[日本語] English
万見
- PDB-8oz0: Structure of a human 48S translation initiation complex with eIF4... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8oz0
タイトルStructure of a human 48S translation initiation complex with eIF4F and eIF4A
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 30
  • (Eukaryotic translation initiation factor ...) x 18
  • 18S rRNA
  • 60S ribosomal protein L41
  • Eukaryotic initiation factor 4A-I
  • Receptor of activated protein C kinase 1
  • Small ribosomal subunit protein uS13
  • Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a
  • mRNA
  • tRNAiMet
キーワードTRANSLATION / eIF4A / eIF4F / initiation / ribosome / mRNA
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of eukaryotic translation initiation factor 4F complex assembly / : / male germ cell proliferation / eukaryotic initiation factor eIF2 binding / positive regulation of mRNA binding / translation initiation ternary complex / regulation of translation in response to endoplasmic reticulum stress / glial limiting end-foot / positive regulation of translation in response to endoplasmic reticulum stress / HRI-mediated signaling ...positive regulation of eukaryotic translation initiation factor 4F complex assembly / : / male germ cell proliferation / eukaryotic initiation factor eIF2 binding / positive regulation of mRNA binding / translation initiation ternary complex / regulation of translation in response to endoplasmic reticulum stress / glial limiting end-foot / positive regulation of translation in response to endoplasmic reticulum stress / HRI-mediated signaling / response to kainic acid / macromolecule biosynthetic process / viral translational termination-reinitiation / Cellular response to mitochondrial stress / response to manganese-induced endoplasmic reticulum stress / positive regulation of type B pancreatic cell apoptotic process / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3e / Response of EIF2AK1 (HRI) to heme deficiency / Recycling of eIF2:GDP / cap-dependent translational initiation / negative regulation of translational initiation in response to stress / PERK-mediated unfolded protein response / methionyl-initiator methionine tRNA binding / Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3m / eukaryotic initiation factor 4E binding / PERK regulates gene expression / regulation of cellular response to stress / IRES-dependent viral translational initiation / translation reinitiation / eukaryotic translation initiation factor 2 complex / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / nuclear stress granule / RNA cap binding / eukaryotic translation initiation factor 4F complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / cytoplasmic translational initiation / multi-eIF complex / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / regulation of translational initiation in response to stress / translation factor activity, RNA binding / eukaryotic 43S preinitiation complex / mRNA cap binding / formation of translation preinitiation complex / Deadenylation of mRNA / negative regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / miRNA-mediated gene silencing by inhibition of translation / eukaryotic 48S preinitiation complex / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / oxidized pyrimidine DNA binding / response to TNF agonist / positive regulation of base-excision repair / negative regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / negative regulation of peptidyl-serine phosphorylation / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / positive regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / positive regulation of gastrulation / regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / protein tyrosine kinase inhibitor activity / IRE1-RACK1-PP2A complex / positive regulation of endodeoxyribonuclease activity / nucleolus organization / positive regulation of Golgi to plasma membrane protein transport / translation at postsynapse / TNFR1-mediated ceramide production / negative regulation of DNA repair / negative regulation of RNA splicing / protein-synthesizing GTPase / metal-dependent deubiquitinase activity / mammalian oogenesis stage / regulation of translational initiation / positive regulation of protein localization to cell periphery / supercoiled DNA binding / activation-induced cell death of T cells / neural crest cell differentiation / NF-kappaB complex / oxidized purine DNA binding / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / GDP-dissociation inhibitor activity / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hydrogen peroxide / ubiquitin-like protein conjugating enzyme binding / regulation of establishment of cell polarity / translation at presynapse / positive regulation of ubiquitin-protein transferase activity / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / erythrocyte homeostasis / negative regulation of phagocytosis / rRNA modification in the nucleus and cytosol / cytoplasmic side of rough endoplasmic reticulum membrane / laminin receptor activity / protein kinase A binding / negative regulation of ubiquitin protein ligase activity / pigmentation / Ribosomal scanning and start codon recognition / ion channel inhibitor activity / Translation initiation complex formation / positive regulation of mitochondrial depolarization / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / positive regulation of activated T cell proliferation
類似検索 - 分子機能
ATP-dependent RNA helicase eIF4A, DEAD-box helicase domain / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit D / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 7 (eIF-3) / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit H / eIF3h, C-terminal / C-terminal region of eIF3h / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit F / Translation initiation factor 3 complex subunit L / RNA polymerase I-associated factor PAF67 / EIF3I ...ATP-dependent RNA helicase eIF4A, DEAD-box helicase domain / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit D / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 7 (eIF-3) / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit H / eIF3h, C-terminal / C-terminal region of eIF3h / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit F / Translation initiation factor 3 complex subunit L / RNA polymerase I-associated factor PAF67 / EIF3I / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M / eIF3 subunit M, C-terminal helix domain / eIF3 subunit 6 N terminal domain / eIF3 subunit M, C-terminal helix / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E, C-terminal / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit G / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E, N-terminal / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit G, N-terminal / eIF3G, RNA