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Yorodumi- PDB-8oow: Glutamine synthetase from Methermicoccus shengliensis at a resolu... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 8oow | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Glutamine synthetase from Methermicoccus shengliensis at a resolution of 2.64 A | |||||||||
Components | Glutamine synthetase | |||||||||
Keywords | LIGASE / Nitrogen-assimilation / methanogenic archaea / methylotrophic / thermophile / glutamate / ATP | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationglutamine synthetase / glutamine biosynthetic process / glutamine synthetase activity / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | Methermicoccus shengliensis DSM 18856 (archaea) | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.64 Å | |||||||||
Authors | Mueller, M.-C. / Lemaire, O.N. / Wagner, T. | |||||||||
| Funding support | Germany, 2items
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Citation | Journal: Commun Biol / Year: 2024Title: Differences in regulation mechanisms of glutamine synthetases from methanogenic archaea unveiled by structural investigations. Authors: Muller, M.C. / Lemaire, O.N. / Kurth, J.M. / Welte, C.U. / Wagner, T. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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| PDBx/mmCIF format | 8oow.cif.gz | 2 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb8oow.ent.gz | Display | PDB format | |
| PDBx/mmJSON format | 8oow.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 8oow_validation.pdf.gz | 542.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 8oow_full_validation.pdf.gz | 572.2 KB | Display | |
| Data in XML | 8oow_validation.xml.gz | 161.2 KB | Display | |
| Data in CIF | 8oow_validation.cif.gz | 220.6 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/8oow ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/8oow | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 8oolC ![]() 8oonC ![]() 8oooC ![]() 8ooqC ![]() 8ooxC ![]() 8oozC C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 |
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 49586.387 Da / Num. of mol.: 12 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) Methermicoccus shengliensis DSM 18856 (archaea)Cell line: / / Organ: / / Plasmid details: / / Variant: / / Strain: DSM 18856 / Tissue: / / References: UniProt: A0A832VZP6 #2: Chemical | ChemComp-EDO / #3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.87 Å3/Da / Density % sol: 57.11 % / Description: Tetragonal rods. |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.6 Details: The protein was crystallized fresh without any freezing step, and obtained through the sitting drop method on a 96-Well MRC 2-Drop Crystallization Plates in polystyrene (SWISSCI, United ...Details: The protein was crystallized fresh without any freezing step, and obtained through the sitting drop method on a 96-Well MRC 2-Drop Crystallization Plates in polystyrene (SWISSCI, United Kingdom) under anaerobic conditions (N2:H2, gas ratio of 97:3). Crystallization was performed at 9 mg/ml glutamine synthetase in 25 mM Tris/HCl pH 7.6, 10% glycerol, and 2 mM dithiothreitol. The reservoir contained 90 ul precipitant the following crystallization solution: 200 mM ammonium formate and 20 % (w/v) polyethylene glycol 3,350. 0.55 uL protein was mixed with 0.55 uL precipitant. Crystals were soaked in mother liquor with 25% v/v ethylene glycol before freezing in liquid nitrogen. |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 1.00004 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: Sep 4, 2021 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.00004 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.636→109.987 Å / Num. obs: 123574 / % possible obs: 90.3 % / Redundancy: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 66.8 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.084 / Net I/σ(I): 15.5 |
| Reflection shell | Resolution: 2.636→2.933 Å / Redundancy: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.87 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 6180 / CC1/2: 0.6 / Rpim(I) all: 0.467 / Rrim(I) all: 0.989 / % possible all: 78.7 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.64→62.96 Å / SU ML: 0.27 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 27.99 / Stereochemistry target values: MLDetails: Refinement was performed with PHENIX and BUSTER in combination with fast automatic visual model building in COOT. The model was validated by using Molprobity. The model was refined by ...Details: Refinement was performed with PHENIX and BUSTER in combination with fast automatic visual model building in COOT. The model was validated by using Molprobity. The model was refined by applying Translation/Libration/Screw, without Non-crystallographic symmetry and without generating hydrogens.
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 72.24 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.64→62.96 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Methermicoccus shengliensis DSM 18856 (archaea)
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