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- PDB-8omk: hKHK-C in complex with ADP & fructose 1-phosphate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8omk
タイトルhKHK-C in complex with ADP & fructose 1-phosphate
要素Ketohexokinase
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Ketohexokinase / KHK / product complex / sugar kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


Essential fructosuria / ketohexokinase / Fructose catabolism / ketohexokinase activity / regulation of glycogen metabolic process / response to sucrose / response to fructose / fructose metabolic process / response to zinc ion / response to glucose ...Essential fructosuria / ketohexokinase / Fructose catabolism / ketohexokinase activity / regulation of glycogen metabolic process / response to sucrose / response to fructose / fructose metabolic process / response to zinc ion / response to glucose / response to insulin / extracellular exosome / ATP binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ketohexokinase / Carbohydrate kinase PfkB / pfkB family carbohydrate kinase / Ribokinase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / 1-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / Ketohexokinase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.48 Å
データ登録者Ebenhoch, R. / Pautsch, A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Discovery of BI-9787, a Potent Zwitterionic KHK-Inhibitor with Oral Bioavailability
著者: Heine, N. / Weber, A. / Pautsch, A. / Gottschling, D. / Upheus, I. / Baur, M. / Ebenhoch, R. / Nosse, B. / Kley, J.
履歴
登録2023年3月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection
カテゴリ: diffrn_detector / diffrn_radiation_wavelength ...diffrn_detector / diffrn_radiation_wavelength / diffrn_source / reflns / reflns_shell
Item: _diffrn_detector.type / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength ..._diffrn_detector.type / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _diffrn_source.pdbx_wavelength_list / _diffrn_source.source / _diffrn_source.type / _reflns.d_resolution_low / _reflns.number_obs / _reflns.pdbx_CC_half / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns.pdbx_Rpim_I_all / _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI / _reflns.percent_possible_obs / _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _reflns_shell.number_unique_obs / _reflns_shell.pdbx_CC_half / _reflns_shell.pdbx_Rpim_I_all / _reflns_shell.pdbx_redundancy

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ketohexokinase
B: Ketohexokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,4607
ポリマ－68,1532
非ポリマー1,3075
水4,774265
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5240 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area24610 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)82.809, 85.818, 137.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Ketohexokinase / Hepatic fructokinase


分子量: 34076.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KHK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P50053, ketohexokinase
#2: 糖 ChemComp-F1X / 1-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / beta D-Fructose 1-phosphate / 1-O-phosphono-beta-D-fructose / 1-O-phosphono-D-fructose / 1-O-phosphono-fructose / β-D-フルクトフラノ-ス1-りん酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.62 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 2 M ammonium sulphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: RIGAKU MICROMAX-003 / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.477→85.8 Å / Num. obs: 34361 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル解像度: 2.477→2.485 Å / Rmerge(I) obs: 0.719 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 309 / CC1/2: 0.873 / Rpim(I) all: 0.423 / % possible all: 87.3

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解析

ソフトウェア
名称分類
BUSTER精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.48→39.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.307 / SU Rfree Blow DPI: 0.21
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.219 1367 4 %RANDOM
Rwork0.2 ---
obs0.201 34201 96.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 50.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.9016 Å20 Å20 Å2
2---5.7341 Å20 Å2
3---1.8325 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.33 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.48→39.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4579 0 80 265 4924
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0089303HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0616786HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2045SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1539HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it9303HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.98
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.78
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion597SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9924SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.48→2.5 Å / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2044 -2.77 %
Rwork0.2658 666 -
all0.2641 685 -
obs--93.04 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3451-0.441-0.20822.19831.07852.97720.05990.14440.2782-0.2733-0.08040.128-0.59220.01990.0205-0.0549-0.01260.0393-0.2401-0.0021-0.10680.10711.667115.9166
21.49650.1414-0.0731.15280.10571.35090.022-0.1613-0.2856-0.0209-0.0365-0.05110.11380.02060.0145-0.15050.03550.0287-0.06860.0542-0.0441-11.248419.293658.2102
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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