F	F	20 - 224	20 - 224
2	99	GLY	GLY	T	T	20 - 224	20 - 224
1	100	LYS	LYS	G	G	20 - 223	20 - 223
2	100	LYS	LYS	H	H	20 - 223	20 - 223
1	101	LYS	LYS	G	G	20 - 222	20 - 222
2	101	LYS	LYS	I	I	20 - 222	20 - 222
1	102	LYS	LYS	G	G	20 - 223	20 - 223
2	102	LYS	LYS	J	J	20 - 223	20 - 223
1	103	LYS	LYS	G	G	20 - 223	20 - 223
2	103	LYS	LYS	K	K	20 - 223	20 - 223
1	104	LYS	LYS	G	G	20 - 223	20 - 223
2	104	LYS	LYS	L	L	20 - 223	20 - 223
1	105	LYS	LYS	G	G	20 - 223	20 - 223
2	105	LYS	LYS	M	M	20 - 223	20 - 223
1	106	LYS	LYS	G	G	20 - 223	20 - 223
2	106	LYS	LYS	N	N	20 - 223	20 - 223
1	107	LYS	LYS	G	G	20 - 223	20 - 223
2	107	LYS	LYS	O	O	20 - 223	20 - 223
1	108	LYS	LYS	G	G	20 - 223	20 - 223
2	108	LYS	LYS	P	P	20 - 223	20 - 223
1	109	LYS	LYS	G	G	20 - 223	20 - 223
2	109	LYS	LYS	Q	Q	20 - 223	20 - 223
1	110	LYS	LYS	G	G	20 - 223	20 - 223
2	110	LYS	LYS	R	R	20 - 223	20 - 223
1	111	LYS	LYS	G	G	20 - 222	20 - 222
2	111	LYS	LYS	S	S	20 - 222	20 - 222
1	112	LYS	LYS	G	G	20 - 223	20 - 223
2	112	LYS	LYS	T	T	20 - 223	20 - 223
1	113	GLY	GLY	H	H	20 - 224	20 - 224
2	113	GLY	GLY	I	I	20 - 224	20 - 224
1	114	GLY	GLY	H	H	20 - 224	20 - 224
2	114	GLY	GLY	J	J	20 - 224	20 - 224
1	115	LYS	LYS	H	H	20 - 223	20 - 223
2	115	LYS	LYS	K	K	20 - 223	20 - 223
1	116	GLY	GLY	H	H	20 - 224	20 - 224
2	116	GLY	GLY	L	L	20 - 224	20 - 224
1	117	LYS	LYS	H	H	20 - 222	20 - 222
2	117	LYS	LYS	M	M	20 - 222	20 - 222
1	118	LYS	LYS	H	H	20 - 223	20 - 223
2	118	LYS	LYS	N	N	20 - 223	20 - 223
1	119	LYS	LYS	H	H	20 - 223	20 - 223
2	119	LYS	LYS	O	O	20 - 223	20 - 223
1	120	LYS	LYS	H	H	20 - 223	20 - 223
2	120	LYS	LYS	P	P	20 - 223	20 - 223
1	121	LYS	LYS	H	H	20 - 223	20 - 223
2	121	LYS	LYS	Q	Q	20 - 223	20 - 223
1	122	LYS	LYS	H	H	20 - 222	20 - 222
2	122	LYS	LYS	R	R	20 - 222	20 - 222
1	123	GLY	GLY	H	H	20 - 224	20 - 224
2	123	GLY	GLY	S	S	20 - 224	20 - 224
1	124	LYS	LYS	H	H	20 - 223	20 - 223
2	124	LYS	LYS	T	T	20 - 223	20 - 223
1	125	GLY	GLY	I	I	20 - 224	20 - 224
2	125	GLY	GLY	J	J	20 - 224	20 - 224
1	126	LYS	LYS	I	I	20 - 223	20 - 223
2	126	LYS	LYS	K	K	20 - 223	20 - 223
1	127	GLY	GLY	I	I	20 - 224	20 - 224
2	127	GLY	GLY	L	L	20 - 224	20 - 224
1	128	LYS	LYS	I	I	20 - 223	20 - 223
2	128	LYS	LYS	M	M	20 - 223	20 - 223
1	129	LYS	LYS	I	I	20 - 223	20 - 223
2	129	LYS	LYS	N	N	20 - 223	20 - 223
