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- PDB-8owv: H6 and F2 nanobodies bound to SARS-CoV-2 spike RBD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8owv
タイトルH6 and F2 nanobodies bound to SARS-CoV-2 spike RBD
要素
  • F2
  • H6
  • Spike protein S1
キーワードVIRAL PROTEIN / Nanobody / Complex / Receptor binding domain / SARS-CoV-2
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / receptor ligand activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.73 Å
データ登録者Mikolajek, H. / Naismith, J.H. / Owens, R.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust223733/Z/21/Z 英国
引用ジャーナル: Open Biol / 年: 2024
タイトル: Structural and functional characterization of nanobodies that neutralize Omicron variants of SARS-CoV-2.
著者: Katy Cornish / Jiandong Huo / Luke Jones / Parul Sharma / Joseph W Thrush / Sahar Abdelkarim / Anja Kipar / Siva Ramadurai / Miriam Weckener / Halina Mikolajek / Sai Liu / Imogen Buckle / ...著者: Katy Cornish / Jiandong Huo / Luke Jones / Parul Sharma / Joseph W Thrush / Sahar Abdelkarim / Anja Kipar / Siva Ramadurai / Miriam Weckener / Halina Mikolajek / Sai Liu / Imogen Buckle / Eleanor Bentley / Adam Kirby / Ximeng Han / Stephen M Laidlaw / Michelle Hill / Lauren Eyssen / Chelsea Norman / Audrey Le Bas / John Clarke / William James / James P Stewart / Miles Carroll / James H Naismith / Raymond J Owens /
要旨: The Omicron strains of SARS-CoV-2 pose a significant challenge to the development of effective antibody-based treatments as immune evasion has compromised most available immune therapeutics. ...The Omicron strains of SARS-CoV-2 pose a significant challenge to the development of effective antibody-based treatments as immune evasion has compromised most available immune therapeutics. Therefore, in the 'arms race' with the virus, there is a continuing need to identify new biologics for the prevention or treatment of SARS-CoV-2 infections. Here, we report the isolation of nanobodies that bind to the Omicron BA.1 spike protein by screening nanobody phage display libraries previously generated from llamas immunized with either the Wuhan or Beta spike proteins. The structure and binding properties of three of these nanobodies (A8, H6 and B5-5) have been characterized in detail providing insight into their binding epitopes on the Omicron spike protein. Trimeric versions of H6 and B5-5 neutralized the SARS-CoV-2 variant of concern BA.5 both and in the hamster model of COVID-19 following nasal administration. Thus, either alone or in combination could serve as starting points for the development of new anti-viral immunotherapeutics.
履歴
登録2023年4月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / entity / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
改定 1.22024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
EEE: Spike protein S1
BBB: F2
FFF: H6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,6877
ポリマ－53,1893
非ポリマー4974
水3,891216
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3670 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area21230 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)57.775, 59.438, 145.624
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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抗体 , 2種, 2分子 BBBFFF

