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- EMDB-17337: CryoEM structure of 20S Trichomonas vaginalis proteasome in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17337
タイトルCryoEM structure of 20S Trichomonas vaginalis proteasome in complex with proteasome inhibitor CP-17
マップデータCryoEM map of 20S Trichomonas vaginalis proteasome in complex with proteasome inhibitor CP-17
試料
  • 複合体: Ternary complex of 20S proteasome from Trichomonas vaginalis
    • タンパク質・ペプチド: x 12種
  • タンパク質・ペプチド: x 2種
  • リガンド: x 1種
キーワードProteasome / 20S / Trichomonas vaginalis / covalently bound protease inhibitor CP-17 / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / proteasome core complex, alpha-subunit complex / endopeptidase activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome beta-type subunits signature. / Peptidase T1A, proteasome beta-subunit / Proteasome beta-type subunit, conserved site / Proteasome subunit A N-terminal signature / Proteasome alpha-type subunits signature. / Proteasome alpha-subunit, N-terminal domain / Proteasome subunit A N-terminal signature Add an annotation ...Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome beta-type subunits signature. / Peptidase T1A, proteasome beta-subunit / Proteasome beta-type subunit, conserved site / Proteasome subunit A N-terminal signature / Proteasome alpha-type subunits signature. / Proteasome alpha-subunit, N-terminal domain / Proteasome subunit A N-terminal signature Add an annotation / Proteasome B-type subunit / Proteasome beta-type subunit profile. / : / Proteasome alpha-type subunit / Proteasome alpha-type subunit profile. / Proteasome subunit / Proteasome, subunit alpha/beta / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Family T1, proteasome alpha subunit, threonine peptidase / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit alpha type / Family T1, proteasome alpha subunit, threonine peptidase / Proteasome subunit beta / proteasome endopeptidase complex / Proteasome subunit beta / Family T1, proteasome beta subunit, threonine peptidase / Family T1, proteasome alpha subunit, threonine peptidase / Proteasome subunit beta ...Family T1, proteasome alpha subunit, threonine peptidase / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit alpha type / Family T1, proteasome alpha subunit, threonine peptidase / Proteasome subunit beta / proteasome endopeptidase complex / Proteasome subunit beta / Family T1, proteasome beta subunit, threonine peptidase / Family T1, proteasome alpha subunit, threonine peptidase / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit alpha type / Family T1, proteasome alpha subunit, threonine peptidase / Proteasome subunit alpha type
類似検索 - 構成要素
生物種Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Silhan J / Boura E / Fajtova P
資金援助European Union, 1件
OrganizationGrant number国
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission846688European Union
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structural elucidation of recombinant Trichomonas vaginalis 20S proteasome bound to covalent inhibitors.
著者: Jan Silhan / Pavla Fajtova / Jitka Bartosova / Brianna M Hurysz / Jehad Almaliti / Yukiko Miyamoto / Lars Eckmann / William H Gerwick / Anthony J O'Donoghue / Evzen Boura /
要旨: The proteasome is a proteolytic enzyme complex essential for protein homeostasis in mammalian cells and protozoan parasites like Trichomonas vaginalis (Tv), the cause of the most common, non-viral ...The proteasome is a proteolytic enzyme complex essential for protein homeostasis in mammalian cells and protozoan parasites like Trichomonas vaginalis (Tv), the cause of the most common, non-viral sexually transmitted disease. Tv and other protozoan 20S proteasomes have been validated as druggable targets for antimicrobials. However, low yields and purity of the native proteasome have hindered studies of the Tv 20S proteasome (Tv20S). We address this challenge by creating a recombinant protozoan proteasome by expressing all seven α and seven β subunits of Tv20S alongside the Ump-1 chaperone in insect cells. The recombinant Tv20S displays biochemical equivalence to its native counterpart, confirmed by various assays. Notably, the marizomib (MZB) inhibits all catalytic subunits of Tv20S, while the peptide inhibitor carmaphycin-17 (CP-17) specifically targets β2 and β5. Cryo-electron microscopy (cryo-EM) unveils the structures of Tv20S bound to MZB and CP-17 at 2.8 Å. These findings explain MZB's low specificity for Tv20S compared to the human proteasome and demonstrate CP-17's higher specificity. Overall, these data provide a structure-based strategy for the development of specific Tv20S inhibitors to treat trichomoniasis.
履歴
登録2023年5月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年5月22日-
マップ公開2024年5月22日-
更新2024年11月20日-
現状2024年11月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_17337.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17337.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CryoEM map of 20S Trichomonas vaginalis proteasome in complex with proteasome inhibitor CP-17
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.7 Å/pix.
x 448 pix.
= 313.6 Å		0.7 Å/pix.
x 448 pix.
= 313.6 Å		0.7 Å/pix.
x 448 pix.
= 313.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.7 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.195
最小 - 最大-1.1539524 - 1.6770561
平均 (標準偏差)0.0002582756 (±0.063288786)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ448448448
Spacing448448448
セルA=B=C: 313.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: CryoEM half map A of 20S Trichomonas vaginalis...

