PDB-8oo3: X-ray structure of the adduct formed upon reaction of cisplatin w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8oo3

タイトル

X-ray structure of the adduct formed upon reaction of cisplatin with human angiogenin after 5 days soaking

要素

Angiogenin

キーワード

HYDROLASE / angiogenin / CDDP / ROS production / prostate cancer

機能・相同性

機能・相同性情報

activation of phospholipase A2 activity / angiogenin-PRI complex / diacylglycerol biosynthetic process / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / rRNA transcription / : / basement membrane / RNA nuclease activity / positive regulation of endothelial cell proliferation / actin filament polymerization ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.76 Å

データ登録者

Ferraro, G. / Merlino, A.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Dalton Trans / 年: 2023
タイトル: Cisplatin binding to angiogenin protein: new molecular pathways and targets for the drug's anticancer activity.
著者: Ferraro, G. / Sanfilippo, V. / Chiaverini, L. / Satriano, C. / Marzo, T. / Merlino, A. / La Mendola, D.

履歴

登録	2023年4月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年7月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Source and taxonomy カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity_src_gen Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8oo3.cif.gz	45.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8oo3.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8oo3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8oo3_validation.pdf.gz	868.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8oo3_full_validation.pdf.gz	869.2 KB	表示
XML形式データ	8oo3_validation.xml.gz	8.7 KB	表示
CIF形式データ	8oo3_validation.cif.gz	11.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/8oo3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/8oo3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8oo4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (7) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (7) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1) #198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Angiogenin

ヘテロ分子

14.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.320, 37.480, 38.330
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-331- HOH
2	1	AAA-393- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質	Angiogenin / Ribonuclease 5 / RNase 5 分子量: 14169.036 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANG, RNASE5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q71MJ0, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ

-
非ポリマー , 5種, 98分子

#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-NH3 / AMMONIA / アンモニア分子量: 17.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NH₃
#4: 化合物	ChemComp-PT / PLATINUM (II) ION 分子量: 195.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pt / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-TAR / D(-)-TARTARIC ACID / D-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₄H₆O₆
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.13 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.1 詳細: 10% PEG6K, 20 mM sodium citrate pH 5.1, 0.2 M sodium/potassium tartrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.76→42.66 Å / Num. obs: 12229 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 10.7 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 19.1
反射シェル	解像度: 1.76→1.79 Å / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 0.636 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 535 / CC_1/2: 0.856 / % possible all: 83.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.76→42.66 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.906 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.855 / WR_factor R_free: 0.262 / WR_factor R_work: 0.212 / SU B: 4.086 / SU ML: 0.132 / Average fsc free: 0.7958 / Average fsc work: 0.8048 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.177 / ESU R Free: 0.166 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2905	619	5.11 %
R_work	0.243	11495	-
all	0.245	-	-
obs	-	12114	94.893 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.824 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.149 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.049 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.198 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.76→42.66 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	985	0	18	94	1097

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	1055
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	936
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.724	1.674	1426
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.353	1.592	2180
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.04	5	128
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.606	20	68
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.088	15	181
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.403	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	135
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1199
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	244
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.191	0.2	184
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.187	0.2	870
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.159	0.2	485
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	485
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.133	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.164	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.232	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.259	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.177	1.961	503
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.151	1.951	502
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.46	2.926	631
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.464	2.936	632
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.577	2.339	552
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.561	2.334	549
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.093	3.356	794
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.092	3.354	793
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.535	23.64	1124
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.52	23.529	1120

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.76-1.806	0.299	41	0.218	716	0.223	922	0.903	0.934	82.1041	0.215
1.806-1.855	0.266	35	0.293	809	0.291	906	0.721	0.603	93.1567	0.271
1.855-1.909	0.467	40	0.407	687	0.41	873	0.456	0.408	83.2761	0.375
1.909-1.967	0.563	34	0.554	686	0.554	837	0.416	0.417	86.0215	0.513
1.967-2.032	0.268	34	0.252	800	0.253	834	0.759	0.81	100	0.22
2.032-2.103	0.252	63	0.246	737	0.246	800	0.832	0.841	100	0.218
2.103-2.182	0.244	46	0.25	719	0.249	766	0.668	0.716	99.8695	0.223
2.182-2.271	0.472	26	0.445	597	0.446	749	0.699	0.703	83.1776	0.387
2.271-2.372	0.4	39	0.289	644	0.295	713	0.744	0.819	95.7924	0.254
2.372-2.487	0.225	24	0.202	661	0.203	685	0.915	0.919	100	0.177
2.487-2.621	0.309	39	0.192	626	0.199	665	0.899	0.929	100	0.171
2.621-2.779	0.278	25	0.206	596	0.209	621	0.905	0.926	100	0.186
2.779-2.97	0.242	28	0.195	572	0.198	600	0.919	0.932	100	0.182
2.97-3.207	0.334	27	0.2	523	0.206	550	0.889	0.938	100	0.194
3.207-3.511	0.21	27	0.182	486	0.184	513	0.955	0.956	100	0.181
3.511-3.922	0.22	26	0.174	439	0.176	466	0.947	0.964	99.7854	0.172
3.922-4.523	0.204	25	0.162	389	0.164	416	0.959	0.97	99.5192	0.179
4.523-5.523	0.26	20	0.174	350	0.179	370	0.958	0.968	100	0.198
5.523-7.747	0.212	13	0.236	281	0.235	294	0.967	0.937	100	0.259
7.747-42.66	0.328	7	0.234	172	0.238	181	0.906	0.947	98.895	0.255

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