PDB-8oqk: Crystal structure of Tannerella forsythia sugar kinase K1058

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8oqk

タイトル

Crystal structure of Tannerella forsythia sugar kinase K1058

要素

N-acetylglucosamine kinase

キーワード

TRANSFERASE / sugar phosphorylation

機能・相同性

ATPase, nucleotide binding domain / BadF/BadG/BcrA/BcrD ATPase family protein

機能・相同性情報

生物種

Tannerella forsythia (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Gogler, K. / Fink, P. / Stasiak, A.C. / Stehle, T. / Zocher, G.

資金援助

European Union,

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: N-acetylmuramic acid recognition by MurK kinase from the MurNAc auxotrophic oral pathogen Tannerella forsythia.
著者: Stasiak, A.C. / Gogler, K. / Borisova, M. / Fink, P. / Mayer, C. / Stehle, T. / Zocher, G.

履歴

登録	2023年4月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年8月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8oqk.cif.gz	161.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8oqk.ent.gz	97.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8oqk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8oqk_validation.pdf.gz	440.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8oqk_full_validation.pdf.gz	440.9 KB	表示
XML形式データ	8oqk_validation.xml.gz	13 KB	表示
CIF形式データ	8oqk_validation.cif.gz	18.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/8oqk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/8oqk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8oqwC 8oqxC 8ow7C 8ow9C 1x7fS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: N-acetylglucosamine kinase

ヘテロ分子

32.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: N-acetylglucosamine kinase

ヘテロ分子

A: N-acetylglucosamine kinase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
64.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	131.940, 131.940, 89.220
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-478- HOH

#1: タンパク質	N-acetylglucosamine kinase 分子量: 31898.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Tannerella forsythia (バクテリア) 遺伝子: BFO_0034 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G8UQH1
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.18 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Sodium cacodylate, MPD, PEG 8000 / PH範囲: 6.3 - 6.9

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→49.216 Å / Num. obs: 26844 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26.63 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 19.58
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / Num. unique obs: 1946 / CC_1/2: 0.534

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1X7F

1x7f

解像度: 2→49.216 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / WR_factor R_free: 0.182 / WR_factor R_work: 0.154 / SU B: 8.164 / SU ML: 0.107 / Average fsc free: 0.9644 / Average fsc work: 0.9737 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.137 / ESU R Free: 0.126
詳細: Hydrogens have been used if present in the input file

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2057	1343	5.003 %
R_work	0.1771	25500	-
all	0.179	-	-
obs	-	26843	99.985 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.513 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.277 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.277 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.555 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→49.216 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2183	0	10	135	2328

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	2241
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.464	1.631	3027
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.335	5	276
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	16.699	10	14
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.512	10	366
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.457	10	106
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	331
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1698
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	900
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.315	0.2	1553
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.134	0.2	106
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.18	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.137	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.594	5.777	1107
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.031	7.348	1382
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.735	6.538	1134
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.887	8.046	1645
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.264	40.57	3307

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2-2.052	0.277	98	0.312	1845	0.31	1943	0.941	0.937	100	0.304
2.052-2.108	0.258	95	0.263	1813	0.263	1908	0.948	0.953	100	0.244
2.108-2.169	0.291	92	0.219	1751	0.223	1843	0.947	0.968	100	0.194
2.169-2.236	0.224	91	0.206	1725	0.207	1816	0.97	0.972	100	0.18
2.236-2.309	0.234	87	0.193	1656	0.196	1744	0.964	0.975	99.9427	0.163
2.309-2.39	0.254	84	0.194	1601	0.197	1685	0.96	0.975	100	0.164
2.39-2.48	0.241	82	0.194	1560	0.196	1642	0.965	0.976	100	0.156
2.48-2.581	0.258	79	0.19	1500	0.194	1579	0.958	0.977	100	0.158
2.581-2.695	0.212	76	0.19	1434	0.191	1510	0.968	0.978	100	0.153
2.695-2.826	0.223	72	0.181	1371	0.183	1443	0.968	0.981	100	0.151
2.826-2.978	0.246	69	0.178	1316	0.181	1385	0.963	0.98	100	0.146
2.978-3.158	0.225	66	0.184	1242	0.186	1308	0.971	0.979	100	0.154
3.158-3.375	0.174	62	0.167	1179	0.167	1241	0.982	0.983	100	0.148
3.375-3.644	0.233	58	0.165	1102	0.168	1160	0.968	0.984	100	0.15
3.644-3.99	0.152	54	0.156	1026	0.156	1080	0.986	0.987	100	0.146
3.99-4.457	0.13	49	0.134	927	0.134	976	0.99	0.99	100	0.126
4.457-5.14	0.138	43	0.139	823	0.139	866	0.99	0.989	100	0.133
5.14-6.278	0.257	37	0.204	715	0.207	752	0.97	0.978	100	0.186
6.278-8.807	0.226	30	0.176	564	0.178	594	0.976	0.985	100	0.173
8.807-49.216	0.195	19	0.159	350	0.161	369	0.948	0.981	100	0.175

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.6468	1.9375	3.0352	5.9761	4.7409	9.4699	-0.0764	0.5226	0.0859	-0.4713	0.0859	0.0594	0.0241	0.289	-0.0095	0.2164	0.0889	-0.046	0.1893	-0.0244	0.1698	-6.0139	-20.1246	-27.5548
2	3.4627	-1.9567	0.0033	5.928	0.2148	1.4015	0.1145	0.0935	0.2183	-0.3814	-0.1134	0.5701	-0.1811	-0.4629	-0.0011	0.1601	0.0672	-0.0878	0.227	-0.0634	0.2057	-10.3679	-16.9467	-18.4911
3	1.8447	1.1973	0.1177	1.8811	0.0505	1.3104	0.0018	0.1807	-0.0803	-0.192	0.0374	-0.0152	0.0526	-0.0233	-0.0392	0.0467	0.0246	-0.0018	0.0371	-0.0033	0.0087	14.8084	-20.588	-11.2576
4	12.2295	0.1506	2.3258	1.1636	0.1867	5.6647	0.1518	0.864	-0.244	-0.497	-0.2987	0.0191	0.2439	-0.1029	0.1468	0.2675	0.1154	-0.0242	0.1711	-0.0478	0.0735	-1.8889	-28.5513	-24.3393

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	2 - 26
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	A	27 - 106
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	A	107 - 263
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	A	264 - 278

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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