PDB-8ooo: Glutamine synthetase from Methanothermococcus thermolithotrophicu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ooo

タイトル

Glutamine synthetase from Methanothermococcus thermolithotrophicus in complex with 2-oxoglutarate and MgATP at 2.15 A resolution

要素

Glutamine synthetase from Methanothermococcus thermolithotrophicus

キーワード

LIGASE / Nitrogen-assimilation / methanogenic archaea / allosteric activation / hydrogenotrophic / thermophile / marine / 2-oxoglutarate / glutamate / ATP / allosteric binding site

機能・相同性

2-OXOGLUTARIC ACID / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / METHOXY-ETHOXYL / DI(HYDROXYETHYL)ETHER

機能・相同性情報

生物種

Methanothermococcus thermolithotrophicus DSM 2095 (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.149 Å

データ登録者

Mueller, M.-C. / Wagner, T.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: Commun Biol / 年: 2024
タイトル: Differences in regulation mechanisms of glutamine synthetases from methanogenic archaea unveiled by structural investigations.
著者: Muller, M.C. / Lemaire, O.N. / Kurth, J.M. / Welte, C.U. / Wagner, T.

履歴

登録	2023年4月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年1月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ooo.cif.gz	2.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ooo.ent.gz	1.7 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ooo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/8ooo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/8ooo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8oolC 8oonC 8ooqC 8oowC 8ooxC 8oozC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glutamine synthetase from Methanothermococcus thermolithotrophicus

B: Glutamine synthetase from Methanothermococcus thermolithotrophicus

C: Glutamine synthetase from Methanothermococcus thermolithotrophicus

D: Glutamine synthetase from Methanothermococcus thermolithotrophicus

E: Glutamine synthetase from Methanothermococcus thermolithotrophicus

F: Glutamine synthetase from Methanothermococcus thermolithotrophicus

G: Glutamine synthetase from Methanothermococcus thermolithotrophicus

H: Glutamine synthetase from Methanothermococcus thermolithotrophicus

I: Glutamine synthetase from Methanothermococcus thermolithotrophicus

J: Glutamine synthetase from Methanothermococcus thermolithotrophicus

K: Glutamine synthetase from Methanothermococcus thermolithotrophicus

L: Glutamine synthetase from Methanothermococcus thermolithotrophicus

ヘテロ分子

615 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis, gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	112.337, 131.773, 131.507
Angle α, β, γ (deg.)	60.04, 87.72, 67.34
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

-
タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質	Glutamine synthetase from Methanothermococcus thermolithotrophicus 分子量: 50296.039 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Methanothermococcus thermolithotrophicus DSM 2095 (古細菌) 細胞株: / / 器官: / / Plasmid details: / / Variant: / / 株: DSM 2095 / 組織: / / 参照: glutamine synthetase

-
非ポリマー , 9種, 3109分子

#2: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸分子量: 146.098 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₆O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物	ChemComp-MOE / METHOXY-ETHOXYL / 2-メトキシエタノ-ルアニオン分子量: 75.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇O₂
#8: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#9: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#10: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3041 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.5 % / 解説: Short thick hexagonal rod
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6 詳細: The enzyme was crystallized at 3.7 mg/ml with a final concentration of 2 mM sodium 2-oxoglutarate, 2 mM ATP and 2 mM MgCl in 25 mM Tris/HCl pH 7.6, 10% v/v glycerol, 150 mM NaCl, 2 mM ...詳細: The enzyme was crystallized at 3.7 mg/ml with a final concentration of 2 mM sodium 2-oxoglutarate, 2 mM ATP and 2 mM MgCl in 25 mM Tris/HCl pH 7.6, 10% v/v glycerol, 150 mM NaCl, 2 mM dithiothreitol. The protein was crystallized fresh without any freezing step, and crystallization was performed through the sitting drop method on a 96-Well MRC 2-Drop Crystallization Plates in polystyrene (SWISSCI, United Kingdom) under anaerobic conditions (N2:H2, gas ratio of 97:3). The crystallization reservoir contained 90 ul of mother liquor (20 % w/v polyethylene glycol 3,350 and 200 mM sodium fluoride). The crystallization drop contained 0.6 ul protein with ligands and 0.6 ul precipitant. Crystals were soaked in the mother liquor supplemented with 20 % v/v glycerol prior to freezing in liquid nitrogen.

結晶

マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.5 % / 解説: Short thick hexagonal rod

結晶化

温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: The enzyme was crystallized at 3.7 mg/ml with a final concentration of 2 mM sodium 2-oxoglutarate, 2 mM ATP and 2 mM MgCl in 25 mM Tris/HCl pH 7.6, 10% v/v glycerol, 150 mM NaCl, 2 mM ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.30511 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.30511 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.148→110.034 Å / Num. obs: 248419 / % possible obs: 92.2 % / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 35.99 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.11 / R_pim(I) all: 0.068 / R_rim(I) all: 0.13 / Net I/σ(I): 9.3
反射シェル	解像度: 2.148→2.297 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.95 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 12420 / CC_1/2: 0.569 / R_pim(I) all: 0.59 / R_rim(I) all: 1.122 / % possible all: 58.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.4 (21-NOV-2022)	精密化
autoPROC		データ削減
STARANISO		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.149→42.88 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU R Cruickshank DPI: 0.361 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.365 / SU R_free Blow DPI: 0.213 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.216
詳細: The structure was refined in BUSTER by applying non crystallography symmetry and translation libration screw model.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.214	12081	4.86 %
R_work	0.1816	-	-
obs	0.1832	248376	77 %

