PDB-8oyk: Coiled-Coil Domain of Human STIL, L736E Mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8oyk

タイトル

Coiled-Coil Domain of Human STIL, L736E Mutant

要素

Isoform 2 of SCL-interrupting locus protein

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / STIL / coiled coil / dimer / antiparallel

機能・相同性

機能・相同性情報

floor plate development / regulation of centriole replication / procentriole replication complex / positive regulation of centriole replication / embryonic axis specification / positive regulation of spindle assembly / notochord development / determination of left/right symmetry / protein localization to centrosome / neural tube development ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Martin, F.J.O. / Shamir, M. / Woolfson, D.N. / Friedler, A.

資金援助

European Union,

英国,

イスラエル, 4件

組織	認可番号	国
European Research Council (ERC)	340764	European Union
Engineering and Physical Sciences Research Council	EP/G036764	英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB R00661X 1	英国
Israel Science Foundation	939/14	イスラエル

引用

ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2023
タイトル: Molecular Mechanism of STIL Coiled-Coil Domain Oligomerization.
著者: Shamir, M. / Martin, F.J.O. / Woolfson, D.N. / Friedler, A.

履歴

登録	2023年5月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え	2023年10月18日	ID: 7QXG
改定 1.0	2023年10月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8oyk.cif.gz	91.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8oyk.ent.gz	71.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8oyk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8oyk_validation.pdf.gz	446.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8oyk_full_validation.pdf.gz	446.4 KB	表示
XML形式データ	8oyk_validation.xml.gz	9.5 KB	表示
CIF形式データ	8oyk_validation.cif.gz	12.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oy/8oyk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oy/8oyk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8oylC 4yyp 5lhw 5lhz C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Isoform 2 of SCL-interrupting locus protein

B: Isoform 2 of SCL-interrupting locus protein

C: Isoform 2 of SCL-interrupting locus protein

D: Isoform 2 of SCL-interrupting locus protein

E: Isoform 2 of SCL-interrupting locus protein

F: Isoform 2 of SCL-interrupting locus protein

ヘテロ分子

23 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Isoform 2 of SCL-interrupting locus protein

B: Isoform 2 of SCL-interrupting locus protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation
7.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Isoform 2 of SCL-interrupting locus protein

E: Isoform 2 of SCL-interrupting locus protein

登録者が定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation
7.67 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

D: Isoform 2 of SCL-interrupting locus protein

F: Isoform 2 of SCL-interrupting locus protein

登録者が定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation
7.67 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.539, 31.269, 64.473
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.08, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質・ペプチド	Isoform 2 of SCL-interrupting locus protein / TAL-1-interrupting locus protein 分子量: 3834.298 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15468
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.88 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 詳細: 0.9 mM peptide, 50 mM Tris, and 10 % v/v MPD, at pH 8.0.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→63.83 Å / Num. obs: 13477 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.038 / R_pim(I) all: 0.038 / R_rim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 15.4
反射シェル	解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.119 / Mean I/σ(I) obs: 6 / Num. unique obs: 846 / CC_1/2: 0.957 / R_pim(I) all: 0.119 / R_rim(I) all: 0.168 / % possible all: 96.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0411	精密化
autoPROC	2.2.19	データ削減
Aimless	0.7.7	データスケーリング
Arcimboldo	1.0.21	位相決定

精密化

構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.9→63.83 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / SU B: 7.311 / SU ML: 0.108 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.187 / ESU R Free: 0.16 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22492	680	5 %	RANDOM
R_work	0.18048	-	-	-
obs	0.18274	12795	97.11 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.465 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.34 Å²	0 Å²	-0.29 Å²
2-	-	0.23 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.9→63.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1549	0	1	105	1655

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	1609
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1597
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.354	1.654	2173
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.463	1.567	3633
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.603	5	190
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.166	5	26
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.174	10	315
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	241
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2024
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	432
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.772	0.955	743
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.672	0.955	743
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.209	1.679	923
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.235	1.683	924
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.23	1.538	866
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.226	1.539	867
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.931	2.552	1245
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.622	15.12	1890
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	8.582	14.67	1870
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.254	58	-
R_work	0.203	912	-
obs	-	-	96.23 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3463	0.2541	2.0716	0.927	1.3657	7.396	-0.0032	0.0339	-0.034	-0.021	0.0135	-0.018	-0.0393	0.0927	-0.0103	0.02	-0.0091	0.0085	0.0156	0.0174	0.0498	14.5614	5.7792	15.9899
2	7.4761	3.1423	9.2057	1.8715	4.7805	13.2305	-0.1567	-0.1009	0.29	-0.0221	0.0107	0.0949	-0.1452	-0.0689	0.146	0.0083	0.0085	0.0025	0.0094	0.0076	0.0837	12.7547	13.7025	16.513
3	1.6365	-0.1335	2.9618	0.664	-0.8306	9.3142	0.0196	0.0176	-0.0638	0.0022	0.0312	0.031	0.0684	0.0016	-0.0508	0.032	0.0074	0.0168	0.0099	-0.0123	0.0567	31.2114	3.5034	35.6212
4	11.6851	-0.8295	11.3425	3.2681	-2.1808	12.7719	0.0326	0.001	0.0751	0.06	-0.0974	0.0143	-0.19	-0.0544	0.0648	0.0402	0.0093	0.0095	0.0147	-0.0073	0.0127	-2.4924	0.0517	6.6229
5	4.5619	-2.9416	6.3241	3.0377	-4.4733	10.505	-0.0501	0.0786	0.0561	-0.0509	0.0126	-0.1243	0.0446	0.03	0.0374	0.0169	-0.0135	0.0131	0.0113	-0.011	0.0317	34.9715	10.7655	28.1585
6	10.0381	3.1593	11.7394	2.4721	3.0793	16.4759	0.1697	-0.4295	0.0257	0.1019	-0.0903	0.1756	0.0891	-0.3122	-0.0793	0.0592	0.0261	0.0378	0.1086	-0.0258	0.097	-11.8396	-0.9762	8.6591

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 32
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 32
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 31
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 29
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 30
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1 - 32

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