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万見
- PDB-8ok8: Variant Surface Glycoprotein VSG615 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ok8
タイトルVariant Surface Glycoprotein VSG615
要素Variant surface glycoprotein 615
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Variant surface glycoprotein / Trypanosomiasis / Glycosylation
機能・相同性Trypanosome variant surface glycoprotein, B-type, N-terminal domain / Trypanosomal VSG domain / Trypanosome variant surface glycoprotein, C-terminal / Trypanosome variant surface glycoprotein C-terminal domain / Variant surface glycoprotein C-terminal domain superfamily / plasma membrane / alpha-D-glucopyranose / Variant surface glycoprotein 615
機能・相同性情報
生物種Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.22 Å
データ登録者Zeelen, J.P. / Stebbins, C.E. / Chandra, M.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Plos Negl Trop Dis / 年: 2023
タイトル: A structural classification of the variant surface glycoproteins of the African trypanosomey.
著者: Dakovic, S. / Zeelen, J.P. / Gkeka, A. / Chandra, M. / van Straaten, M. / Foti, K. / Zhong, J. / Vlachou, E.P. / Aresta-Branco, F. / Verdi, J.P. / Papavasiliou, F.N. / Stebbins, C.E.
履歴
登録2023年3月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Variant surface glycoprotein 615
C: Variant surface glycoprotein 615
E: Variant surface glycoprotein 615
G: Variant surface glycoprotein 615
I: Variant surface glycoprotein 615
K: Variant surface glycoprotein 615
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)243,18522
ポリマ－239,6496
非ポリマー3,53516
水21612
1
A: Variant surface glycoprotein 615
C: Variant surface glycoprotein 615
E: Variant surface glycoprotein 615
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,41210
ポリマ－119,8253
非ポリマー1,5877
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
G: Variant surface glycoprotein 615
I: Variant surface glycoprotein 615
K: Variant surface glycoprotein 615
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,77212
ポリマ－119,8253
非ポリマー1,9489
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)86.280, 111.230, 108.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.65, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質
Variant surface glycoprotein 615


分子量: 39941.555 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: M4SXH7
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 糖
ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.42 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 23 % PEG 4000, 100 mM NaCacodylate, 10 mM ZnCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.22→77.68 Å / Num. obs: 30929 / % possible obs: 92.38 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 85.19 Å2 / CC1/2: 0.978 / Net I/σ(I): 3.71
反射 シェル解像度: 3.22→3.335 Å / Num. unique obs: 3271 / CC1/2: 0.127

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.2_4158: ???)精密化
Cootモデル構築
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.22→77.68 Å / SU ML: 0.65 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3247 1524 4.94 %
Rwork0.3072 --
obs0.308 30848 92.38 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.22→77.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13875 0 222 12 14109
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01314272
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.93519284
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.4635154
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0762233
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0132518
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.22-3.320.40451580.38322810X-RAY DIFFRACTION98
3.32-3.440.36751070.38242693X-RAY DIFFRACTION97
3.47-3.580.41451090.38922215X-RAY DIFFRACTION98
3.58-3.740.3281170.36382179X-RAY DIFFRACTION76
3.74-3.940.3311190.33362317X-RAY DIFFRACTION80
3.94-4.190.35391270.32512854X-RAY DIFFRACTION99
4.19-4.510.31031580.29442817X-RAY DIFFRACTION99
4.51-4.960.31251400.29792836X-RAY DIFFRACTION99
4.97-5.680.30081760.30862852X-RAY DIFFRACTION99
5.68-7.160.36711680.30512842X-RAY DIFFRACTION99
7.16-77.680.27321450.24212909X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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