recognition motif / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit G / eIF3 subunit 6 N terminal domain / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit K / Translation initiation factor 3, subunit 12, N-terminal, eukaryotic / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit I / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B / eIF3B, RNA recognition motif / Translation initiation factor, beta propellor-like domain / Eukaryotic translation initiation factor eIF2A / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M eIF3m/COP9 signalosome complex subunit 7 COPS7 / : / eIF3a, PCI domain, TPR-like region / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C, N-terminal domain / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 8 N-terminus / Translation initiation factor IF2/IF5 domain / Translation initiation factor IF2/IF5, N-terminal / Translation initiation factor IF2/IF5, zinc-binding / Translation initiation factor IF2/IF5 / Domain found in IF2B/IF5 / domain present in translation initiation factor eIF2B and eIF5 / eIF4-gamma/eIF5/eIF2-epsilon / Domain at the C-termini of GCD6, eIF-2B epsilon, eIF-4 gamma and eIF-5 / W2 domain / W2 domain profile. / Translation initiation factor 1A (eIF-1A), conserved site / Eukaryotic initiation factor 1A signature. / eukaryotic translation initiation factor 1A / Translation initiation factor 1A (eIF-1A) / Initiation factor eIF-4 gamma, MA3 / MA3 domain / MI domain profile. / Domain in DAP-5, eIF4G, MA-3 and other proteins. / MIF4G domain / Translation initiation factor 2, alpha subunit / Translation initiation factor 2, alpha subunit, middle domain superfamily / Translation initiation factor 2, alpha subunit, C-terminal / IF2a, S1-like domain / Eukaryotic translation initiation factor 2 alpha subunit / Initiation factor eIF2 gamma, C-terminal / Initiation factor eIF2 gamma, domain 2 / Initiation factor eIF2 gamma, GTP-binding domain / Initiation factor eIF2 gamma, C terminal / : / Middle domain of eukaryotic initiation factor 4G (eIF4G) / MIF4G-like, type 3 / RNA-binding domain, S1, IF1 type / Translation initiation factor 1A / IF-1 / S1 domain IF1 type profile. / CSN8/PSMD8/EIF3K / CSN8/PSMD8/EIF3K family / Rpn11/EIF3F, C-terminal / Maintenance of mitochondrial structure and function / : / motif in proteasome subunits, Int-6, Nip-1 and TRIP-15 / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / PCI domain / Proteasome component (PCI) domain / PCI domain profile. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / 40S ribosomal protein SA / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / 40S ribosomal protein SA, C-terminal domain / 40S ribosomal protein SA C-terminus / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / Ubiquitin-like protein FUBI / JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease / S1 domain profile. / : / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / :
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit F / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit D / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit H / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit G / Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 1 ...: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit F / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit D / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit H / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit G / Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 1 / Small ribosomal subunit protein eS17 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein eS12 / Small ribosomal subunit protein eS19 / Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 3 / Small ribosomal subunit protein eS27 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein eS10 / Eukaryotic translation initiation factor 1A, X-chromosomal / Eukaryotic translation initiation factor 5 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E / Eukaryotic initiation factor 4A-I / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Small ribosomal subunit protein eS7 / Small ribosomal subunit protein eS8 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein eS4, X isoform / Small ribosomal subunit protein eS6 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein eS24 / Small ribosomal subunit protein eS25 / Small ribosomal subunit protein eS26 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Ubiquitin-like FUBI-ribosomal protein eS30 fusion protein / Small ribosomal subunit protein eS32 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Small ribosomal subunit protein eS21 / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Eukaryotic translation initiation factor 4 gamma 1 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit I / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit K / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit L
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Brito Querido, J. / Sokabe, M. / Diaz-Lopez, I. / Gordiyenko, Y. / Fraser, C.S. / Ramakrishnan, V.
資金援助 英国, 米国, 3件
組織認可番号国
UK Research and Innovation (UKRI)MC_U105184332 英国
Wellcome TrustWT096570 英国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM092927 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024
タイトル: The structure of a human translation initiation complex reveals two independent roles for the helicase eIF4A.
著者: Jailson Brito Querido / Masaaki Sokabe / Irene Díaz-López / Yuliya Gordiyenko / Christopher S Fraser / V Ramakrishnan /
要旨: Eukaryotic translation initiation involves recruitment of the 43S pre-initiation complex to the 5' end of mRNA by the cap-binding complex eIF4F, forming the 48S translation initiation complex (48S), ...Eukaryotic translation initiation involves recruitment of the 43S pre-initiation complex to the 5' end of mRNA by the cap-binding complex eIF4F, forming the 48S translation initiation complex (48S), which then scans along the mRNA until the start codon is recognized. We have previously shown that eIF4F binds near the mRNA exit channel of the 43S, leaving open the question of how mRNA secondary structure is removed as it enters the mRNA channel on the other side of the 40S subunit. Here we report the structure of a human 48S that shows that, in addition to the eIF4A that is part of eIF4F, there is a second eIF4A helicase bound at the mRNA entry site, which could unwind RNA secondary structures as they enter the 48S. The structure also reveals conserved interactions between eIF4F and the 43S, probaby explaining how eIF4F can promote mRNA recruitment in all eukaryotes.
履歴
登録2023年5月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年4月24日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 ..._chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_bond.value_order

