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- PDB-8oix: CryoEM structure of 20S Trichomonas vaginalis proteasome in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8oix
タイトルCryoEM structure of 20S Trichomonas vaginalis proteasome in complex with proteasome inhibitor Salinosporamid A
要素
  • (Family T1, proteasome alpha subunit, threonine ...) x 4
  • (Proteasome subunit ...) x 8
  • Family T1, proteasome beta subunit, threonine peptidase
  • proteasome endopeptidase complex
キーワードHYDROLASE / Proteasome / 20S / Trichomonas vaginalis / covalently bound Salinosporamide A / Marizomib
機能・相同性
機能・相同性情報


proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / proteasome core complex, alpha-subunit complex / endopeptidase activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome beta-type subunits signature. / Peptidase T1A, proteasome beta-subunit / Proteasome beta-type subunit, conserved site / Proteasome subunit A N-terminal signature / Proteasome alpha-type subunits signature. / Proteasome alpha-subunit, N-terminal domain / Proteasome subunit A N-terminal signature Add an annotation ...Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome beta-type subunits signature. / Peptidase T1A, proteasome beta-subunit / Proteasome beta-type subunit, conserved site / Proteasome subunit A N-terminal signature / Proteasome alpha-type subunits signature. / Proteasome alpha-subunit, N-terminal domain / Proteasome subunit A N-terminal signature Add an annotation / Proteasome B-type subunit / Proteasome beta-type subunit profile. / : / Proteasome alpha-type subunit / Proteasome alpha-type subunit profile. / Proteasome subunit / Proteasome, subunit alpha/beta / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-SA1 / Family T1, proteasome alpha subunit, threonine peptidase / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit alpha type / Family T1, proteasome alpha subunit, threonine peptidase / Proteasome subunit beta / proteasome endopeptidase complex / Proteasome subunit beta / Family T1, proteasome beta subunit, threonine peptidase / Family T1, proteasome alpha subunit, threonine peptidase ...Chem-SA1 / Family T1, proteasome alpha subunit, threonine peptidase / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit alpha type / Family T1, proteasome alpha subunit, threonine peptidase / Proteasome subunit beta / proteasome endopeptidase complex / Proteasome subunit beta / Family T1, proteasome beta subunit, threonine peptidase / Family T1, proteasome alpha subunit, threonine peptidase / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit alpha type / Family T1, proteasome alpha subunit, threonine peptidase / Proteasome subunit alpha type
類似検索 - 構成要素
生物種Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.89 Å
データ登録者Silhan, J. / Fajtova, P. / Boura, E.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission846688European Union
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structural elucidation of recombinant Trichomonas vaginalis 20S proteasome bound to covalent inhibitors.
著者: Jan Silhan / Pavla Fajtova / Jitka Bartosova / Brianna M Hurysz / Jehad Almaliti / Yukiko Miyamoto / Lars Eckmann / William H Gerwick / Anthony J O'Donoghue / Evzen Boura /
要旨: The proteasome is a proteolytic enzyme complex essential for protein homeostasis in mammalian cells and protozoan parasites like Trichomonas vaginalis (Tv), the cause of the most common, non-viral ...The proteasome is a proteolytic enzyme complex essential for protein homeostasis in mammalian cells and protozoan parasites like Trichomonas vaginalis (Tv), the cause of the most common, non-viral sexually transmitted disease. Tv and other protozoan 20S proteasomes have been validated as druggable targets for antimicrobials. However, low yields and purity of the native proteasome have hindered studies of the Tv 20S proteasome (Tv20S). We address this challenge by creating a recombinant protozoan proteasome by expressing all seven α and seven β subunits of Tv20S alongside the Ump-1 chaperone in insect cells. The recombinant Tv20S displays biochemical equivalence to its native counterpart, confirmed by various assays. Notably, the marizomib (MZB) inhibits all catalytic subunits of Tv20S, while the peptide inhibitor carmaphycin-17 (CP-17) specifically targets β2 and β5. Cryo-electron microscopy (cryo-EM) unveils the structures of Tv20S bound to MZB and CP-17 at 2.8 Å. These findings explain MZB's low specificity for Tv20S compared to the human proteasome and demonstrate CP-17's higher specificity. Overall, these data provide a structure-based strategy for the development of specific Tv20S inhibitors to treat trichomoniasis.
履歴
登録2023年3月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02024年4月17日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / entity ...atom_site / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conf / struct_ref / struct_ref_seq / struct_sheet_range
Item: _atom_site.label_seq_id / _entity.formula_weight ..._atom_site.label_seq_id / _entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id
改定 2.12024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 2.22024年10月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Family T1, proteasome alpha subunit, threonine peptidase
B: Family T1, proteasome alpha subunit, threonine peptidase
C: Proteasome subunit alpha type
D: Proteasome subunit alpha type
E: Proteasome subunit alpha type
F: Family T1, proteasome alpha subunit, threonine peptidase
G: Family T1, proteasome alpha subunit, threonine peptidase
H: Proteasome subunit beta
I: proteasome endopeptidase complex
J: Proteasome subunit beta
K: Proteasome subunit beta
L: Proteasome subunit beta
M: Proteasome subunit beta
N: Family T1, proteasome beta subunit, threonine peptidase
O: Family T1, proteasome alpha subunit, threonine peptidase
P: Family T1, proteasome alpha subunit, threonine peptidase
Q: Proteasome subunit alpha type
R: Proteasome subunit alpha type
S: Proteasome subunit alpha type
T: Family T1, proteasome alpha subunit, threonine peptidase
U: Family T1, proteasome alpha subunit, threonine peptidase
V: Proteasome subunit beta
W: proteasome endopeptidase complex
X: Proteasome subunit beta
Y: Proteasome subunit beta
Z: Proteasome subunit beta
a: Proteasome subunit beta
b: Family T1, proteasome beta subunit, threonine peptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)708,40632
ポリマ－707,28828
非ポリマー1,1174
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, Negative Stain with Uranyl Acetate SEC
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area117030 Å2
ΔGint-412 kcal/mol
Surface area177780 Å2
手法PISA