1	130	LYS	LYS	I	I	20 - 223	20 - 223
2	130	LYS	LYS	O	O	20 - 223	20 - 223
1	131	LYS	LYS	I	I	20 - 223	20 - 223
2	131	LYS	LYS	P	P	20 - 223	20 - 223
1	132	LYS	LYS	I	I	20 - 222	20 - 222
2	132	LYS	LYS	Q	Q	20 - 222	20 - 222
1	133	LYS	LYS	I	I	20 - 223	20 - 223
2	133	LYS	LYS	R	R	20 - 223	20 - 223
1	134	LYS	LYS	I	I	20 - 223	20 - 223
2	134	LYS	LYS	S	S	20 - 223	20 - 223
1	135	GLY	GLY	I	I	20 - 224	20 - 224
2	135	GLY	GLY	T	T	20 - 224	20 - 224
1	136	LYS	LYS	J	J	20 - 223	20 - 223
2	136	LYS	LYS	K	K	20 - 223	20 - 223
1	137	GLY	GLY	J	J	20 - 224	20 - 224
2	137	GLY	GLY	L	L	20 - 224	20 - 224
1	138	LYS	LYS	J	J	20 - 223	20 - 223
2	138	LYS	LYS	M	M	20 - 223	20 - 223
1	139	LYS	LYS	J	J	20 - 223	20 - 223
2	139	LYS	LYS	N	N	20 - 223	20 - 223
1	140	LYS	LYS	J	J	20 - 223	20 - 223
2	140	LYS	LYS	O	O	20 - 223	20 - 223
1	141	LYS	LYS	J	J	20 - 223	20 - 223
2	141	LYS	LYS	P	P	20 - 223	20 - 223
1	142	LYS	LYS	J	J	20 - 223	20 - 223
2	142	LYS	LYS	Q	Q	20 - 223	20 - 223
1	143	LYS	LYS	J	J	20 - 223	20 - 223
2	143	LYS	LYS	R	R	20 - 223	20 - 223
1	144	ARG	ARG	J	J	20 - 225	20 - 225
2	144	ARG	ARG	S	S	20 - 225	20 - 225
1	145	ARG	ARG	J	J	20 - 225	20 - 225
2	145	ARG	ARG	T	T	20 - 225	20 - 225
1	146	LYS	LYS	K	K	20 - 222	20 - 222
2	146	LYS	LYS	L	L	20 - 222	20 - 222
1	147	LYS	LYS	K	K	20 - 223	20 - 223
2	147	LYS	LYS	M	M	20 - 223	20 - 223
1	148	LYS	LYS	K	K	20 - 223	20 - 223
2	148	LYS	LYS	N	N	20 - 223	20 - 223
1	149	LYS	LYS	K	K	20 - 223	20 - 223
2	149	LYS	LYS	O	O	20 - 223	20 - 223
1	150	LYS	LYS	K	K	20 - 223	20 - 223
2	150	LYS	LYS	P	P	20 - 223	20 - 223
1	151	LYS	LYS	K	K	20 - 223	20 - 223
2	151	LYS	LYS	Q	Q	20 - 223	20 - 223
1	152	LYS	LYS	K	K	20 - 223	20 - 223
2	152	LYS	LYS	R	R	20 - 223	20 - 223
1	153	LYS	LYS	K	K	20 - 223	20 - 223
2	153	LYS	LYS	S	S	20 - 223	20 - 223
1	154	LYS	LYS	K	K	20 - 222	20 - 222
2	154	LYS	LYS	T	T	20 - 222	20 - 222
1	155	LYS	LYS	L	L	20 - 223	20 - 223
2	155	LYS	LYS	M	M	20 - 223	20 - 223
1	156	LYS	LYS	L	L	20 - 222	20 - 222
2	156	LYS	LYS	N	N	20 - 222	20 - 222
1	157	LYS	LYS	L	L	20 - 222	20 - 222
2	157	LYS	LYS	O	O	20 - 222	20 - 222
1	158	LYS	LYS	L	L	20 - 223	20 - 223
2	158	LYS	LYS	P	P	20 - 223	20 - 223
1	159	LYS	LYS	L	L	20 - 223	20 - 223
2	159	LYS	LYS	Q	Q	20 - 223	20 - 223
1	160	LYS	LYS	L	L	20 - 223	20 - 223