#2: 抗体 F2


分子量: 14962.622 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体 H6


分子量: 14588.144 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 EEE

#1: タンパク質 Spike protein S1


分子量: 23638.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 219分子

#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 216 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→59.52 Å / Num. obs: 53452 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rpim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 1.73→1.76 Å / Num. unique obs: 2634 / CC1/2: 0.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
xia2データ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.73→59.438 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 7.878 / SU ML: 0.116 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.107 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2234 2623 4.927 %
Rwork0.1972 50615 -
all0.199 --
obs-53238 99.979 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 38.513 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.963 Å2-0 Å20 Å2
2---0.016 Å2-0 Å2
3----0.948 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.73→59.438 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3512 0 32 216 3760
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0123669
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0183289
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4031.6564999
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2631.5817563
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3035458
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.38821.487195
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.14315547
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1451525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.2465
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024240
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02940
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1860.2559
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1770.23098
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1690.21768
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0760.21742
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1530.2203
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1280.214
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1690.260
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.180.217
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0071.3791805
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0061.3781804
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5822.062254
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.5812.062255
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7151.5941864
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.7161.5961865
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5252.3072739
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.5242.312740
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it5.46116.5523977
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other5.46116.5693978
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.73-1.7750.4351570.42737000.42838650.4850.50799.7930.422
1.775-1.8230.3861930.3836060.38138000.5620.52799.97370.377
1.823-1.8760.3211820.31334900.31336720.7550.7521000.303
1.876-1.9340.2791730.26634220.26735950.8010.8291000.253
1.934-1.9970.2531700.23932770.2434470.8930.8771000.217
1.997-2.0670.2531730.21432130.21633860.9050.9091000.19
2.067-2.1450.2331390.20530860.20632250.9130.9171000.18
2.145-2.2330.2141710.1929560.19131270.9310.9381000.163
2.233-2.3320.2221230.19228750.19329980.9360.9351000.163
2.332-2.4460.241510.19927330.20128840.9250.9371000.165
2.446-2.5780.261260.19626220.19927480.910.9361000.163
2.578-2.7340.2121530.18824470.18926000.9380.9481000.157
2.734-2.9220.21410.1923150.19124560.9490.9521000.16
2.922-3.1550.241200.19321840.19523040.9350.9461000.169
3.155-3.4560.284900.19320330.19621230.9210.9461000.174
3.456-3.8620.2121070.18818170.18919240.950.9571000.171
3.862-4.4560.187920.1516280.15217200.9680.9741000.141
4.456-5.450.159780.14513980.14614760.9730.9771000.14
5.45-7.6750.233430.18911270.1911700.9590.9671000.176
7.675-59.4380.128390.1866670.1837060.9840.9711000.182
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.09413.1142-2.01474.432-0.80292.1494-0.1107-0.6775-0.28470.1657-0.0853-0.43610.4480.81790.1960.29870.14560.00120.35310.04820.3453.639-3.759-41.207
26.83361.18893.073411.01375.50014.6669-0.2391-0.28110.58960.07720.2893-0.0873-0.23310.2314-0.05020.3661-0.06440.04660.2388-0.07280.443251.94612.333-39.035
36.28692.7501-1.08653.76920.03272.0239-0.11550.74660.4223-0.22480.11790.20670.0068-0.0355-0.00250.2025-0.0140.03040.12810.02910.259345.2482.164-49.55
44.7854-0.0506-1.85421.020.44952.7933-0.064-0.10490.1011-0.03190.0828-0.34740.09670.5035-0.01880.19770.0044-0.0040.1246-0.00950.264650.4152.102-43.045
52.507-0.57711.84522.4628-2.35996.229-0.00850.1175-0.04690.0178-0.03030.51230.1367-0.68130.03880.2264-0.02830.04980.2087-0.0660.31215.3020.616-34.544
60.86910.04580.5492.75350.72432.0508-0.010.0150.01150.1671-0.03260.11940.0256-0.11150.04260.2316-0.00710.01970.01020.01020.143826.5710.617-32.2
71.35950.1296-0.63541.5866-0.02425.2373-0.0394-0.299-0.10850.7688-0.02550.24520.3937-0.26420.06490.6662-0.04030.10410.10970.04740.195923.531-8.012-9.143
80.69160.1920.20543.67090.92781.4772-0.0321-0.0223-0.03160.20760.01310.104-0.024-0.05190.0190.15970.01340.0330.02190.01240.162324.3620.854-30.798
93.1551.29811.8014.8861.80212.18560.0939-0.5757-0.00710.2465-0.0048-0.16320.1268-0.0363-0.08910.7080.0324-0.07630.29430.00510.174547.149-1.5890.65
104.73653.9982-1.55176.71373.60728.82470.1436-0.3790.43790.0897-0.0480.04970.0777-0.1449-0.09550.43830.01720.00210.649-0.19870.498638.5389.4127.446
112.00560.73781.54130.69450.86532.45570.0266-0.2230.17110.41850.0206-0.09340.08980.1522-0.04720.78390.0468-0.11010.1503-0.020.210244.2542.374-4.122
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelectionSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1ALL{ BBB|3-38 }
2X-RAY DIFFRACTION2ALL{ BBB|39-48 }
3X-RAY DIFFRACTION3ALL{ BBB|49-71 }
4X-RAY DIFFRACTION4ALL{ BBB|72-127 }
5X-RAY DIFFRACTION5ALL{ EEE|331-357 }
6X-RAY DIFFRACTION6ALL{ EEE|358-452 }
7X-RAY DIFFRACTION7ALL{ EEE|453-491 }
8X-RAY DIFFRACTION8ALL{ EEE|491-528 }
9X-RAY DIFFRACTION9ALL{ FFF|2-42 }
10X-RAY DIFFRACTION10ALL{ FFF|43-47 }
11X-RAY DIFFRACTION11ALL{ FFF|48-127 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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