PDB-9sg3: X-ray structure of acetylcholine binding protein (AChBP) in compl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9sg3

タイトル

X-ray structure of acetylcholine binding protein (AChBP) in complex with IOTA739

要素

Acetylcholine-binding protein

キーワード

CHOLINE-BINDING PROTEIN / Acetylcholine binding protein / ligand gated ion channel / SPR

機能・相同性

機能・相同性情報

synaptic cleft / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / synapse / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Lymnaea stagnalis (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Cederfelt, D. / Lund, B.A. / Boronat, P. / Hennig, S. / Dobritzsch, D. / Danielson, U.H.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: Rsc Chem Biol / 年: 2025
タイトル: Detection and characterisation of ligand-induced conformational changes in acetylcholine binding proteins using biosensors and X-ray crystallography.
著者: FitzGerald, E.A. / Cederfelt, D. / Kovryzhenko, D. / Boronat, P. / Lund, B.A. / Dobritzsch, D. / Hennig, S. / Paseiro, P.P. / de Esch, I.J.P. / Danielson, U.H.

履歴

登録	2025年8月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え	2025年9月3日	ID: 9QM8
改定 1.0	2025年9月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年9月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2025年10月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9sg3.cif.gz	504 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9sg3.ent.gz	334.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9sg3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9sg3_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9sg3_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	9sg3_validation.xml.gz	82.8 KB	表示
CIF形式データ	9sg3_validation.cif.gz	103.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sg/9sg3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sg/9sg3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (5) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Acetylcholine-binding protein

B: Acetylcholine-binding protein

C: Acetylcholine-binding protein

D: Acetylcholine-binding protein

E: Acetylcholine-binding protein

F: Acetylcholine-binding protein

G: Acetylcholine-binding protein

H: Acetylcholine-binding protein

I: Acetylcholine-binding protein

J: Acetylcholine-binding protein

ヘテロ分子

236 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Acetylcholine-binding protein

B: Acetylcholine-binding protein

C: Acetylcholine-binding protein

D: Acetylcholine-binding protein

E: Acetylcholine-binding protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: surface plasmon resonance
118 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

F: Acetylcholine-binding protein

G: Acetylcholine-binding protein

H: Acetylcholine-binding protein

I: Acetylcholine-binding protein

J: Acetylcholine-binding protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
118 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.950, 117.850, 239.750
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 20 through 174 or resid 181 through 223))
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 20 through 174 or resid 181 through 223))
d_3	ens_1	(chain "C" and (resid 20 through 174 or resid 181 through 223))
d_4	ens_1	(chain "D" and (resid 20 through 174 or resid 181 through 223))
d_5	ens_1	(chain "E" and (resid 20 through 174 or resid 181 through 223))
d_6	ens_1	(chain "F" and (resid 20 through 174 or resid 181 through 223))
d_7	ens_1	(chain "G" and (resid 20 through 174 or resid 181 through 223))
d_8	ens_1	(chain "H" and (resid 20 through 174 or resid 181 through 223))
d_9	ens_1	(chain "I" and (resid 20 through 174 or resid 181 through 223))
d_10	ens_1	(chain "J" and (resid 20 through 174 or resid 181 through 223))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
d_1	1	LEU	LEU	THR	THR	A	A	20 - 174	1 - 155
d_1	2	SER	SER	LYS	LYS	A	A	181 - 223	162 - 204
d_2	1	LEU	LEU	THR	THR	B	B	20 - 174	1 - 155
d_2	2	SER	SER	LYS	LYS	B	B	181 - 223	162 - 204
d_3	1	LEU	LEU	THR	THR	C	C	20 - 174	1 - 155
d_3	2	SER	SER	LYS	LYS	C	C	181 - 223	162 - 204
d_4	1	LEU	LEU	THR	THR	D	D	20 - 174	1 - 155
d_4	2	SER	SER	LYS	LYS	D	D	181 - 223	162 - 204
d_5	1	LEU	LEU	THR	THR	E	E	20 - 174	1 - 155
d_5	2	SER	SER	LYS	LYS	E	E	181 - 223	162 - 204
d_6	1	LEU	LEU	THR	THR	F	F	20 - 174	1 - 155
d_6	2	SER	SER	LYS	LYS	F	F	181 - 223	162 - 204
d_7	1	LEU	LEU	THR	THR	G	G	20 - 174	1 - 155
d_7	2	SER	SER	LYS	LYS	G	G	181 - 223	162 - 204
d_8	1	LEU	LEU	THR	THR	H	H	20 - 174	1 - 155
d_8	2	SER	SER	LYS	LYS	H	H	181 - 223	162 - 204
d_9	1	LEU	LEU	THR	THR	I	I	20 - 174	1 - 155
d_9	2	SER	SER	LYS	LYS	I	I	181 - 223	162 - 204
d_10	1	LEU	LEU	THR	THR	J	J	20 - 174	1 - 155
d_10	2	SER	SER	LYS	LYS	J	J	181 - 223	162 - 204

