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- PDB-8os5: Crystal structure of the Factor XII heavy chain reveals an interl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8os5
タイトルCrystal structure of the Factor XII heavy chain reveals an interlocking dimer with a FnII to kringle domain interaction
要素Coagulation factor XII-Mie
キーワードBLOOD CLOTTING / Factor XII heavy chain Crystal structure Thrombosis kringle domain
機能・相同性
機能・相同性情報


coagulation factor XIIa / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / proteolysis / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Coagulation factor XII/hepatocyte growth factor activator / Fibronectin type I domain / Fibronectin, type I / Fibronectin type-I domain signature. / Fibronectin type-I domain profile. / Fibronectin type 1 domain / Fibronectin type II domain / Fibronectin type II domain superfamily / Fibronectin type II domain / Fibronectin type-II collagen-binding domain signature. ...Coagulation factor XII/hepatocyte growth factor activator / Fibronectin type I domain / Fibronectin, type I / Fibronectin type-I domain signature. / Fibronectin type-I domain profile. / Fibronectin type 1 domain / Fibronectin type II domain / Fibronectin type II domain superfamily / Fibronectin type II domain / Fibronectin type-II collagen-binding domain signature. / Fibronectin type-II collagen-binding domain profile. / Fibronectin type 2 domain / EGF-like domain / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / : / Kringle-like fold / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Coagulation factor XII
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Li, C. / Saleem, M. / Kaira, B.G. / Brown, A. / Wilson, C. / Philippou, H. / Emsley, J.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
British Heart FoundationPG/16/6/31941 英国
British Heart FoundationRG/12/9/29775 英国
British Heart FoundationFS/18/70/33893 英国
引用ジャーナル: Blood / 年: 2020
タイトル: Factor XII and kininogen asymmetric assembly with gC1qR/C1QBP/P32 is governed by allostery.
著者: Kaira, B.G. / Slater, A. / McCrae, K.R. / Dreveny, I. / Sumya, U. / Mutch, N.J. / Searle, M. / Emsley, J.
履歴
登録2023年4月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coagulation factor XII-Mie
B: Coagulation factor XII-Mie
C: Coagulation factor XII-Mie


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,5033
ポリマ－100,5033
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area180 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area46200 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)144.536, 144.594, 155.935
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121

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要素

#1: タンパク質 Coagulation factor XII-Mie


分子量: 33501.043 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Drosophila malayana (ハエ) / 参照: UniProt: Q8IZZ5
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: 5% PAA1200, 0.1M urea.

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.394→77.97 Å / Num. obs: 14002 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 3.394→3.716 Å / Num. unique obs: 701 / CC1/2: 0.585

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.2_4158: ???)精密化
SCALAデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.4→77.97 Å / SU ML: 0.55 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 43.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3188 1414 10.1 %
Rwork0.2548 --
obs0.2616 13995 61.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→77.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5690 0 0 0 5690
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0135897
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5358005
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.397799
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.083796
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0151073
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4-3.520.4583120.36397X-RAY DIFFRACTION5
3.52-3.660.3514330.3677322X-RAY DIFFRACTION16
3.66-3.830.4038620.3396664X-RAY DIFFRACTION33
3.83-4.030.38411140.3022917X-RAY DIFFRACTION46
4.03-4.280.37051190.29021183X-RAY DIFFRACTION57
4.28-4.610.31311670.25221455X-RAY DIFFRACTION71
4.61-5.080.26771920.22641713X-RAY DIFFRACTION84
5.08-5.810.28742200.23382001X-RAY DIFFRACTION97
5.81-7.320.30912430.28862083X-RAY DIFFRACTION100
7.32-77.970.33322520.23692146X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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