PDB-8okv: lipoprotein BT2095 from Bacteroides thetaiotamicron bound to cyan...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8okv

タイトル

lipoprotein BT2095 from Bacteroides thetaiotamicron bound to cyanocobalamin CnCbl

要素

Putative surface layer protein

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / lipoprotein / membrane associated / beta propeller / B12 binding protein

機能・相同性

Protein of unknown function DUF5074 / Domain of unknown function (DUF5074) / Cytochrome cd1-nitrite reductase-like, haem d1 domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / CYANOCOBALAMIN / Surface layer protein

機能・相同性情報

生物種

Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Javier Abellon-Ruiz, J. / van den Berg, B. / Jana, K. / Kleinekathofer, U. / Silale, A. / Frey, A.M. / Basle, A. / Trost, M.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: BtuB TonB-dependent transporters and BtuG surface lipoproteins form stable complexes for vitamin B uptake in gut Bacteroides.
著者: Javier Abellon-Ruiz / Kalyanashis Jana / Augustinas Silale / Andrew M Frey / Arnaud Baslé / Matthias Trost / Ulrich Kleinekathöfer / Bert van den Berg /

要旨: Vitamin B (cobalamin) is required for most human gut microbes, many of which are dependent on scavenging to obtain this vitamin. Since bacterial densities in the gut are extremely high, competition ...

履歴

登録	2023年3月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年9月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8okv.cif.gz	1.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8okv.ent.gz	855.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8okv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8okv_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8okv_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	8okv_validation.xml.gz	54.8 KB	表示
CIF形式データ	8okv_validation.cif.gz	70.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/8okv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/8okv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	16114C 17574C 17575C 8blwC 8bmxC 8bmyC 8bmzC 8bn0C 8p97C 8p98C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

B: Putative surface layer protein

A: Putative surface layer protein

C: Putative surface layer protein

D: Putative surface layer protein

ヘテロ分子

160 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Putative surface layer protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
40 kDa, 1 ポリマー
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2

A: Putative surface layer protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Putative surface layer protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Putative surface layer protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	74.770, 131.040, 179.380
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	B
2	1	B
3	2	B
4	2	B
5	3	B
6	3	B
7	4	B
8	4	B
9	5	B
10	5	B
11	6	B
12	6	B

NCSドメイン領域:

End auth comp-ID: TRP / End label comp-ID: TRP / Auth asym-ID: B / Label asym-ID: A

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	THR	THR	35 - 354	13 - 332
2	1	1	THR	THR	35 - 354	13 - 332
3	2	2	HIS	HIS	29 - 354	7 - 332
4	2	2	HIS	HIS	29 - 354	7 - 332
5	3	3	ALA	ALA	34 - 354	12 - 332
6	3	3	ALA	ALA	34 - 354	12 - 332
7	4	4	THR	THR	35 - 354	13 - 332
8	4	4	THR	THR	35 - 354	13 - 332
9	5	5	THR	THR	35 - 354	13 - 332
10	5	5	THR	THR	35 - 354	13 - 332
11	6	6	ALA	ALA	34 - 354	12 - 332
12	6	6	ALA	ALA	34 - 354	12 - 332

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

#1: タンパク質	Putative surface layer protein 分子量: 38653.512 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア) 遺伝子: BT_2095 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q8A5Z1
#2: 化合物	ChemComp-CNC / CYANOCOBALAMIN 分子量: 1356.373 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆₃H₈₉CoN₁₄O₁₄P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.72 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Optimised from Index H8, 0.1MgFormate 15% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→74.7 Å / Num. obs: 54678 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 13.2 % / CC_1/2: 0.99 / R_pim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 11.8
反射シェル	解像度: 2.6→2.68 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 4401 / CC_1/2: 0.66

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
xia2		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.6→74.123 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.905 / SU B: 40.204 / SU ML: 0.376 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.7 / ESU R Free: 0.338 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.276	2675	4.899 %
R_work	0.2182	51932	-
all	0.221	-	-
obs	-	54607	99.253 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 71.314 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.316 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	4.184 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.868 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→74.123 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10619	0	372	98	11089

