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万見
- PDB-8ozb: Crystal structure of Nup35-Nb complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ozb
タイトルCrystal structure of Nup35-Nb complex
要素
  • (Nup35 nanobody) x 2
  • Nucleoporin NUP35
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Nuclear pore complex Nanobody
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear pore central transport channel / nuclear pore organization / Nuclear Pore Complex (NPC) Disassembly / Regulation of Glucokinase by Glucokinase Regulatory Protein / Defective TPR may confer susceptibility towards thyroid papillary carcinoma (TPC) / nuclear pore nuclear basket / Transport of Ribonucleoproteins into the Host Nucleus / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / NS1 Mediated Effects on Host Pathways ...nuclear pore central transport channel / nuclear pore organization / Nuclear Pore Complex (NPC) Disassembly / Regulation of Glucokinase by Glucokinase Regulatory Protein / Defective TPR may confer susceptibility towards thyroid papillary carcinoma (TPC) / nuclear pore nuclear basket / Transport of Ribonucleoproteins into the Host Nucleus / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / NS1 Mediated Effects on Host Pathways / SUMOylation of SUMOylation proteins / structural constituent of nuclear pore / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA / SUMOylation of RNA binding proteins / Nuclear import of Rev protein / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / tRNA processing in the nucleus / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / nucleocytoplasmic transport / Viral Messenger RNA Synthesis / NLS-bearing protein import into nucleus / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / Vpr-mediated nuclear import of PICs / SUMOylation of DNA replication proteins / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / mRNA transport / nuclear pore / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / SUMOylation of chromatin organization proteins / cellular response to leukemia inhibitory factor / HCMV Late Events / Transcriptional regulation by small RNAs / phospholipid binding / ISG15 antiviral mechanism / HCMV Early Events / nuclear envelope / snRNP Assembly / nuclear membrane / nucleic acid binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nucleoporin, NUP53 / RNA-recognition motif (RRM) Nup35-type domain / Nup53/35/40-type RNA recognition motif / RNA-recognition motif (RRM) Nup35-type domain profile. / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Lama glama (ラマ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Srinivasan, V.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2024
タイトル: A checkpoint function for Nup98 in nuclear pore formation suggested by novel inhibitory nanobodies.
著者: Mireia Solà Colom / Zhenglin Fu / Philip Gunkel / Thomas Güttler / Sergei Trakhanov / Vasundara Srinivasan / Kathrin Gregor / Tino Pleiner / Dirk Görlich /
要旨: Nuclear pore complex (NPC) biogenesis is a still enigmatic example of protein self-assembly. We now introduce several cross-reacting anti-Nup nanobodies for imaging intact nuclear pore complexes from ...Nuclear pore complex (NPC) biogenesis is a still enigmatic example of protein self-assembly. We now introduce several cross-reacting anti-Nup nanobodies for imaging intact nuclear pore complexes from frog to human. We also report a simplified assay that directly tracks postmitotic NPC assembly with added fluorophore-labeled anti-Nup nanobodies. During interphase, NPCs are inserted into a pre-existing nuclear envelope. Monitoring this process is challenging because newly assembled NPCs are indistinguishable from pre-existing ones. We overcame this problem by inserting Xenopus-derived NPCs into human nuclear envelopes and using frog-specific anti-Nup nanobodies for detection. We further asked whether anti-Nup nanobodies could serve as NPC assembly inhibitors. Using a selection strategy against conserved epitopes, we obtained anti-Nup93, Nup98, and Nup155 nanobodies that block Nup-Nup interfaces and arrest NPC assembly. We solved structures of nanobody-target complexes and identified roles for the Nup93 α-solenoid domain in recruiting Nup358 and the Nup214·88·62 complex, as well as for Nup155 and the Nup98 autoproteolytic domain in NPC scaffold assembly. The latter suggests a checkpoint linking pore formation to the assembly of the Nup98-dominated permeability barrier.
履歴
登録2023年5月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年6月12日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nup35 nanobody
C: Nup35 nanobody
E: Nucleoporin NUP35
F: Nucleoporin NUP35


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4314
ポリマ－42,4314
非ポリマー00
水1,24369
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4660 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area17610 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)49.120, 77.220, 127.470
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number17
Space group name H-MP2221

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要素

#1: 抗体 Nup35 nanobody


分子量: 12582.026 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体 Nup35 nanobody


分子量: 12669.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質 Nucleoporin NUP35 / 35 kDa nucleoporin / Mitotic phosphoprotein 44 / MP-44 / Nuclear pore complex protein Nup53 / ...35 kDa nucleoporin / Mitotic phosphoprotein 44 / MP-44 / Nuclear pore complex protein Nup53 / Nucleoporin NUP53


分子量: 8589.972 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUP35, MP44, NUP53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8NFH5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.05 M HEPES (pH 6.5); 25% v/v PEG400; 0.05 M NaCl, 0.01 M MgCl2.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→77.02 Å / Num. obs: 29113 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 12.5 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 2.09→2.15 Å / Num. unique obs: 1993 / CC1/2: 1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0257精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.09→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 7.021 / SU ML: 0.171 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.23 / ESU R Free: 0.19 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2674 1493 5.1 %RANDOM
Rwork0.24168 ---
obs0.24306 27532 98.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.928 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.27 Å20 Å20 Å2
2---1.04 Å20 Å2
3---1.31 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.09→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2976 0 0 69 3045
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0133036
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0182764
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6751.634100
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3231.5776386
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6195381
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.19321.558154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.77915505
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.8641520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2387
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023433
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02683
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.2383.8271536
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.2343.8261535
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.7395.731913
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.745.7321914
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.3894.2691500
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.3884.2711501
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.6646.1922188
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined12.68644.6323329
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other12.98144.6533326
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.09→2.144 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.398 90 -
Rwork0.42 1766 -
obs--87.51 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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