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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ow1 | |||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the yeast Inner kinetochore bound to a CENP-A nucleosome. | |||||||||||||||
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![]() | CELL CYCLE / kinetochore / point centromere / CENP-A nucleosome / topological entrapment / centromeric DNA | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() Cbf1-Met4-Met28 complex / regulation of sulfur metabolic process / negative regulation of kinetochore assembly / 2-micrometer circle DNA / 2-micrometer plasmid partitioning / negative regulation of meiotic DNA double-strand break formation involved in reciprocal meiotic recombination / COMA complex / maintenance of meiotic sister chromatid cohesion / RAVE complex / Iron uptake and transport ...Cbf1-Met4-Met28 complex / regulation of sulfur metabolic process / negative regulation of kinetochore assembly / 2-micrometer circle DNA / 2-micrometer plasmid partitioning / negative regulation of meiotic DNA double-strand break formation involved in reciprocal meiotic recombination / COMA complex / maintenance of meiotic sister chromatid cohesion / RAVE complex / Iron uptake and transport / CBF3 complex / HDMs demethylate histones / regulation of transcription by galactose / regulation of sulfur amino acid metabolic process / cellular response to methylmercury / PKMTs methylate histone lysines / Mis6-Sim4 complex / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex assembly / centromere complex assembly / meiotic sister chromatid segregation / establishment of meiotic sister chromatid cohesion / septin ring assembly / ascospore formation / HATs acetylate histones / RNA polymerase I upstream activating factor complex / Condensation of Prophase Chromosomes / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / attachment of spindle microtubules to kinetochore / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / centromeric DNA binding / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / CENP-A containing chromatin assembly / HDACs deacetylate histones / regulation of exit from mitosis / outer kinetochore / protein localization to chromosome, centromeric region / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / kinetochore assembly / condensed chromosome, centromeric region / regulation of metabolic process / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / spindle pole body / protein localization to kinetochore / replication fork protection complex / positive regulation of glucose transmembrane transport / protein neddylation / Oxidative Stress Induced Senescence / RMTs methylate histone arginines / postreplication repair / SUMOylation of chromatin organization proteins / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / vacuolar acidification / silent mating-type cassette heterochromatin formation / mitochondrial fusion / exit from mitosis / DNA binding, bending / SCF ubiquitin ligase complex / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / Orc1 removal from chromatin / RNA Polymerase I Promoter Escape / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / mitotic sister chromatid segregation / DNA replication origin binding / cullin family protein binding / Estrogen-dependent gene expression / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / rRNA transcription / chromosome, centromeric region / subtelomeric heterochromatin formation / DNA replication initiation / regulation of protein-containing complex assembly / heterochromatin organization / Ub-specific processing proteases / endomembrane system / protein localization to CENP-A containing chromatin / negative regulation of cytoplasmic translation / CENP-A containing nucleosome / nucleosomal DNA binding / regulation of mitotic cell cycle / meiotic cell cycle / chromosome segregation / kinetochore / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / G1/S transition of mitotic cell cycle / structural constituent of chromatin / G2/M transition of mitotic cell cycle / nucleosome / nucleosome assembly / chromatin organization / mitotic cell cycle / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-containing complex assembly / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / chromosome, telomeric region / protein dimerization activity 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||||||||