ファイルemd_17337_half_map_1.map
注釈CryoEM half map A of 20S Trichomonas vaginalis proteasome in complex with proteasome inhibitor CP-17
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: CryoEM half map B of 20S Trichomonas vaginalis...

ファイルemd_17337_half_map_2.map
注釈CryoEM half map B of 20S Trichomonas vaginalis proteasome in complex with proteasome inhibitor CP-17
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ternary complex of 20S proteasome from Trichomonas vaginalis

全体名称: Ternary complex of 20S proteasome from Trichomonas vaginalis
要素
  • 複合体: Ternary complex of 20S proteasome from Trichomonas vaginalis
    • タンパク質・ペプチド: Family T1, proteasome alpha subunit, threonine peptidase
    • タンパク質・ペプチド: Family T1, proteasome alpha subunit, threonine peptidase
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type
    • タンパク質・ペプチド: Family T1, proteasome alpha subunit, threonine peptidase
    • タンパク質・ペプチド: Family T1, proteasome alpha subunit, threonine peptidase
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Family T1, proteasome beta subunit, threonine peptidase
  • タンパク質・ペプチド: proteasome endopeptidase complex
  • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta
  • リガンド: N-[(2S)-1-[[(2S)-1-[[(1S)-1-[(2S,3R,5S,6R)-3-(hydroxymethyl)-5-methanoyl-2,3,6-trimethyl-morpholin-2-yl]-2-phenyl-ethyl]amino]-3-(1H-indol-3-yl)-1-oxidanylidene-propan-2-yl]amino]-3-(1H-indol-3-yl)-1-oxidanylidene-propan-2-yl]hexanamide

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超分子 #1: Ternary complex of 20S proteasome from Trichomonas vaginalis

超分子名称: Ternary complex of 20S proteasome from Trichomonas vaginalis
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8, #10-#11, #13-#14
詳細: Subunits beta 1 and beta 2 a covalently attached to protease inhibitor marizomib (Salinosporamid A)
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし)
分子量理論値: 704 KDa

+
分子 #1: Family T1, proteasome alpha subunit, threonine peptidase

分子名称: Family T1, proteasome alpha subunit, threonine peptidase
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし)
分子量理論値: 26.511184 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSSGADRYLT VFSAEGRLWQ VEYSFKAVKQ AEVTAVAVKS KNAVCVAVQK KVSDKLIDPS TVTHMYRITD NVGACLVGLP SDVNFIVML LRSFANNFEY KQGFSIPVSI LAQMLSERHQ LESQLVYVRP SAVSAILFGL DGPSDSFALY KIEPSGYSNG F RAVACGVK ...文字列:
MSSGADRYLT VFSAEGRLWQ VEYSFKAVKQ AEVTAVAVKS KNAVCVAVQK KVSDKLIDPS TVTHMYRITD NVGACLVGLP SDVNFIVML LRSFANNFEY KQGFSIPVSI LAQMLSERHQ LESQLVYVRP SAVSAILFGL DGPSDSFALY KIEPSGYSNG F RAVACGVK EIEAMSALEK KMEDFETPEA TAEFTLSTLQ TVCGVDFEAQ DVEVSLLTRD NSKFSKLPND KVNEILHAVA EK D

UniProtKB: Family T1, proteasome alpha subunit, threonine peptidase

+
分子 #2: Family T1, proteasome alpha subunit, threonine peptidase

分子名称: Family T1, proteasome alpha subunit, threonine peptidase
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし)
分子量理論値: 25.444994 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGDSDFSLTT FSSGGKLNQI ESALKAVSLG GQCVGVKAKN GAVIACESKP SSPLVEKVTN LKVQKINDNV GIVYSGVNTD FHVILKSLR KASIKYSLRL GVEMPTREVV KHAAHKMQYY TQIGGVRPFG VSLLIIGWEE LGPTLWQVDP SGTFWAWKAT A LGKRSDGS ...文字列:
MGDSDFSLTT FSSGGKLNQI ESALKAVSLG GQCVGVKAKN GAVIACESKP SSPLVEKVTN LKVQKINDNV GIVYSGVNTD FHVILKSLR KASIKYSLRL GVEMPTREVV KHAAHKMQYY TQIGGVRPFG VSLLIIGWEE LGPTLWQVDP SGTFWAWKAT A LGKRSDGS RTFLERRYSE DQSVDDAIHT AISTLKEGFD GQLTAELIEI GVVDETRKFR TLSTAEIRDF LTEV

