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- PDB-8p24: The crystal structure of the C-terminal domain of Mengla nucleoprotein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8p24
タイトルThe crystal structure of the C-terminal domain of Mengla nucleoprotein
要素Nucleoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / Nucleoprotein / Filovirus / Mengla
機能・相同性Ebola nucleoprotein / Ebola nucleoprotein / viral RNA genome packaging / helical viral capsid / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / ribonucleoprotein complex / Nucleoprotein
機能・相同性情報
生物種Mengla dianlovirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.73 Å
データ登録者Ferrero, D.S. / Tomas Gilabert, O. / Verdaguer, N.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesPID2020-117976GB-I00 スペイン
引用ジャーナル: Microbiol Spectr / 年: 2023
タイトル: Structural insights on the nucleoprotein C-terminal domain of Mengla virus.
著者: Ferrero, D.S. / Tomas Gilabert, O. / Verdaguer, N.
履歴
登録2023年5月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: citation / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年12月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
V: Nucleoprotein
Z: Nucleoprotein
Y: Nucleoprotein
T: Nucleoprotein
P: Nucleoprotein
S: Nucleoprotein
X: Nucleoprotein
W: Nucleoprotein
Q: Nucleoprotein
R: Nucleoprotein
U: Nucleoprotein
a: Nucleoprotein
O: Nucleoprotein
A: Nucleoprotein
E: Nucleoprotein
L: Nucleoprotein
K: Nucleoprotein
H: Nucleoprotein
B: Nucleoprotein
G: Nucleoprotein
C: Nucleoprotein
M: Nucleoprotein
N: Nucleoprotein
I: Nucleoprotein
D: Nucleoprotein
J: Nucleoprotein
F: Nucleoprotein
b: Nucleoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)399,77128
ポリマ－399,77128
非ポリマー00
水00
1
V: Nucleoprotein
Z: Nucleoprotein
Y: Nucleoprotein
T: Nucleoprotein
P: Nucleoprotein
S: Nucleoprotein
X: Nucleoprotein
W: Nucleoprotein
Q: Nucleoprotein
R: Nucleoprotein
U: Nucleoprotein
a: Nucleoprotein
O: Nucleoprotein
A: Nucleoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)199,88614
ポリマ－199,88614
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: Nucleoprotein
L: Nucleoprotein
K: Nucleoprotein
H: Nucleoprotein
B: Nucleoprotein
G: Nucleoprotein
C: Nucleoprotein
M: Nucleoprotein
N: Nucleoprotein
I: Nucleoprotein
D: Nucleoprotein
J: Nucleoprotein
F: Nucleoprotein
b: Nucleoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)199,88614
ポリマ－199,88614
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.748, 162.942, 175.363
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.151, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
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NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: ens_1 / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU

Dom-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
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d_16TRPTRPLP634 - 69767 - 130
d_17GLNGLNKQ632 - 69765 - 130
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d_27TRPTRPFAA634 - 69767 - 130
d_28TRPTRPbBA634 - 69767 - 130

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.856297837092, -0.400914710046, -0.325609289579), (0.406104138872, 0.912161919794, -0.0551367433715), (0.319113526167, -0.0850178060601, 0.943895402081)-3.88783526873, 44.9186778444, -37.8646651343
2given(-0.558820586456, -0.757144393263, 0.338307434005), (0.768580052227, -0.626068916016, -0.131614648566), (0.311455061721, 0.186467370199, 0.931786276127)-2.85406308207, 62.561828277, -166.831540741
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20given(0.618124298584, -0.785491735335, 0.0304152136478), (0.782622414858, 0.611319103994, -0.117435551916), (0.0736512543094, 0.0963933961103, 0.992614631126)17.3054273986, 17.1077811423, -102.92121012
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25given(0.899355586826, 0.43659569178, -0.0233180265913), (-0.4366403459, 0.899629690897, 0.00340992510468), (0.0224663476646, 0.00711485600295, 0.99972228246)-20.2525063696, 10.4050334091, -37.6059626649
26given(-0.188710124777, -0.962570888604, 0.194539901355), (0.946017579489, -0.23134346491, -0.227004274279), (0.263513240853, 0.14120016167, 0.954265836253)32.6789368085, 52.6715608907, -30.0101736117
27given(-0.566940042526, 0.764116341397, 0.307742107926), (-0.772017836499, -0.623173931387, 0.125070825406), (0.287345520775, -0.166674737286, 0.94321369988)-34.6280225, 62.6750063662, -5.5423977851

