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- PDB-8p0y: The crystal structure of the C-terminal domain of Mengla nucleoprotein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8p0y
タイトルThe crystal structure of the C-terminal domain of Mengla nucleoprotein
要素
  • (C-terminal domain of Mengla nucleoprotein) x 3
  • Nucleoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / Nucleoprotein / Filovirus / Mengla
機能・相同性Ebola nucleoprotein / Ebola nucleoprotein / viral RNA genome packaging / helical viral capsid / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / ribonucleoprotein complex / Nucleoprotein
機能・相同性情報
生物種Mengla dianlovirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.12 Å
データ登録者Ferrero, D.S. / Tomas Gilabert, O. / Verdaguer, N.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesPID2020-117976GB-I00 スペイン
引用ジャーナル: Microbiol Spectr / 年: 2023
タイトル: Structural insights on the nucleoprotein C-terminal domain of Mengla virus.
著者: Ferrero, D.S. / Tomas Gilabert, O. / Verdaguer, N.
履歴
登録2023年5月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年12月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
V: Nucleoprotein
Z: Nucleoprotein
Y: Nucleoprotein
T: Nucleoprotein
P: Nucleoprotein
S: Nucleoprotein
X: Nucleoprotein
W: Nucleoprotein
Q: Nucleoprotein
R: Nucleoprotein
U: Nucleoprotein
a: Nucleoprotein
O: Nucleoprotein
A: Nucleoprotein
C: C-terminal domain of Mengla nucleoprotein
B: C-terminal domain of Mengla nucleoprotein
D: C-terminal domain of Mengla nucleoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)206,06717
ポリマ－206,06717
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15230 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area53510 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)177.182, 177.182, 90.953
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32
Space group name HallP32
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3

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要素

#1: タンパク質
Nucleoprotein / Nucleocapsid protein


分子量: 14277.541 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mengla dianlovirus (ウイルス) / 遺伝子: NP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1Q1NMU1
#2: タンパク質・ペプチド C-terminal domain of Mengla nucleoprotein


分子量: 443.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mengla dianlovirus (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質・ペプチド C-terminal domain of Mengla nucleoprotein


分子量: 2826.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mengla dianlovirus (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: タンパク質・ペプチド C-terminal domain of Mengla nucleoprotein


分子量: 2911.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mengla dianlovirus (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M NaCl, 0.1M HEPES pH7, 1.6M Ammonium Sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.12→48.9 Å / Num. obs: 12572 / % possible obs: 83.8 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 146.91 Å2 / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.284 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル解像度: 4.12→4.5 Å / Rmerge(I) obs: 1.821 / Num. unique obs: 660 / CC1/2: 0.449