UniProtKB: Family T1, proteasome alpha subunit, threonine peptidase

+
分子 #3: Proteasome subunit alpha type

分子名称: Proteasome subunit alpha type / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし)
分子量理論値: 27.989707 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MTYRYDAGTT TFSSDGRILQ VEYAIQSINQ AGTAIGVQFT NGVVLAAEKK NTGRLVDYLF PEKMAKIDGH IVTAVAGLTA DANTLVDLM RTSAQKYLKT YDEQMPVEQL VRMVCDEKHS YTQYGGLRPY GVSFLIAGYD RHKGCQLYLT DPSGNFGGWK A TAIGENNQ ...文字列:
MTYRYDAGTT TFSSDGRILQ VEYAIQSINQ AGTAIGVQFT NGVVLAAEKK NTGRLVDYLF PEKMAKIDGH IVTAVAGLTA DANTLVDLM RTSAQKYLKT YDEQMPVEQL VRMVCDEKHS YTQYGGLRPY GVSFLIAGYD RHKGCQLYLT DPSGNFGGWK A TAIGENNQ TAQSILKSQY KDNMTATEAM DLTVKVLCKT LDSTSLSADK LEFAVLQFRE EYGPKVRILT TSEVDTLMKR YE ETIKKSA EEKE

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type

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分子 #4: Proteasome subunit alpha type

分子名称: Proteasome subunit alpha type / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし)
分子量理論値: 26.306916 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSDYTRSITR FSPDGRLFQI DHAHAAVQRG TTVVATRSKD MIVIAVEKTA VAKLQDPHTF SKICSLDKHV MCAFAGLHAD ARRLIQSGQ RQCQSHRLTY EDPISIENIA RYIATLQLKN TQSGGARPYG VSTLICGFDD MTSQPHIYET LPSGTYAEWK A RTIGRHDQ ...文字列:
MSDYTRSITR FSPDGRLFQI DHAHAAVQRG TTVVATRSKD MIVIAVEKTA VAKLQDPHTF SKICSLDKHV MCAFAGLHAD ARRLIQSGQ RQCQSHRLTY EDPISIENIA RYIATLQLKN TQSGGARPYG VSTLICGFDD MTSQPHIYET LPSGTYAEWK A RTIGRHDQ TVMEYLEKHY KDDMTDEEAQ KLAIGALLEV VENGSKNLEV AYMKRGGTME IMAEEVLDAL IESTKAK

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type

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分子 #5: Proteasome subunit alpha type

分子名称: Proteasome subunit alpha type / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし)
分子量理論値: 27.330986 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MFNSGSEYDR NVNTFSPDGR LLQVEYAIEA VKLGSSAVAI LCPEGVIFAV EKRLSSQLLI ASSVEKVYAI DDHVGVVMAG LAADGRTMV EHMRVEAQNH RFSFDEPIGI KAVTQSVCDL ALAFGEGRRK KGDGQMSRPF GTALLVAGIE NGKCHLFHTD P SGTYTECR ...文字列:
MFNSGSEYDR NVNTFSPDGR LLQVEYAIEA VKLGSSAVAI LCPEGVIFAV EKRLSSQLLI ASSVEKVYAI DDHVGVVMAG LAADGRTMV EHMRVEAQNH RFSFDEPIGI KAVTQSVCDL ALAFGEGRRK KGDGQMSRPF GTALLVAGIE NGKCHLFHTD P SGTYTECR ARAIGGGSEG AEALLRDLYK DGMTLHEAED LALSTLRQVI QEKLNENNVE VACARVSTGK FEIYTSEQRQ EI VARLPPP IIPE

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type

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分子 #6: Family T1, proteasome alpha subunit, threonine peptidase

分子名称: Family T1, proteasome alpha subunit, threonine peptidase
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし)
分子量理論値: 25.682287 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MFRSKYDENA TTFSPEGRIL QVENAMKAVQ QGMPTVGLKS KTHAVIAGVM HSPSEFSSHQ PKIFKIDQHI GVAISGLTAD GRGLCKFLR NECLHHTFCF GTEIRVADLA DTVALQSQKK TSKVGKRPYG VGLLMIGAGV DGPRLFETCP SGQHWEYNAQ A IGRRAQAA ...文字列:
MFRSKYDENA TTFSPEGRIL QVENAMKAVQ QGMPTVGLKS KTHAVIAGVM HSPSEFSSHQ PKIFKIDQHI GVAISGLTAD GRGLCKFLR NECLHHTFCF GTEIRVADLA DTVALQSQKK TSKVGKRPYG VGLLMIGAGV DGPRLFETCP SGQHWEYNAQ A IGRRAQAA KTYLETNLNE FPDCTRDQLI RHALRALNDC KSRESDSLEA IALGVVGIDE PFTILEGPEL QKYID