-
要素

#1: タンパク質 ...
Nucleoprotein / Nucleocapsid protein


分子量: 14277.541 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mengla dianlovirus (ウイルス) / 遺伝子: NP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1Q1NMU1

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.2M NaCl, 0.1M Cacodylate, 2M Ammonium Sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.73→173.13 Å / Num. obs: 8223 / % possible obs: 84.1 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 108.2 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.131 / Net I/σ(I): 4.7
反射 シェル解像度: 3.73→4.27 Å / Rmerge(I) obs: 0.787 / Num. unique obs: 1356 / CC1/2: 0.785

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMACdev_4788精密化
PHENIXdev_4788精密化
autoPROCデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.73→173.13 Å / SU ML: 0.6382 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 35.7101
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2651 435 5.29 %
Rwork0.2476 7788 -
obs0.2486 8223 25.06 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 115.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.73→173.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15048 0 0 0 15048
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003215453
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.668321030
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04192252
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01712792
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.88635919
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2LX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.784923582045
ens_1d_3LX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.798719456123
ens_1d_4LX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.675923407061
ens_1d_5LX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.826630921211
ens_1d_6LX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.805857150338
ens_1d_7LX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.811078740701
ens_1d_8LX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.784054443384
ens_1d_9LX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.926715230479
ens_1d_10LX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.739483302618
ens_1d_11LX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.79792303627
ens_1d_12LX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.752296108069
ens_1d_13LX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.721092738301
ens_1d_14LX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.787725750973
ens_1d_15LX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.669272953873
ens_1d_16LX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.697262522531
ens_1d_17LX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.80462430892
ens_1d_18LX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.762027677722
ens_1d_19LX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.791512826946
ens_1d_20LX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.729053669311
ens_1d_21LX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.716949588387
ens_1d_22LX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.766151753258
ens_1d_23LX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.724298579366
ens_1d_24LX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.757800222554
ens_1d_25LX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.786122598908
ens_1d_26LX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.781601449444
ens_1d_27LX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.788957031266
ens_1d_28LX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.74210637722
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.73-4.270.2862200.369381X-RAY DIFFRACTION3.69
4.27-5.380.3692950.30661415X-RAY DIFFRACTION13.89
5.38-173.130.24793200.23565992X-RAY DIFFRACTION57.21
精密化 TLS
ID手法Refine-ID
1refinedX-RAY DIFFRACTION
2refinedX-RAY DIFFRACTION
3refinedX-RAY DIFFRACTION
4refinedX-RAY DIFFRACTION
5refinedX-RAY DIFFRACTION
6refinedX-RAY DIFFRACTION
7refinedX-RAY DIFFRACTION
8refinedX-RAY DIFFRACTION
9refinedX-RAY DIFFRACTION
10refinedX-RAY DIFFRACTION
11refinedX-RAY DIFFRACTION
12refinedX-RAY DIFFRACTION
13refinedX-RAY DIFFRACTION
14refinedX-RAY DIFFRACTION
15refinedX-RAY DIFFRACTION
16refinedX-RAY DIFFRACTION
17refinedX-RAY DIFFRACTION
18refinedX-RAY DIFFRACTION
19refinedX-RAY DIFFRACTION
20refinedX-RAY DIFFRACTION
21refinedX-RAY DIFFRACTION
22refinedX-RAY DIFFRACTION
23refinedX-RAY DIFFRACTION
24refinedX-RAY DIFFRACTION
25refinedX-RAY DIFFRACTION
26refinedX-RAY DIFFRACTION
27refinedX-RAY DIFFRACTION
28refinedX-RAY DIFFRACTION
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'E' and (resid 633 through 697 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'L' and (resid 634 through 697 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'K' and (resid 634 through 697 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'V' and (resid 632 through 697 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'H' and (resid 635 through 697 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'Z' and (resid 633 through 697 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 634 through 697 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'Y' and (resid 633 through 697 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'G' and (resid 632 through 697 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 634 through 697 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'T' and (resid 634 through 697 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'P' and (resid 636 through 697 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'M' and (resid 631 through 697 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'N' and (resid 632 through 697 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'S' and (resid 636 through 697 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'I' and (resid 633 through 697 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'A' and (resid 632 through 697 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'X' and (resid 632 through 697 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'W' and (resid 632 through 697 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'J' and (resid 632 through 697 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'F' and (resid 634 through 697 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'Q' and (resid 6333 through 697 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'R' and (resid 635 through 697 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'U' and (resid 634 through 697 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'a' and (resid 634 through 697 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'b' and (resid 634 through 697 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'O' and (resid 633 through 697 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 634 through 697 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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