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- PDB-8oxw: Transglutaminase 3 in complex with DH patient-derived Fab DH63-B02 -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8oxw | ||||||||||||
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Title | Transglutaminase 3 in complex with DH patient-derived Fab DH63-B02 | ||||||||||||
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Function / homology | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Heggelund, J.E. / Sollid, L.M. | ||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Autoantibody binding and unique enzyme-substrate intermediate conformation of human transglutaminase 3. Authors: Heggelund, J.E. / Das, S. / Stamnaes, J. / Iversen, R. / Sollid, L.M. | ||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 1.1 MB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 701.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 8oxvC ![]() 8oxxC ![]() 8oxyC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
Experimental dataset #1 | Data reference: ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 76706.570 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-Antibody , 2 types, 2 molecules BC
#2: Antibody | Mass: 24112.951 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: IGHV3-9 / Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#3: Antibody | Mass: 23149.400 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: IGLV6-57 / Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
-Non-polymers , 4 types, 1166 molecules ![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: Chemical | ChemComp-EDO / ![]() #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-CL / | ![]() #7: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.82 Å3/Da / Density % sol: 56.38 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.1 Details: 0.1M HEPES-MOPS pH 7.1, 22% ethylene glycol, 11% PEG8000, 10 mM CaCl2, 10 mM MgCl2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 4M / Detector: PIXEL / Date: May 31, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 1.7→50.02 Å / Num. obs: 146920 / % possible obs: 98.7 % / Redundancy: 3 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.058 / Rrim(I) all: 0.083 / Net I/σ(I): 7.1 |
Reflection shell | Resolution: 1.7→1.73 Å / Redundancy: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 1.024 / Num. unique obs: 7313 / CC1/2: 0.359 / Rpim(I) all: 1.005 / Rrim(I) all: 1.436 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Details: TLS. Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 33.026 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.7→45.315 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Selection: ALL |