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- PDB-8onn: Crystal structure of D-amino acid aminotransferase from Aminobact... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8onn
タイトルCrystal structure of D-amino acid aminotransferase from Aminobacterium colombiense point mutant E113A complexed with 3-aminooxypropionic acid
要素Aminotransferase class IV
キーワードTRANSFERASE / DAAT / Transaminase / point mutant / aminotransferase / complex / 3-aminooxypropionic acid
機能・相同性
機能・相同性情報


carboxylic acid biosynthetic process / transaminase activity
類似検索 - 分子機能
: / Aminotransferase class 4, branched-chain amino acid transferase, N-terminal domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 2 / D-amino Acid Aminotransferase, subunit A, domain 2 / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, N-terminal / Aminotransferase class IV / Aminotransferase-like, PLP-dependent enzymes / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, C-terminal / Amino-transferase class IV / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 ...: / Aminotransferase class 4, branched-chain amino acid transferase, N-terminal domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 2 / D-amino Acid Aminotransferase, subunit A, domain 2 / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, N-terminal / Aminotransferase class IV / Aminotransferase-like, PLP-dependent enzymes / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, C-terminal / Amino-transferase class IV / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-OCF / Aminotransferase class IV
類似検索 - 構成要素
生物種Aminobacterium colombiense (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Matyuta, I.O. / Boyko, K.M. / Minyaev, M.E. / Shilova, S.A. / Bezsudnova, E.Y. / Popov, V.O.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
Russian Science Foundation19-14-00164 ロシア
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2023
タイトル: In search for structural targets for engineering d-amino acid transaminase: modulation of pH optimum and substrate specificity.
著者: Shilova, S.A. / Matyuta, I.O. / Khrenova, M.G. / Nikolaeva, A.Y. / Klyachko, N.L. / Minyaev, M.E. / Khomutov, A.R. / Boyko, K.M. / Popov, V.O. / Bezsudnova, E.Y.
履歴
登録2023年4月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aminotransferase class IV
B: Aminotransferase class IV
C: Aminotransferase class IV
D: Aminotransferase class IV
E: Aminotransferase class IV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,9319
ポリマ－154,5945
非ポリマー1,3374
水2,864159
1
A: Aminotransferase class IV
B: Aminotransferase class IV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,5064
ポリマ－61,8382
非ポリマー6682
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3770 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area21830 Å2
2
C: Aminotransferase class IV
D: Aminotransferase class IV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,5064
ポリマ－61,8382
非ポリマー6682
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3650 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area21590 Å2
3
E: Aminotransferase class IV

E: Aminotransferase class IV


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,8382
ポリマ－61,8382
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area2250 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area23750 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)141.102, 51.335, 205.289
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.03, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-433-

HOH

21E-307-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
33
44
55
66
77
88
99
1010
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10

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要素

#1: タンパク質
Aminotransferase class IV


分子量: 30918.793 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aminobacterium colombiense (バクテリア)
遺伝子: Amico_1844 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D5EHC5
#2: 化合物
ChemComp-OCF / 3-[(~{E})-[2-methyl-3-oxidanyl-5-(phosphonooxymethyl)pyridin-4-yl]methylideneamino]oxypropanoic acid / PYRIDOXAMINE-5'-PHOSPHATE linked to 3-aminooxypropionic acid


分子量: 334.219 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H15N2O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.56 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.02M Sodium/potassium phosphate, 0.1M Bis-Tris propane pH 6.5, 20% w/v PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 0.75268 Å
検出器タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.75268 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→47.55 Å / Num. obs: 79705 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 4.2 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rpim(I) all: 0.063 / Rrim(I) all: 0.132 / Χ2: 0.92 / Net I/σ(I): 7.9 / Num. measured all: 333904
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.698 / Num. measured all: 18601 / Num. unique obs: 4502 / CC1/2: 0.658 / Rpim(I) all: 0.387 / Rrim(I) all: 0.8 / Χ2: 0.68 / Net I/σ(I) obs: 1.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
Aimless0.7.7データスケーリング
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT4.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→47.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.911 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.878 / SU B: 20.543 / SU ML: 0.246 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.318 / ESU R Free: 0.243 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29834 3973 5 %RANDOM
Rwork0.2559 ---
obs0.25809 75709 97.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.564 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.6 Å20 Å20.69 Å2
2--0.64 Å20 Å2
3----0.42 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.1→47.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10513 0 88 159 10760
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.01310868
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.01510422
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0391.64814758
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3651.56524048
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5251377
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.54521.429490
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.154151851
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.1041573
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.21491
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0212070
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.022294
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9842.2665490
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9842.2665489
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1053.3926855
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.1053.3926856
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0662.3855378
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.0672.3845375
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.2163.5097896
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.0626.31711406
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.05726.29811394
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A80130.09
12B80130.09
21A83280.09
22C83280.09
31A82540.1
32D82540.1
41A76590.13
42E76590.13
51B80150.09
52C80150.09
61B79860.09
62D79860.09
71B74450.12
72E74450.12
81C82180.09
82D82180.09
91C76220.13
92E76220.13
101D76360.13
102E76360.13
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.357 259 -
Rwork0.313 5563 -
obs--97.03 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.13080.27170.09680.69240.00960.4003-0.0205-0.0101-0.0098-0.01030.0508-0.04870.0018-0.0713-0.03030.13340.0911-0.05150.1503-0.01250.26478.4841-0.193319.9936
21.7097-0.84550.25750.4283-0.13730.2652-0.05670.0728-0.28050.0489-0.00050.1478-0.07260.07730.05720.05060.0461-0.03590.1706-0.04110.427741.3445-2.827119.1819
30.0555-0.06880.23490.289-0.25721.13710.01670.0067-0.0135-0.0159-0.00590.05360.02680.0721-0.01080.10810.14960.00660.29250.00270.148317.99319.410761.8728
40.73380.2630.02530.1365-0.01340.5269-0.0412-0.0582-0.0530.05470.06630.0087-0.1496-0.0698-0.02510.15270.17620.0260.23420.01650.1577-9.635635.580954.5857
50.7307-0.52870.11470.6527-0.49970.68350.17830.063-0.0126-0.1572-0.12430.04620.06840.0778-0.05390.25140.03760.00840.1407-0.02280.1363-21.552856.517285.4199
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 301
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 301
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 301
4X-RAY DIFFRACTION4D-1 - 301
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 275

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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