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要素

-
Family T1, proteasome alpha subunit, threonine ... , 4種, 8分子 AOBPFTGU

#1: タンパク質 Family T1, proteasome alpha subunit, threonine peptidase


分子量: 26511.184 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし)
遺伝子: TVAG_267300
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A2F568
#2: タンパク質 Family T1, proteasome alpha subunit, threonine peptidase


分子量: 25444.994 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし)
遺伝子: TVAG_103780
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A2FJV7
#6: タンパク質 Family T1, proteasome alpha subunit, threonine peptidase


分子量: 25682.287 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし)
遺伝子: TVAG_206040
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A2E1I9
#7: タンパク質 Family T1, proteasome alpha subunit, threonine peptidase


分子量: 27067.422 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし)
遺伝子: TVAG_185200
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A2D8G5

-
Proteasome subunit ... , 8種, 16分子 CQDRESHVJXKYLZMa

#3: タンパク質 Proteasome subunit alpha type


分子量: 27989.707 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし)
遺伝子: TVAG_058050
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A2FT79
#4: タンパク質 Proteasome subunit alpha type


分子量: 26306.916 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし)
遺伝子: TVAG_340740
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A2DTN3
#5: タンパク質 Proteasome subunit alpha type


分子量: 27330.986 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし)
遺伝子: TVAG_293540
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A2FCM7
#8: タンパク質 Proteasome subunit beta


分子量: 21930.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし)
遺伝子: TVAG_127250
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A2E7Z2
#10: タンパク質 Proteasome subunit beta


分子量: 23028.574 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし)
遺伝子: TVAG_286960
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A2F3H9
#11: タンパク質 Proteasome subunit beta


分子量: 21421.600 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし)
遺伝子: TVAG_403280
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A2F8W4
#12: タンパク質 Proteasome subunit beta


分子量: 22572.598 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし)
遺伝子: TVAG_013010
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A2DD57
#13: タンパク質 Proteasome subunit beta


分子量: 25001.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし)
遺伝子: TVAG_152400
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A2F716

-
タンパク質 , 2種, 4分子 IWNb

#9: タンパク質 proteasome endopeptidase complex


分子量: 26869.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし)
遺伝子: TVAG_231360
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A2F2T6, proteasome endopeptidase complex
#14: タンパク質 Family T1, proteasome beta subunit, threonine peptidase


分子量: 26486.643 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし)
遺伝子: TVAG_290960
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A2F3X4

-
非ポリマー , 1種, 4分子

#15: 化合物
ChemComp-SA1 / (3AR,6R,6AS)-6-((S)-((S)-CYCLOHEX-2-ENYL)(HYDROXY)METHYL)-6A-METHYL-4-OXO-HEXAHYDRO-2H-FURO[3,2-C]PYRROLE-6-CARBALDEHYDE / Salinosporamide A, bound form


分子量: 279.332 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H21NO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Ternary complex of 20S proteasome from Trichomonas vaginalis
タイプ: COMPLEX
詳細: Subunits beta 1 and beta 2 a covalently attached to protease inhibitor marizomib (Salinosporamid A)
Entity ID: #1-#14 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.704 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMHEPESHEPES1
2150 mMsodium chlorideNaCl1
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: 15 mA / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7983
電子光学装置エネルギーフィルター名称: TFS Selectris
画像スキャン横: 4096 / 縦: 4096

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 2303719
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.89 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 14257 / 詳細: Standard Homo Refine job in Cryosparc v4 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00448680
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.60865880
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.03717850
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0457434
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0088518

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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