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Yorodumi- PDB-8ooo: Glutamine synthetase from Methanothermococcus thermolithotrophicu... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8ooo | |||||||||
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Title | Glutamine synthetase from Methanothermococcus thermolithotrophicus in complex with 2-oxoglutarate and MgATP at 2.15 A resolution | |||||||||
Components | Glutamine synthetase from Methanothermococcus thermolithotrophicus | |||||||||
Keywords | LIGASE / Nitrogen-assimilation / methanogenic archaea / allosteric activation / hydrogenotrophic / thermophile / marine / 2-oxoglutarate / glutamate / ATP / allosteric binding site | |||||||||
Function / homology | 2-OXOGLUTARIC ACID / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / METHOXY-ETHOXYL / DI(HYDROXYETHYL)ETHER Function and homology information | |||||||||
Biological species | Methanothermococcus thermolithotrophicus DSM 2095 (archaea) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.149 Å | |||||||||
Authors | Mueller, M.-C. / Wagner, T. | |||||||||
Funding support | Germany, 2items
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Citation | Journal: Commun Biol / Year: 2024 Title: Differences in regulation mechanisms of glutamine synthetases from methanogenic archaea unveiled by structural investigations. Authors: Muller, M.C. / Lemaire, O.N. / Kurth, J.M. / Welte, C.U. / Wagner, T. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8ooo.cif.gz | 2.1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8ooo.ent.gz | 1.7 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8ooo.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8ooo_validation.pdf.gz | 7.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8ooo_full_validation.pdf.gz | 7.2 MB | Display | |
Data in XML | 8ooo_validation.xml.gz | 211 KB | Display | |
Data in CIF | 8ooo_validation.cif.gz | 298.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/8ooo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/8ooo | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8oolC 8oonC 8ooqC 8oowC 8ooxC 8oozC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 12 molecules ABCDEFGHIJKL
#1: Protein | Mass: 50296.039 Da / Num. of mol.: 12 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) Methanothermococcus thermolithotrophicus DSM 2095 (archaea) Cell line: / / Organ: / / Plasmid details: / / Variant: / / Strain: DSM 2095 / Tissue: / / References: glutamine synthetase |
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-Non-polymers , 9 types, 3109 molecules
#2: Chemical | ChemComp-EDO / #3: Chemical | ChemComp-PEG / #4: Chemical | ChemComp-GOL / | #5: Chemical | ChemComp-ATP / #6: Chemical | ChemComp-AKG / #7: Chemical | #8: Chemical | #9: Chemical | #10: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.53 Å3/Da / Density % sol: 51.5 % / Description: Short thick hexagonal rod |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.6 Details: The enzyme was crystallized at 3.7 mg/ml with a final concentration of 2 mM sodium 2-oxoglutarate, 2 mM ATP and 2 mM MgCl in 25 mM Tris/HCl pH 7.6, 10% v/v glycerol, 150 mM NaCl, 2 mM ...Details: The enzyme was crystallized at 3.7 mg/ml with a final concentration of 2 mM sodium 2-oxoglutarate, 2 mM ATP and 2 mM MgCl in 25 mM Tris/HCl pH 7.6, 10% v/v glycerol, 150 mM NaCl, 2 mM dithiothreitol. The protein was crystallized fresh without any freezing step, and crystallization was performed through the sitting drop method on a 96-Well MRC 2-Drop Crystallization Plates in polystyrene (SWISSCI, United Kingdom) under anaerobic conditions (N2:H2, gas ratio of 97:3). The crystallization reservoir contained 90 ul of mother liquor (20 % w/v polyethylene glycol 3,350 and 200 mM sodium fluoride). The crystallization drop contained 0.6 ul protein with ligands and 0.6 ul precipitant. Crystals were soaked in the mother liquor supplemented with 20 % v/v glycerol prior to freezing in liquid nitrogen. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 1.30511 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: Aug 27, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.30511 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.148→110.034 Å / Num. obs: 248419 / % possible obs: 92.2 % / Redundancy: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 35.99 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rpim(I) all: 0.068 / Rrim(I) all: 0.13 / Net I/σ(I): 9.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.148→2.297 Å / Redundancy: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.95 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 12420 / CC1/2: 0.569 / Rpim(I) all: 0.59 / Rrim(I) all: 1.122 / % possible all: 58.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.149→42.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU R Cruickshank DPI: 0.361 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.365 / SU Rfree Blow DPI: 0.213 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.216 Details: The structure was refined in BUSTER by applying non crystallography symmetry and translation libration screw model.
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Displacement parameters | Biso mean: 38.36 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.26 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.149→42.88 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.15→2.24 Å / Total num. of bins used: 51
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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