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
5: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E
6: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit F
7: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit G
8: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit H
9: 60S ribosomal protein L41
A: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A
B: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit K
C: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M
D: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 1
E: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 3
F: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit I
G: Eukaryotic translation initiation factor 1A, X-chromosomal
H: Eukaryotic translation initiation factor 5
I: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B
J: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C
K: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit L
L: 40S ribosomal protein S7
M: 40S ribosomal protein S27
N: 40S ribosomal protein S21
O: 40S ribosomal protein S2
P: 40S ribosomal protein S3a
Q: 40S ribosomal protein SA
R: 40S ribosomal protein S26
S: 40S ribosomal protein S6
T: 40S ribosomal protein S14
U: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 2
V: 40S ribosomal protein S13
W: 18S rRNA
X: 40S ribosomal protein S11
Y: 40S ribosomal protein S4, X isoform
Z: 40S ribosomal protein S9
a: 40S ribosomal protein S23
b: 40S ribosomal protein S30
c: 40S ribosomal protein S15a
d: 40S ribosomal protein S8
e: 40S ribosomal protein S24
f: 40S ribosomal protein S5
g: 40S ribosomal protein S16
h: 40S ribosomal protein S3
i: 40S ribosomal protein S10
j: 40S ribosomal protein S15
k: Receptor of activated protein C kinase 1
l: 40S ribosomal protein S19
m: 40S ribosomal protein S25
n: Small ribosomal subunit protein uS13
o: 40S ribosomal protein S29
p: Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a
q: 40S ribosomal protein S12
s: 40S ribosomal protein S28
v: 40S ribosomal protein S17
w: 40S ribosomal protein S20
x: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit D
y: tRNAiMet
z: mRNA
3: Eukaryotic initiation factor 4A-I
1: Eukaryotic initiation factor 4A-I
2: Eukaryotic translation initiation factor 4 gamma 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,476,484148
ポリマ－2,474,19057
非ポリマー2,29491
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: cross-linking
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
Eukaryotic translation initiation factor ... , 18種, 18分子 5678ABCDEFGHIJKUx2