2	160	LYS	LYS	R	R	20 - 223	20 - 223
1	161	GLY	GLY	L	L	20 - 224	20 - 224
2	161	GLY	GLY	S	S	20 - 224	20 - 224
1	162	GLY	GLY	L	L	20 - 224	20 - 224
2	162	GLY	GLY	T	T	20 - 224	20 - 224
1	163	LYS	LYS	M	M	20 - 223	20 - 223
2	163	LYS	LYS	N	N	20 - 223	20 - 223
1	164	LYS	LYS	M	M	20 - 223	20 - 223
2	164	LYS	LYS	O	O	20 - 223	20 - 223
1	165	LYS	LYS	M	M	20 - 223	20 - 223
2	165	LYS	LYS	P	P	20 - 223	20 - 223
1	166	LYS	LYS	M	M	20 - 223	20 - 223
2	166	LYS	LYS	Q	Q	20 - 223	20 - 223
1	167	LYS	LYS	M	M	20 - 223	20 - 223
2	167	LYS	LYS	R	R	20 - 223	20 - 223
1	168	LYS	LYS	M	M	20 - 223	20 - 223
2	168	LYS	LYS	S	S	20 - 223	20 - 223
1	169	LYS	LYS	M	M	20 - 222	20 - 222
2	169	LYS	LYS	T	T	20 - 222	20 - 222
1	170	LYS	LYS	N	N	20 - 223	20 - 223
2	170	LYS	LYS	O	O	20 - 223	20 - 223
1	171	LYS	LYS	N	N	20 - 223	20 - 223
2	171	LYS	LYS	P	P	20 - 223	20 - 223
1	172	LYS	LYS	N	N	20 - 223	20 - 223
2	172	LYS	LYS	Q	Q	20 - 223	20 - 223
1	173	LYS	LYS	N	N	20 - 223	20 - 223
2	173	LYS	LYS	R	R	20 - 223	20 - 223
1	174	LYS	LYS	N	N	20 - 223	20 - 223
2	174	LYS	LYS	S	S	20 - 223	20 - 223
1	175	LYS	LYS	N	N	20 - 222	20 - 222
2	175	LYS	LYS	T	T	20 - 222	20 - 222
1	176	LYS	LYS	O	O	20 - 223	20 - 223
2	176	LYS	LYS	P	P	20 - 223	20 - 223
1	177	LYS	LYS	O	O	20 - 223	20 - 223
2	177	LYS	LYS	Q	Q	20 - 223	20 - 223
1	178	LYS	LYS	O	O	20 - 223	20 - 223
2	178	LYS	LYS	R	R	20 - 223	20 - 223
1	179	LYS	LYS	O	O	20 - 223	20 - 223
2	179	LYS	LYS	S	S	20 - 223	20 - 223
1	180	LYS	LYS	O	O	20 - 222	20 - 222
2	180	LYS	LYS	T	T	20 - 222	20 - 222
1	181	LYS	LYS	P	P	20 - 223	20 - 223
2	181	LYS	LYS	Q	Q	20 - 223	20 - 223
1	182	LYS	LYS	P	P	20 - 223	20 - 223
2	182	LYS	LYS	R	R	20 - 223	20 - 223
1	183	LYS	LYS	P	P	20 - 223	20 - 223
2	183	LYS	LYS	S	S	20 - 223	20 - 223
1	184	LYS	LYS	P	P	20 - 223	20 - 223
2	184	LYS	LYS	T	T	20 - 223	20 - 223
1	185	LYS	LYS	Q	Q	20 - 223	20 - 223
2	185	LYS	LYS	R	R	20 - 223	20 - 223
1	186	LYS	LYS	Q	Q	20 - 222	20 - 222
2	186	LYS	LYS	S	S	20 - 222	20 - 222
1	187	LYS	LYS	Q	Q	20 - 223	20 - 223
2	187	LYS	LYS	T	T	20 - 223	20 - 223
1	188	LYS	LYS	R	R	20 - 223	20 - 223
2	188	LYS	LYS	S	S	20 - 223	20 - 223
1	189	LYS	LYS	R	R	20 - 222	20 - 222
2	189	LYS	LYS	T	T	20 - 222	20 - 222
1	190	ARG	ARG	S	S	20 - 225	20 - 225
2	190	ARG	ARG	T	T	20 - 225	20 - 225