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.012	11310
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.016	9952
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.466	1.713	15478
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.896	1.606	23151
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.311	5	1296
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	13.158	5	50
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.463	10	1823
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.96	10	547
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.132	0.2	1620
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	12788
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	2429
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.174	0.2	1745
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.166	0.2	9482
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	5338
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	5493
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.192	0.2	192
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.014	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.183	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.177	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.154	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.535	4.431	5196
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.534	4.431	5196
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.744	6.637	6488
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.744	6.637	6489
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.969	4.867	6114
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.969	4.867	6114
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.54	7.217	8990
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.539	7.217	8991
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.071	53.232	11999
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.071	53.234	12000
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.111	0.05	10251
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.116	0.05	10475
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.117	0.05	10188
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.106	0.05	10309
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.094	0.05	10435
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.108	0.05	10244

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11133	0.05009
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11133	0.05009
2	3	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11552	0.05009
2	4	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11552	0.05009
3	5	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11727	0.05009
3	6	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11727	0.05009
4	7	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10593	0.05009
4	8	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10593	0.05009
5	9	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09405	0.05009
5	10	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09405	0.05009
6	11	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10819	0.05009
6	12	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10819	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.6-2.667	0.415	203	0.389	3755	0.39	3988	0.855	0.882	99.2477	0.366
2.667-2.74	0.377	171	0.371	3681	0.371	3917	0.828	0.848	98.3406	0.338
2.74-2.82	0.39	167	0.306	3602	0.31	3791	0.89	0.929	99.4197	0.27
2.82-2.906	0.361	180	0.303	3500	0.306	3699	0.9	0.936	99.4863	0.262
2.906-3.002	0.303	160	0.275	3425	0.276	3603	0.935	0.947	99.5004	0.231
3.002-3.107	0.332	190	0.277	3271	0.281	3478	0.927	0.945	99.5112	0.237
3.107-3.224	0.312	165	0.26	3169	0.262	3347	0.922	0.955	99.6116	0.225
3.224-3.355	0.307	167	0.257	3064	0.259	3239	0.93	0.957	99.753	0.226
3.355-3.504	0.391	141	0.318	2914	0.322	3100	0.845	0.919	98.5484	0.281
3.504-3.675	0.325	135	0.268	2809	0.271	2977	0.908	0.95	98.8915	0.238
3.675-3.873	0.272	151	0.249	2652	0.25	2830	0.951	0.96	99.0459	0.22
3.873-4.107	0.325	130	0.241	2475	0.245	2700	0.892	0.951	96.4815	0.204
4.107-4.39	0.237	126	0.15	2416	0.154	2546	0.965	0.987	99.8429	0.134
4.39-4.74	0.188	125	0.129	2251	0.132	2378	0.982	0.99	99.9159	0.115
4.74-5.19	0.24	108	0.147	2078	0.151	2186	0.971	0.989	100	0.133
5.19-5.8	0.223	107	0.132	1887	0.137	1994	0.973	0.989	100	0.12
5.8-6.69	0.233	81	0.141	1700	0.145	1781	0.968	0.987	100	0.125
6.69-8.177	0.234	69	0.15	1452	0.154	1521	0.966	0.985	100	0.138
8.177-11.494	0.138	61	0.148	1139	0.148	1201	0.988	0.987	99.9167	0.144
11.494-74.123	0.256	38	0.256	692	0.256	740	0.957	0.948	98.6487	0.261

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8763	0.3655	0.031	0.7562	-0.5006	2.3041	-0.0642	0.4201	-0.2444	-0.1824	0.1644	-0.1283	0.65	-0.029	-0.1002	0.4565	-0.0199	0.0254	0.2368	-0.0812	0.0615	22.6775	-19.5551	-8.092
2	2.4154	0.2348	0.7099	0.883	-0.8112	1.8188	-0.0335	-0.2341	0.1122	0.193	0.0527	0.0124	-0.1416	-0.5844	-0.0192	0.157	0.0376	-0.0065	0.3712	0.0182	0.0089	-3.4933	5.3277	-15.9654
3	0.8183	-0.0206	0.6611	0.664	-0.2358	3.9966	-0.2491	-0.221	0.2392	0.0821	-0.0787	-0.1231	-0.8746	-0.1973	0.3278	0.4253	0.0681	-0.1343	0.132	-0.0868	0.1186	22.9784	13.1036	28.4821
4	2.0282	-0.3372	-1.0562	1.0779	-0.6446	2.1658	-0.0871	0.5981	-0.2357	-0.1568	-0.0767	0.027	0.1801	-0.6392	0.1638	0.163	-0.06	0.0233	0.5414	-0.1435	0.0439	-2.7003	-9.3928	42.9334

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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