#1: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E / eIF3e / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 6 / Viral integration site protein INT-6 ...eIF3e / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 6 / Viral integration site protein INT-6 homolog / eIF-3 p48


分子量: 52281.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF3E, EIF3S6, INT6 / 細胞株 (発現宿主): HeLa cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P60228
#2: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit F / eIF3f / Deubiquitinating enzyme eIF3f / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 5 / eIF- ...eIF3f / Deubiquitinating enzyme eIF3f / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 5 / eIF-3-epsilon / eIF3 p47


分子量: 37593.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit F
由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O00303, ubiquitinyl hydrolase 1
#3: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit G / eIF3g / Eukaryotic translation initiation factor 3 RNA-binding subunit / eIF-3 RNA-binding subunit ...eIF3g / Eukaryotic translation initiation factor 3 RNA-binding subunit / eIF-3 RNA-binding subunit / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 4 / eIF-3-delta / eIF3 p42 / eIF3 p44


分子量: 35662.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit G
由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75821
#4: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit H / eIF3h / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 3 / eIF-3-gamma / eIF3 p40 subunit


分子量: 39979.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit H
由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O15372
#6: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A / eIF3a / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 10 / eIF-3-theta / eIF3 p167 / eIF3 p180 ...eIF3a / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 10 / eIF-3-theta / eIF3 p167 / eIF3 p180 / eIF3 p185


分子量: 166903.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A
由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q14152
#7: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit K / eIF3k / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 12 / Muscle-specific gene M9 protein / ...eIF3k / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 12 / Muscle-specific gene M9 protein / PLAC-24 / eIF-3 p25 / eIF-3 p28


分子量: 25083.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit K
由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UBQ5
#8: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M / eIF3m / Fetal lung protein B5 / hFL-B5 / PCI domain-containing protein 1


分子量: 42555.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M
由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7L2H7
#9: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 1 / Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit alpha / eIF-2alpha


分子量: 36161.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 1
由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P05198
#10: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 3 / Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit gamma X / eIF-2gX


分子量: 51178.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 3
由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P41091, protein-synthesizing GTPase
#11: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit I / eIF3i / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 2 / TGF-beta receptor-interacting ...eIF3i / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 2 / TGF-beta receptor-interacting protein 1 / TRIP-1 / eIF-3-beta / eIF3 p36


分子量: 36543.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit I
由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13347
#12: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 1A, X-chromosomal / eIF-1A X isoform / Eukaryotic translation initiation factor 4C / eIF-4C


分子量: 16488.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Eukaryotic translation initiation factor 1A / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF1AX, EIF1A, EIF4C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P47813
#13: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 5


分子量: 49301.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Eukaryotic translation initiation factor 5 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF5 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P55010
#14: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B / eIF3b / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 9 / Prt1 homolog / hPrt1 / eIF-3-eta / ...eIF3b / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 9 / Prt1 homolog / hPrt1 / eIF-3-eta / eIF3 p110 / eIF3 p116


分子量: 92593.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B
由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P55884
#15: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C / eIF3c / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 8 / eIF3 p110


分子量: 105503.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C
由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q99613
#16: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit L / eIF3l / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 6-interacting protein / Eukaryotic ...eIF3l / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 6-interacting protein / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E-interacting protein


分子量: 66803.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit L
由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y262
#26: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 2 / Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit beta / eIF-2-beta


分子量: 38454.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 2
由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P20042
#52: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit D / eIF3d / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 7 / eIF-3-zeta / eIF3 p66


