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Yorodumi- PDB-8ooq: Glutamine synthetase from Methanothermococcus thermolithotrophicu... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 8ooq | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Glutamine synthetase from Methanothermococcus thermolithotrophicus in complex with 2-oxoglutarate and Mg at 2.91 A resolution | |||||||||
Components | Glutamine synthetase from Methanothermococcus thermolithotrophicus | |||||||||
Keywords | LIGASE / Nitrogen-assimilation / methanogenic archaea / allosteric activation / hydrogenotrophic / thermophile / marine / 2-oxoglutarate / glutamate / ATP / allosteric binding site | |||||||||
| Function / homology | 2-OXOGLUTARIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER Function and homology information | |||||||||
| Biological species | Methanothermococcus thermolithotrophicus DSM 2095 (archaea) | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.91 Å | |||||||||
Authors | Mueller, M.-C. / Wagner, T. | |||||||||
| Funding support | Germany, 2items
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Citation | Journal: Commun Biol / Year: 2024Title: Differences in regulation mechanisms of glutamine synthetases from methanogenic archaea unveiled by structural investigations. Authors: Muller, M.C. / Lemaire, O.N. / Kurth, J.M. / Welte, C.U. / Wagner, T. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 8ooq.cif.gz | 4 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb8ooq.ent.gz | Display | PDB format | |
| PDBx/mmJSON format | 8ooq.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 8ooq_validation.pdf.gz | 5.8 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 8ooq_full_validation.pdf.gz | 5.9 MB | Display | |
| Data in XML | 8ooq_validation.xml.gz | 326.6 KB | Display | |
| Data in CIF | 8ooq_validation.cif.gz | 446.4 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/8ooq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/8ooq | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 8oolC ![]() 8oonC ![]() 8oooC ![]() 8oowC ![]() 8ooxC ![]() 8oozC C: citing same article ( |
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| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 50296.039 Da / Num. of mol.: 24 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) Methanothermococcus thermolithotrophicus DSM 2095 (archaea)Cell line: / / Organ: / / Plasmid details: / / Variant: / / Strain: DSM 2095 / Tissue: / / References: glutamine synthetase #2: Chemical | ChemComp-EDO / #3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Chemical | ChemComp-AKG / #5: Chemical | Has ligand of interest | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.54 Å3/Da / Density % sol: 51.68 % / Description: Hexagonal plates |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5 Details: The protein was crystallized fresh without any freezing step, and crystallization was performed through the sitting drop method on a 96-Well MRC 2-Drop Crystallization Plates in polystyrene ...Details: The protein was crystallized fresh without any freezing step, and crystallization was performed through the sitting drop method on a 96-Well MRC 2-Drop Crystallization Plates in polystyrene (SWISSCI, United Kingdom) under anaerobic conditions (N2:H2, gas ratio of 97:3). The enzyme was crystallized at 3.4 mg/ml with a final concentration of 2 mM 2-oxoglutarate and 2 mM MgCl in 25 mM Tris/HCl pH 7.6, 10% v/v glycerol, 150 mM NaCl, and 2 mM dithiothreitol. The crystallization reservoir contained 90 ul of mother liquor (25 % w/v Polyethylene glycol 1,500 and 100 mM SPG (succinic acid, sodium dihydrogen phosphate, and glycine) buffer pH 5.0), and the crystallization drop contained 0.6 ul protein with ligands and 0.6 ul precipitant. Crystals were soaked in the mother liquor supplemented with 15 % v/v glycerol prior to freezing in liquid nitrogen. |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 0.99999 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: Dec 10, 2020 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.99999 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.908→203.543 Å / Num. obs: 169224 / % possible obs: 91.7 % / Redundancy: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 51.2 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Rpim(I) all: 0.076 / Rrim(I) all: 0.144 / Net I/σ(I): 5.9 |
| Reflection shell | Resolution: 2.908→3.124 Å / Redundancy: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.501 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 8461 / CC1/2: 0.548 / Rpim(I) all: 0.344 / Rrim(I) all: 0.611 / % possible all: 69.3 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.91→43.74 Å / SU ML: 0.43 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / Phase error: 30.68 / Stereochemistry target values: MLDetails: Refinement was performed with PHENIX and BUSTER in combination with fast automatic visual model building in COOT. The model was systematically validated by using Molprobity. The model was ...Details: Refinement was performed with PHENIX and BUSTER in combination with fast automatic visual model building in COOT. The model was systematically validated by using Molprobity. The model was refined in PHENIX with translation libration screw model and without non-crystallography symmetry and with riding hydrogens. Hydrogens were omitted in the deposited model.
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.91→43.74 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Methanothermococcus thermolithotrophicus DSM 2095 (archaea)
X-RAY DIFFRACTION
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