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質

Acetylcholine-binding protein / ACh-binding protein / AchBP

分子量: 27060.320 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Lymnaea stagnalis (無脊椎動物)
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P58154

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 化合物

ChemComp-WCW / 4-azanyl-1-phenyl-piperidine-4-carboxylic acid

分子量: 220.268 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₆N₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 703 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.36 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: PEG3350 3% Ammonium sulphate 1.8M HEPES buffer 0.1M, pH 7.75

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月22日
放射	プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→49.37 Å / Num. obs: 259396 / % possible obs: 99.68 % / 冗長度: 6.9 % / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.079871 / Net I/σ(I): 15.49
反射シェル	解像度: 2.1→2.175 Å / Num. unique obs: 25710 / CC_1/2: 0.507 / R_rim(I) all: 1.578

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
PHASER		位相決定
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→49.37 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 8.238 / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.262 / ESU R Free: 0.201 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25479	12970	5 %	RANDOM
R_work	0.2251	-	-	-
obs	0.22657	246406	99.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 57.42 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.59 Å²	0 Å²	1.03 Å²
2-	-	-0.81 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.1→49.37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	32303	0	230	703	33236

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	33503
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	30103
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.549	1.652	45770
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.238	1.582	69959
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.543	5	4045
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	26.781	21.894	1880
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.741	15	5515
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.832	15	276
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.06	0.2	4568
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	37271
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	7111
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X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

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134	1	I	6452	0.07
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135	1	I	6324	0.08
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136	1	J	6029	0.1
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137	1	J	6051	0.09
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138	1	J	5995	0.1
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139	1	J	6022	0.1
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140	1	J	6056	0.08
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141	1	J	5971	0.09
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142	1	J	6091	0.11
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143	1	J	6073	0.09
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145	1	J	6144	0.09
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146	1	K	6188	0.1
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147	1	K	6199	0.09
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148	1	K	6213	0.1
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150	1	K	6187	0.09
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151	1	K	6177	0.1
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152	1	K	6223	0.1
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153	1	K	6183	0.1
153	2	S	6183	0.1
154	1	K	6159	0.09
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155	1	L	6126	0.1
155	2	M	6126	0.1
156	1	L	6143	0.09
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157	1	L	6163	0.09
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158	1	L	6096	0.1
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159	1	L	6173	0.08
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160	1	L	6178	0.09
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173	1	N	6220	0.09
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190	1	S	6239	0.1
190	2	T	6239	0.1

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.365	950	-
R_work	0.354	18044	-
obs	-	-	99.28 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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