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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8owq | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of Mycobacterium smegmatis CoaB in complex with CTP and 2-(1-(3,4-dihydroxyphenyl)-5-phenyl-1H-indol-3-yl)-2-oxoacetic acid | |||||||||
要素 | Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein CoaBC | |||||||||
キーワード | LIGASE / CoaB / CoaBC / Fragment inhibitor | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pantothenate catabolic process / phosphopantothenoylcysteine decarboxylase complex / phosphopantothenoylcysteine decarboxylase / phosphopantothenate-cysteine ligase (CTP) / phosphopantothenoylcysteine decarboxylase activity / phosphopantothenate--cysteine ligase activity / coenzyme A biosynthetic process / FMN binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.106 Å | |||||||||
データ登録者 | Mendes, V. / Blundell, T.L. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Development of new inhibitors against M. tuberculosis CoaBC using a fragment based approach. 著者: Hess, J. / Mendes, V. / Evans, J.C. / Trapero, A. / Marchetti, C. / Blaszczyk, M. / Bryant, O. / Spry, C. / Coyne, A.G. / Boshoff, H.I.M. / Barry, C.E. / Mizrahi, V. / Blundell, T.L. / Abell, C. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8owq.cif.gz | 338 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8owq.ent.gz | 273.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8owq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8owq_validation.pdf.gz | 3.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8owq_full_validation.pdf.gz | 3.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8owq_validation.xml.gz | 38 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8owq_validation.cif.gz | 53.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ow/8owq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ow/8owq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24773.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) 遺伝子: coaBC, MSMEG_3054 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0QWT2, phosphopantothenoylcysteine decarboxylase, phosphopantothenate-cysteine ligase (CTP) #2: 化合物 | ChemComp-CTP / #3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 化合物 | ChemComp-W4X / 分子量: 373.358 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H15NO5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.05 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 20% w/v PEG 8000 0.1M MES pH 6.0 0.2M calcium acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.106→150.06 Å / Num. obs: 54197 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.9 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.117 / Net I/σ(I): 14.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.11→2.22 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.791 / Num. measured all: 58720 / Num. unique obs: 7832 / CC1/2: 0.765 / Rpim(I) all: 0.312 / Rrim(I) all: 0.852 / Net I/σ(I) obs: 2.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.106→69.348 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 27.38 / 位相誤差: 28 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.106→69.348 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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