![]() | Dendooven, T.D. / Zhang, Z. / Yang, J. / McLaughlin, S. / Schwabb, J. / Scheres, S. / Yatskevich, S. / Barford, D. | |||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of the complete inner kinetochore of the budding yeast point centromere. 著者: Tom Dendooven / Ziguo Zhang / Jing Yang / Stephen H McLaughlin / Johannes Schwab / Sjors H W Scheres / Stanislau Yatskevich / David Barford / ![]() 要旨: The point centromere of budding yeast specifies assembly of the large kinetochore complex to mediate chromatid segregation. Kinetochores comprise the centromere-associated inner kinetochore (CCAN) ...The point centromere of budding yeast specifies assembly of the large kinetochore complex to mediate chromatid segregation. Kinetochores comprise the centromere-associated inner kinetochore (CCAN) complex and the microtubule-binding outer kinetochore KNL1-MIS12-NDC80 (KMN) network. The budding yeast inner kinetochore also contains the DNA binding centromere-binding factor 1 (CBF1) and CBF3 complexes. We determined the cryo-electron microscopy structure of the yeast inner kinetochore assembled onto the centromere-specific centromere protein A nucleosomes (CENP-A). This revealed a central CENP-A with extensively unwrapped DNA ends. These free DNA duplexes bind two CCAN protomers, one of which entraps DNA topologically, positioned on the centromere DNA element I (CDEI) motif by CBF1. The two CCAN protomers are linked through CBF3 forming an arch-like configuration. With a structural mechanism for how CENP-A can also be linked to KMN involving only CENP-QU, we present a model for inner kinetochore assembly onto a point centromere and how it organizes the outer kinetochore for chromosome attachment to the mitotic spindle. | |||||||||||||||
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その他 | ![]() |
-検証レポート
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 6種, 11分子 ABSKbfdheagc
#1: タンパク質 | 分子量: 39444.715 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: CBF1, CEP1, CP1, CPF1, YJR060W, J1730 / 発現宿主: ![]() #9: タンパク質 | | 分子量: 22357.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: SKP1, CBF3D, YDR328C, D9798.14 / 発現宿主: ![]() #20: タンパク質 | 分子量: 11395.390 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: HHF1, YBR009C, YBR0122, HHF2, YNL030W, N2752 / 発現宿主: ![]() ![]() #21: タンパク質 | 分子量: 14280.362 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: HTB1, H2B1, SPT12, YDR224C, YD9934.09C / 発現宿主: ![]() ![]() #22: タンパク質 | 分子量: 26885.434 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: CSE4, CSL2, YKL049C, YKL262 / 発現宿主: ![]() ![]() #23: タンパク質 | 分子量: 14013.177 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: HTA1, H2A1, SPT11, YDR225W, YD9934.10 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-Inner kinetochore subunit ... , 13種, 26分子 IIIKKKHHHLLLNNNPPPQQQOOOTTTUUUWWWYYYZZZ
#2: タンパク質 | 分子量: 84345.633 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: CTF3, CHL3, YLR381W / 発現宿主: ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 27602.541 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: MCM22, YJR135C, J2122 / 発現宿主: ![]() #4: タンパク質 | 分子量: 21166.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: MCM16, YPR046W / 発現宿主: ![]() #5: タンパク質 | 分子量: 28093.223 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: IML3, MCM19, YBR107C, YBR0836 / 発現宿主: ![]() #6: タンパク質 | 分子量: 52743.723 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: CHL4, CTF17, MCM17, YDR254W, YD9320A.04 / 発現宿主: ![]() #10: タンパク質 | 分子量: 42841.113 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: CTF19, MCM18, YPL018W, LPB13W / 発現宿主: ![]() #11: タンパク質 | 分子量: 47427.246 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: OKP1, YGR179C / 発現宿主: ![]() #12: タンパク質 | 分子量: 43028.879 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: MCM21, CTF5, YDR318W / 発現宿主: ![]() #13: タンパク質 | 分子量: 41359.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: CNN1, YFR046C / 発現宿主: ![]() #14: タンパク質 | 分子量: 37506.723 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: AME1, ARP100, YBR211C, YBR1458 / 発現宿主: ![]() #15: タンパク質 | 分子量: 10255.458 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: WIP1, YDR374W-A / 発現宿主: ![]() #16: タンパク質 | 分子量: 27006.451 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: NKP1, YDR383C / 発現宿主: ![]() #17: タンパク質 | 分子量: 17877.033 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: NKP2, YLR315W / 発現宿主: ![]() |
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-Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit ... , 2種, 3分子 CTceCE
#7: タンパク質 | 分子量: 56416.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: CTF13, CBF3C, YMR094W, YM6543.01, YM9582.19 / 発現宿主: ![]() |
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#8: タンパク質 | 分子量: 71439.891 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: CEP3, CBF3, CBF3B, CSL1, YMR168C, YM8520.17C / 発現宿主: ![]() |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 DE
#18: DNA鎖 | 分子量: 47239.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
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#19: DNA鎖 | 分子量: 47194.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: A complex of CBF1-CCAN bound to centromeric C0N3 DNA タイプ: COMPLEX Entity ID: #1-#5, #7, #9, #8, #10-#11, #6, #13-#15, #12, #16-#23 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2600 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 108672 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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