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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8os9 | ||||||
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タイトル | Structure of Homo sapiens 2'-deoxynucleoside 5'-phosphate N-hydrolase 1 (DNPH1) | ||||||
![]() | 2'-deoxynucleoside 5'-phosphate N-hydrolase 1 | ||||||
![]() | HYDROLASE / deoxyribonucleoside 5'-monophosphate N-glycosidase activity | ||||||
機能・相同性 | ![]() deoxyribonucleoside 5'-monophosphate N-glycosidase activity / deoxyribonucleoside monophosphate catabolic process / purine nucleotide catabolic process / nucleoside salvage / Purine catabolism / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / epithelial cell differentiation / positive regulation of cell growth / protein homodimerization activity / extracellular exosome ...deoxyribonucleoside 5'-monophosphate N-glycosidase activity / deoxyribonucleoside monophosphate catabolic process / purine nucleotide catabolic process / nucleoside salvage / Purine catabolism / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / epithelial cell differentiation / positive regulation of cell growth / protein homodimerization activity / extracellular exosome / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Devi, S. / da Silva, R.G. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Human 2'-Deoxynucleoside 5'-Phosphate N -Hydrolase 1: Mechanism of 2'-Deoxyuridine 5'-Monophosphate Hydrolysis. 著者: Devi, S. / Carberry, A.E. / Zickuhr, G.M. / Dickson, A.L. / Harrison, D.J. / da Silva, R.G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 112.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 85.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 444.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 447.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 27.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8oscC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16194.220 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: O43598, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.76 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 詳細: [40 mM sodium propionate, 20 mM MES and 40 mM BIS-TRIS propane] pH 4.0 and 20% PEG 1500 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月22日 |
放射 | モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→62.93 Å / Num. obs: 45873 / % possible obs: 90.4 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 30.42 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.048 / Net I/σ(I): 18.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.729 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.609 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 2455 / CC1/2: 0.853 / Rpim(I) all: 0.261 / Rrim(I) all: 0.664 / % possible all: 99.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→45.05 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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