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.36 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.6437 Å²	-0.219 Å²	-0.5019 Å²
2-	-	0.383 Å²	0.1911 Å²
3-	-	-	0.2608 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.26 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.149→42.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	42408	0	710	3041	46159

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.009	44178	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	0.93	59834	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		15235	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		7464	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		44178	HARMONIC	10
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.73
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	16.88
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		5580	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		38983	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.15→2.24 Å / Total num. of bins used: 51

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3001	269	5.41 %
R_work	0.2648	4699	-
all	0.2667	4968	-
obs	-	-	12.73 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3284	0.0211	-0.0355	0.3213	-0.1693	0.1748	0.0192	-0.0184	-0.0634	-0.0477	0.0123	0.0542	0.0159	-0.042	-0.0315	-0.0345	-0.0519	-0.0347	-0.0009	0.0047	-0.0006	-32.7819	-27.6944	-26.0298
2	0.2819	-0.0509	-0.0647	0.0562	-0.0216	0.4346	-0.0165	-0.0655	0.0183	-0.0012	0.0443	-0.0071	-0.0526	0.0642	-0.0279	-0.039	-0.0285	-0.0065	0.0115	-0.04	-0.0062	32.7591	27.7496	25.903
3	0.1794	-0.0367	-0.0188	0.1723	0.1413	0.3948	-0.0026	0.0312	-0.0138	-0.0514	-0.015	0.0091	-0.1226	-0.0287	0.0176	0.0677	0.0218	-0.0205	-0.0745	0.0212	-0.0196	-4.6019	42.6732	-25.9641
4	0.2699	0.0698	-0.0384	0.3349	-0.1389	0.1726	-0.0013	0.0467	0.0202	-0.0446	-0.0127	-0.0371	0.0169	0.0534	0.014	-0.0327	0.0077	0.0368	0.0007	0.0065	-0.0016	29.606	-12.1139	-38.4015
5	0.2779	-0.1044	0.0139	0.0933	-0.029	0.4649	0.0362	0.0543	-0.0103	0.0126	-0.0147	0.0126	0.0889	0.0495	-0.0215	0.0048	0.005	-0.0208	-0.0353	-0.0107	-0.01	11.8077	-45.7636	-16.7473
6	0.249	-0.0624	0.0002	0.2825	0.2048	0.2347	-0.0121	-0.0228	0.0414	-0.054	0.0328	-0.0557	-0.0461	0.0336	-0.0207	-0.0365	-0.0538	0.0432	-0.0218	-0.0044	0.0282	40.0111	24.6626	-17.1142
7	0.3743	0.0886	0.1435	0.1777	0.2049	0.3055	0.0398	-0.0008	-0.0538	0.0517	0.0024	-0.0188	0.0854	0.0095	-0.0423	0.0463	0.0177	-0.0318	-0.0505	0.043	-0.0279	4.4007	-42.6013	26.2705
8	0.3934	0.0723	-0.0144	0.2745	-0.0447	0.2483	0.0084	-0.1026	-0.0886	-0.0026	0.0164	-0.0137	0.0044	0.0325	-0.0248	-0.0402	0.0078	-0.0439	0.0264	0.0274	-0.0261	14.9194	-5.8034	47.7626
9	0.2236	0.0905	-0.0274	0.1915	-0.1261	0.3169	0.0141	0.0112	0.0225	0.0178	-0.0188	0.0106	-0.1108	-0.0353	0.0047	0.0292	0.0501	0.0008	-0.0576	-0.0303	0.0008	-11.9361	45.535	17.0664
10	0.3243	-0.0426	0.1168	0.315	0.0923	0.1537	-0.009	0.0327	-0.054	-0.0456	-0.0101	0.0023	-0.0495	-0.0207	0.0191	-0.002	0.0001	-0.0226	-0.01	0.0149	-0.0275	-14.7601	5.925	-47.6287
11	0.287	0.0542	0.0521	0.2956	0.1647	0.2339	0.0154	-0.0568	0.0672	0.0396	-0.0543	0.01	0.004	-0.0698	0.0388	-0.057	0.0008	0.0138	0.0481	-0.0229	-0.026	-29.7861	11.9128	38.6814
12	0.2074	-0.0698	0.0405	0.0589	0.0278	0.5428	-0.0311	-0.0597	0.005	0.008	0.0327	0.0002	0.0702	-0.1205	-0.0015	-0.0555	-0.0614	0.0068	0.0525	0.0249	-0.0274	-40.2797	-24.7369	17.0747
13	0.1843	-0.0739	0.0685	0.0194	-0.0199	0.0707	0.0057	-0.023	0.013	-0.0231	-0.008	-0.0184	0.0035	-0.0163	0.0023	0.0098	-0.016	0.0189	-0.0365	0.012	-0.0572	0.0855	0.1991	-0.1982

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|* }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|* }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ E\|* }
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ F\|* }
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ G\|* }
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{ H\|* }
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{ I\|* }
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{ J\|* }
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{ K\|* }
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{ L\|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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関連構造データ

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リンク

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集合体

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要素

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タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

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非ポリマー , 9種, 3109分子

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詳細

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実験情報

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実験

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試料調製

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データ収集

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)