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.362097921261, -0.112070111331, 0.925378509349), (-0.120813137282, 0.978730205067, 0.165805221718), (-0.924277707877, -0.171835607005, 0.340856630985)	38.906555861, 6.84129528736, -0.710930644821
2	given	(-0.732230310757, -0.318440973607, 0.602025014711), (-0.332834523914, 0.938524529559, 0.0916127016708), (-0.594188481629, -0.133293112142, -0.793204257777)	51.7377182364, 9.17647276699, -40.1272689759
3	given	(-0.757251762812, -0.339685638188, -0.557838179876), (-0.314062815571, 0.938263180394, -0.145006041919), (0.572655494686, 0.0653901485431, -0.817184075273)	18.5983322306, 1.94308238648, -64.7636024208
4	given	(0.292175593484, -0.136613944695, -0.946556946352), (-0.105398684514, 0.979116145941, -0.173846743026), (0.950539078563, 0.150559632282, 0.271674910973)	-13.051337573, -2.88525520922, -41.1695809148
5	given	(-0.999806466445, 0.00583243775902, -0.0187886222009), (-0.00685110902514, -0.998483844223, 0.054617535009), (-0.0184415823494, 0.0547356875825, 0.998330562762)	36.6426904756, 14.7800715388, -0.045188970442
6	given	(-0.346103837417, 0.110121294276, -0.931711025089), (0.0826381825115, -0.985649441672, -0.147194119862), (-0.934549658668, -0.127939355469, 0.332036830496)	-2.32309069872, 7.24576868246, -1.3042210189
7	given	(0.743895659671, 0.322968866748, -0.585072951548), (0.307624828473, -0.942688925191, -0.129246103339), (-0.593284259381, -0.0838373510607, -0.800615442106)	-14.3214573475, 3.11278492615, -40.7521136441
8	given	(0.7370556657, 0.337879721962, 0.585308669973), (0.344160816153, -0.932998343122, 0.105201826774), (0.58163758328, 0.123900707094, -0.803956675759)	19.8372480019, 9.1739692265, -65.0692697343
9	given	(-0.330988608369, 0.132107357852, 0.934341579473), (0.155251047059, -0.96903521006, 0.192010088411), (0.930775834193, 0.20861066048, 0.300229810007)	50.6651137351, 15.3187619719, -39.9092002814

#1: タンパク質

Acetylcholine-binding protein / ACh-binding protein / AchBP

分子量: 23420.014 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Lymnaea stagnalis (無脊椎動物)
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P58154

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 化合物

ChemComp-PHN / 1,10-PHENANTHROLINE

分子量: 180.205 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₈N₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#4: 化合物

ChemComp-SO4 / SULFATE ION

分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.59 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: PEG3350 3% Ammonium sulfate 1.8 M HEPES buffer 0.1M, pH 7.75

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月22日
放射	プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→49.59 Å / Num. obs: 43398 / % possible obs: 99.89 % / 冗長度: 7.5 % / B_iso Wilson estimate: 78.11 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.2174 / Net I/σ(I): 8.28
反射シェル	解像度: 3→3.107 Å / R_merge(I) obs: 1.906 / Mean I/σ(I) obs: 1.05 / Num. unique obs: 4270 / CC_1/2: 0.523 / R_rim(I) all: 2.052

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
PHASER		位相決定
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3→49.59 Å / SU ML: 0.5544 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.9419
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2693	1999	4.61 %
R_work	0.2476	41375	-
obs	0.2486	43374	99.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 79.79 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→49.59 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16110	0	108	175	16393

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0043	16574
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8443	22607
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0544	2589
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0066	2903
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.2722	2213

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Asym-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.10918435289
ens_1	d_3	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.14458323972
ens_1	d_4	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.21090672393
ens_1	d_5	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.09571944346
ens_1	d_6	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.870690546807
ens_1	d_7	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.03383288011
ens_1	d_8	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.09580107076
ens_1	d_9	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.15829428385
ens_1	d_10	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.14689992089

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3-3.08	0.4302	139	0.435	2882	X-RAY DIFFRACTION	99.9
3.08-3.16	0.4327	141	0.3998	2915	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.16-3.25	0.4237	142	0.3743	2935	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.25-3.36	0.3688	140	0.3491	2891	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.36-3.48	0.3457	141	0.3298	2921	X-RAY DIFFRACTION	99.84
3.48-3.62	0.3624	141	0.2864	2915	X-RAY DIFFRACTION	100
3.62-3.78	0.2939	142	0.2559	2946	X-RAY DIFFRACTION	99.9
3.78-3.98	0.2396	142	0.2367	2942	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.98-4.23	0.2542	142	0.2219	2936	X-RAY DIFFRACTION	100
4.23-4.55	0.2382	142	0.1901	2950	X-RAY DIFFRACTION	100
4.55-5.01	0.2094	144	0.1912	2980	X-RAY DIFFRACTION	100
5.01-5.74	0.2185	145	0.1935	2985	X-RAY DIFFRACTION	100
5.74-7.22	0.2255	145	0.2344	3009	X-RAY DIFFRACTION	99.97
7.22-49.59	0.2335	153	0.221	3168	X-RAY DIFFRACTION	99.49

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)