分子量: 64060.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit D
由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O15371
#56: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 4 gamma 1


分子量: 155130.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Eukaryotic translation initiation factor 4 gamma / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF4G1
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
参照: UniProt: Q04637

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 9

#5: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L41 / HG12 / Large ribosomal subunit protein eL41


分子量: 3473.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: 60S ribosomal protein L41 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62945

+
40S ribosomal protein ... , 30種, 30分子 LMNOPQRSTVXYZabcdefghijlmoqsvw

#17: タンパク質 40S ribosomal protein S7 / Small ribosomal subunit protein eS7


分子量: 22168.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Small ribosomal subunit protein eS7 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62081
#18: タンパク質 40S ribosomal protein S27 / Metallopan-stimulin 1 / MPS-1 / Small ribosomal subunit protein eS27


分子量: 9480.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Small ribosomal subunit protein eS27 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P42677
#19: タンパク質 40S ribosomal protein S21 / Small ribosomal subunit protein eS21


分子量: 9124.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Small ribosomal subunit protein eS21 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P63220
#20: タンパク質 40S ribosomal protein S2 / 40S ribosomal protein S4 / Protein LLRep3 / Small ribosomal subunit protein uS5


分子量: 31376.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Small ribosomal subunit protein uS5 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P15880
#21: タンパク質 40S ribosomal protein S3a / Small ribosomal subunit protein eS1 / v-fos transformation effector protein / Fte-1


分子量: 30002.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Small ribosomal subunit protein eS1 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61247
#22: タンパク質 40S ribosomal protein SA / 37 kDa laminin receptor precursor / 37LRP / 37/67 kDa laminin receptor / LRP/LR / 67 kDa laminin ...37 kDa laminin receptor precursor / 37LRP / 37/67 kDa laminin receptor / LRP/LR / 67 kDa laminin receptor / 67LR / Colon carcinoma laminin-binding protein / Laminin receptor 1 / LamR / Laminin-binding protein precursor p40 / LBP/p40 / Multidrug resistance-associated protein MGr1-Ag / NEM/1CHD4 / Small ribosomal subunit protein uS2


分子量: 32883.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Small ribosomal subunit protein uS2 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08865
#23: タンパク質 40S ribosomal protein S26 / Small ribosomal subunit protein eS26


分子量: 13047.532 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Small ribosomal subunit protein eS26 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62854
#24: タンパク質 40S ribosomal protein S6 / Phosphoprotein NP33 / Small ribosomal subunit protein eS6


分子量: 28751.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Small ribosomal subunit protein eS6 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62753
#25: タンパク質 40S ribosomal protein S14 / Small ribosomal subunit protein uS11


分子量: 16302.772 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Small ribosomal subunit protein uS11 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62263
#27: タンパク質 40S ribosomal protein S13 / Small ribosomal subunit protein uS15


分子量: 17259.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Small ribosomal subunit protein uS15 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62277
#29: タンパク質 40S ribosomal protein S11 / Small ribosomal subunit protein uS17


分子量: 18468.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Small ribosomal subunit protein uS17 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62280
#30: タンパク質 40S ribosomal protein S4, X isoform / SCR10 / Single copy abundant mRNA protein / Small ribosomal subunit protein eS4


分子量: 29654.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Small ribosomal subunit protein eS4 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62701
#31: タンパク質 40S ribosomal protein S9 / Small ribosomal subunit protein uS4


分子量: 22641.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Small ribosomal subunit protein uS4 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46781
#32: タンパク質 40S ribosomal protein S23 / Small ribosomal subunit protein uS12


分子量: 15844.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Small ribosomal subunit protein uS12 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62266
#33: タンパク質 40S ribosomal protein S30 / Small ribosomal subunit protein eS30


分子量: 6668.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Small ribosomal subunit protein eS30 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62861
#34: タンパク質 40S ribosomal protein S15a / Small ribosomal subunit protein uS8


