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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8oly | |||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Structure of Oceanobacillus iheyensis group II intron post first step of splicing in the presence of K+, Mg2+ and intronistat B | |||||||||||||||||||||||||||
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![]() | RNA / RIBOZYME / METALLOENZYME / SELF-SPLICING / RETROTRANSPOSITION | |||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | : / SPERMINE / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)![]() | |||||||||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||||||||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||
![]() | Silvestri, I. / Marcia, M. | |||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Targeting the conserved active site of splicing machines with specific and selective small molecule modulators. 著者: Silvestri, I. / Manigrasso, J. / Andreani, A. / Brindani, N. / Mas, C. / Reiser, J.B. / Vidossich, P. / Martino, G. / McCarthy, A.A. / De Vivo, M. / Marcia, M. | |||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 239.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 178.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 441.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 463.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8olsC ![]() 8olvC ![]() 8olwC ![]() 8olzC ![]() 8om0C ![]() 8ruhC ![]() 8ruiC ![]() 8rujC ![]() 8rukC ![]() 8rulC ![]() 8rumC ![]() 8runC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-RNA鎖 , 2種, 2分子 AB
#1: RNA鎖 | 分子量: 126956.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 1547.952 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() |
-非ポリマー , 5種, 105分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/EPE.gif)
![](data/chem/img/SPM.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/EPE.gif)
![](data/chem/img/SPM.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 化合物 | ChemComp-K / #5: 化合物 | ChemComp-EPE / #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.15 % |
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結晶化 | 温度: 303.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 100 mM magnesium acetate, 100 mM potassium chloride, 10 mM lithium chloride, 50 mM HEPES sodium, pH 7.0, 3.5% PEG8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.96 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.1→48.02 Å / Num. obs: 34101 / % possible obs: 98.69 % / 冗長度: 4.2 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 10.57 |
反射 シェル | 解像度: 3.1→3.2 Å / Num. unique obs: 3245 / CC1/2: 0.22 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 3.11→48.02 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.111→3.192 Å / Total num. of bins used: 20
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