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMACdev_4788精密化
PHENIXdev_4788精密化
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 4.12→48.9 Å / SU ML: 0.6136 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 34.9244
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2681 672 5.36 %
Rwork0.2362 11874 -
obs0.238 12546 51.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 176.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.12→48.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8000 0 0 0 8000
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0058204
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.822111177
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04451212
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00681489
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.3523066
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.12-4.440.3232260.3246478X-RAY DIFFRACTION10.25
4.44-4.890.3857830.30551341X-RAY DIFFRACTION29.07
4.89-5.590.33291030.32362271X-RAY DIFFRACTION48.31
5.6-7.050.36311960.29973278X-RAY DIFFRACTION70.81
7.05-48.90.20892640.18724506X-RAY DIFFRACTION97.01
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2639864416520.3313968268740.3557055743980.725659866547-0.03091205363791.1307090564-0.9054674927220.567506379686-0.373337993493-0.1372007954450.0969979197930.6206168845060.1187085153641.2655603313-0.370426742831.401738158590.3592227296060.05522298713661.02984828423-0.1120024682561.66603599107-92.492270142110.30227070618.4950215065
21.960006781342.80924754005-0.8193492224444.57012047757-0.4329835597791.06276974061-0.1957180031140.471901798053-0.884803542061-0.5411803988-0.854646294183-1.114472135570.602485003199-0.998147361465-1.978767087561.229126372050.631519426048-0.09258819404941.23885020668-0.2455560789810.658732742973-115.7894347353.99959261-1.58918347006
31.730648624330.163143902745-2.510595276831.963862280751.552564663845.33665621758-1.226364965910.685169614480.4903393719140.6595750911990.1120209172930.2327689388430.659615224379-0.603246526909-1.512038883520.8503771247130.767327147502-0.2522641251361.343975148170.198337679811.38438404846-110.4382311643.134563759516.4894266493
41.229535480830.0752131075582-0.8828651538340.09306995331690.0326019400840.8385341992160.1804363021110.750213443769-0.2933876817280.380023710583-0.4505069322750.2951750032070.337762747775-0.6277819219710.0004997819564190.9250219238210.0236282291239-0.4486804350550.651203324628-0.09269117937511.0387542335-69.9273420371-7.549835530036.81301490405
51.672062500171.087517284820.8525902114720.9329483826050.7115563893030.9913438529480.2384729632840.976931038517-1.29901844372-0.8001241280470.36486241740.4604897600020.692033893020.7036577103550.1185232742230.9123054837890.535354109528-0.1950031275870.841530926810.3167426154691.15481503637-64.3286200729-60.693838294413.9534831512
62.06420708379-0.599306676562-1.002236978732.54445633042-2.316029168463.75395075108-1.07117535972-0.122828866213-0.5389405734740.0439854292519-0.1137205372220.957639244406-0.3761636680350.877877057052-0.5426493650061.528225087750.245572192902-0.1049835652921.02516144176-0.0517385585940.919232828048-77.4982204829-26.072986535717.750430002
7-0.01284974100330.06250965791010.0007109804077140.1843949637650.1697647792330.1544775721850.200942649910.213123078511-0.6198905127480.262124786137-0.408337183553-0.38385563526-0.3303435444730.8841732614992.07467871525E-51.538450482220.05284307050580.0860846351230.8578920657430.06522209560471.30267240858-114.77977972724.88376133234.99635487463
80.2815658550060.462436119973-0.146380041231.207737789890.2141352044480.346705080660.09205399140210.1517229745870.3976744372520.8750639813070.33826138423-1.370127153791.000119647250.507912309780.04349120324681.247677554080.1886415491370.1166320252190.984982414464-0.1400545160221.20109108197-92.793216044625.35354296291.65482363171
90.1037649495120.134189200770.1008985117260.1162186821490.06863572365550.323764216271-0.6460770642690.173852276176-0.533445950697-0.248757903502-0.103353117836-0.254959157675-0.167590518862-1.296234069171.56023606916E-70.9407298623750.2262536931050.05550864551091.191307958450.01783775326761.28010361329-52.8019785046-41.68425743210.8558273519
100.4161149954620.1165593334180.07103088573813.0101236087-2.016042029531.416107878050.481582967013-0.0844704430640.0686097787370.560407958798-0.781456079749-0.767952607438-0.01076874960510.601892770633-0.635095984111.972230573810.04258540343590.5437862479720.787196457001-0.3664707677230.945999568094-69.7940702542-36.0565482771-1.01406342607
110.1461315530220.00909111998980.05589727265910.149621991137-0.3253653496030.4395416692350.577064402027-0.73930033394-0.3322120305310.182114830606-0.4562717517310.548486586103-0.21277089390.4262235541160.002950885984181.22892849346-0.02032999689770.142982928561.13341777159-0.07263974362430.688684207996-92.7992982272-5.560551403912.87769178063
121.1529042333-0.1466740191840.5553428047430.05213166152560.04448601604820.537977367580.115002495131.253894811690.1477473585330.271339484301-0.589550000173-0.0806783364565-0.548581083408-0.0039735122859-0.03865116655941.122061677430.0979059522107-0.2333391621.00708006993-0.1676154991931.16330677821-135.91857372456.48199321639.53983883691
130.9376375235350.648837677484-0.4614292627530.500937816664-0.1899014579780.2928574870290.7804677812-0.679886991834-0.6980582186630.572709471071-0.583048513643-0.8878585198141.031205715930.8329536664290.01830522087971.595232747520.452840217806-0.1569851341430.877115246260.08933880919041.24613858076-50.7173913375-68.3316851988-2.39324836743
140.4292552911410.519581805054-0.2450787767960.581765009354-0.4324207328220.709526681519-0.878705448573-0.0642098044695-0.747871800465-0.8880581815020.805206325519-0.6892305578790.857636562007-0.614544076342-0.01936988126561.006688336250.3284643876620.02313474821931.01261207195-0.0474994186040.924511945959-37.8121835616-76.299110641113.3217442894
150.180765982247-0.1569807455-0.3625826507150.2369230200390.1999332799940.8700327515340.101421967237-0.3558151855680.02307915692520.0845459263484-0.183640646492-0.0242762990176-0.0291739745152-0.143199636887-0.471606228430.8499013309880.079916424349-0.499489685151.01792325221-0.3504168159350.647354656992-23.2295750497-70.521288536311.4815049686
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170.1125497434510.185772086046-0.1058152883960.444659052726-0.4164787256480.555694549725-0.0151268183623-0.05388412341450.2976735283841.063727402210.715428681145-0.1187374878240.0006127366163040.4064895402960.5618118502591.048872851460.1257301094630.4519294503980.303394392464-0.2980682220340.642355261248-86.832227589626.1547912177-16.2452673397
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain 'V' and resid 632 through 697)VA632 - 6971 - 66
22(chain 'Z' and resid 634 through 697)ZB634 - 6971 - 64
33(chain 'Y' and resid 633 through 697)YC633 - 6971 - 65
44(chain 'T' and resid 632 through 697)TD632 - 6971 - 66
55(chain 'P' and resid 633 through 697)PE633 - 6971 - 65
66(chain 'S' and resid 634 through 697)SF634 - 6971 - 64
77(chain 'X' and resid 633 through 697)XG633 - 6971 - 65
88(chain 'W' and resid 632 through 697)WH632 - 6971 - 66
99(chain 'Q' and resid 633 through 697)QI633 - 6971 - 65
1010(chain 'R' and resid 635 through 697)RJ635 - 6971 - 63
1111(chain 'U' and resid 629 through 697)UK629 - 6971 - 69
1212(chain 'a' and resid 628 through 697)aL628 - 6971 - 70
1313(chain 'O' and resid 633 through 697)OM633 - 6971 - 65
1414(chain 'A' and resid 632 through 697)AN632 - 6971 - 66
1515(chain 'C' and resid 103 through 107)CO103 - 1071 - 5
1616(chain 'B' and resid 591 through 623)BP591 - 6231 - 33
1717(chain 'D' and resid 590 through 623)DQ590 - 6231 - 32

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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