分子量: 14865.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Small ribosomal subunit protein uS8 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62244
#35: タンパク質 40S ribosomal protein S8 / Small ribosomal subunit protein eS8


分子量: 24263.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Small ribosomal subunit protein eS8 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62241
#36: タンパク質 40S ribosomal protein S24 / Small ribosomal subunit protein eS24


分子量: 15463.333 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Small ribosomal subunit protein eS24 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62847
#37: タンパク質 40S ribosomal protein S5 / Small ribosomal subunit protein uS7


分子量: 22913.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Small ribosomal subunit protein uS7 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46782
#38: タンパク質 40S ribosomal protein S16 / Small ribosomal subunit protein uS9


分子量: 16477.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Small ribosomal subunit protein uS9 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62249
#39: タンパク質 40S ribosomal protein S3 / Small ribosomal subunit protein uS3


分子量: 26729.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Small ribosomal subunit protein uS3 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P23396, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
#40: タンパク質 40S ribosomal protein S10 / Small ribosomal subunit protein eS10


分子量: 18933.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Small ribosomal subunit protein eS10 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46783
#41: タンパク質 40S ribosomal protein S15 / RIG protein / Small ribosomal subunit protein uS19


分子量: 17076.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Small ribosomal subunit protein uS19 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62841
#43: タンパク質 40S ribosomal protein S19 / Small ribosomal subunit protein eS19


分子量: 16091.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Small ribosomal subunit protein eS19 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P39019
#44: タンパク質 40S ribosomal protein S25 / Small ribosomal subunit protein eS25


分子量: 13776.224 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Small ribosomal subunit protein eS25 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62851
#46: タンパク質 40S ribosomal protein S29 / Small ribosomal subunit protein uS14


分子量: 6690.821 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Small ribosomal subunit protein uS14 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62273
#48: タンパク質 40S ribosomal protein S12 / Small ribosomal subunit protein eS12


分子量: 14538.987 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Small ribosomal subunit protein eS12 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P25398
#49: タンパク質 40S ribosomal protein S28 / Small ribosomal subunit protein eS28


分子量: 7855.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Small ribosomal subunit protein eS28 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62857
#50: タンパク質 40S ribosomal protein S17 / Small ribosomal subunit protein eS17


分子量: 15578.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Small ribosomal subunit protein eS17 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08708
#51: タンパク質 40S ribosomal protein S20 / Small ribosomal subunit protein uS10


分子量: 13398.763 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Small ribosomal subunit protein uS10 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P60866

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 Wyz

#28: RNA鎖 18S rRNA


分子量: 555083.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: 18S rRNA / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#53: RNA鎖 tRNAiMet


分子量: 24231.510 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Human initiator Met-tRNA-i / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 174924
#54: RNA鎖 mRNA


分子量: 67626.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: mRNA / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 , 4種, 5分子 knp31

#42: タンパク質 Receptor of activated protein C kinase 1 / Cell proliferation-inducing gene 21 protein / Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-2- ...Cell proliferation-inducing gene 21 protein / Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-2-like 1 / Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein 12.3 / Human lung cancer oncogene 7 protein / HLC-7 / Receptor for activated C kinase / Small ribosomal subunit protein RACK1


分子量: 35115.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Receptor of activated protein C kinase 1 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P63244
#45: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS13 / 40S ribosomal protein S18 / Ke-3 / Ke3


分子量: 17630.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Small ribosomal subunit protein uS13 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62269
#47: タンパク質 Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a / Ubiquitin carboxyl extension protein 80


分子量: 18004.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Small ribosomal subunit protein eS31 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62979
#55: タンパク質 Eukaryotic initiation factor 4A-I


分子量: 46207.824 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Eukaryotic initiation factor 4A-I / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF4A1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P60842

-
非ポリマー , 2種, 91分子

#57: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#58: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Human 48S translation initiation complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#56 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 47.88 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2PHENIX1.19.2_4158:モデル精密化
3EPU画像取得
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 241389 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.011127407
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.881181704
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d14.96534643
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04322569
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00616784

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る