UniProtKB: Family T1, proteasome alpha subunit, threonine peptidase

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分子 #7: Family T1, proteasome alpha subunit, threonine peptidase

分子名称: Family T1, proteasome alpha subunit, threonine peptidase
タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし)
分子量理論値: 27.067422 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSGAGSGYDF NPITFSPDGR QFQVEYATKA VEKDSLALGV KCKDGILLAA EKNLTSTLLT PGGNPRIFWI NDSIACATIG HRPDCYSIV EQSRNRAETF TSNFGIKITV PQLASEVSQQ FHLAHYYQAY RPFGCTVIFA SYKDDALYAI EPSGAFYGYF A SCFGKNSN ...文字列:
MSGAGSGYDF NPITFSPDGR QFQVEYATKA VEKDSLALGV KCKDGILLAA EKNLTSTLLT PGGNPRIFWI NDSIACATIG HRPDCYSIV EQSRNRAETF TSNFGIKITV PQLASEVSQQ FHLAHYYQAY RPFGCTVIFA SYKDDALYAI EPSGAFYGYF A SCFGKNSN LARAELQKTE WKNITVREAV PEVARIIKSL HESQFKKWEI EMFWLCEETN GRPQKVPEDV FQSRFVNENP QN

UniProtKB: Family T1, proteasome alpha subunit, threonine peptidase

+
分子 #8: Proteasome subunit beta

分子名称: Proteasome subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし)
分子量理論値: 21.930805 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: TTLLAIQCTD GVVMASDSRT SSGSFIPNRA TNKITEIQPK IFAARCGNAA DTQFLARAVK NYLNALNITR ENTDDSTILV ASNVIRSLI VRYRQYLSAG VIVGGWDSAG PQVYSIEVSG MAIKKKIASN GSGSTYIQAY IDQNYREDMT MEEATKFAIA A VTGAIIRD ...文字列:
TTLLAIQCTD GVVMASDSRT SSGSFIPNRA TNKITEIQPK IFAARCGNAA DTQFLARAVK NYLNALNITR ENTDDSTILV ASNVIRSLI VRYRQYLSAG VIVGGWDSAG PQVYSIEVSG MAIKKKIASN GSGSTYIQAY IDQNYREDMT MEEATKFAIA A VTGAIIRD GSSGGVVNIV QINADGAKRM TVRPAQQPFN YDIVKG

UniProtKB: Proteasome subunit beta

+
分子 #9: proteasome endopeptidase complex

分子名称: proteasome endopeptidase complex / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし)
分子量理論値: 26.768322 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: TIAAAIFDGG VVLGADTRAT AGPIVAVKDE MKLHYISDNI WVCGAGIAAD NDNINAVISA KLRLFQMNTG LQPRVDQCTN ILASRLFQY MGYIQAALIV GGIDFQGPQV YQVAPHGSFS KQPFIAQGSG SLAAISVLEN RWHNKMNEHD CMEMVADAIY A GITNDLGS ...文字列:
TIAAAIFDGG VVLGADTRAT AGPIVAVKDE MKLHYISDNI WVCGAGIAAD NDNINAVISA KLRLFQMNTG LQPRVDQCTN ILASRLFQY MGYIQAALIV GGIDFQGPQV YQVAPHGSFS KQPFIAQGSG SLAAISVLEN RWHNKMNEHD CMEMVADAIY A GITNDLGS GSHVNLCVIK RENPEDKQSK VIYTFYKDYR VPHENDRNFR LEPQINNIDV EVIKTTERPL TLPDVHLEIL DD APA

UniProtKB: proteasome endopeptidase complex

+
分子 #10: Proteasome subunit beta

分子名称: Proteasome subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし)
分子量理論値: 23.028574 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSDISTYNGS CVLAMAGDHC VAIASDRRLG VNMLTVSKDF KRIFQINDRI YLGLAGLATD VLTVREQLRF DVNLLELREE RPIDPKKFM NLVKSTLYEK RFSPFFVTPV IAGLLPETNE PYLAASDSIG AFAFPKDFAV AGTCEESLYG ICESAWRPNM N PDELFECT ...文字列:
MSDISTYNGS CVLAMAGDHC VAIASDRRLG VNMLTVSKDF KRIFQINDRI YLGLAGLATD VLTVREQLRF DVNLLELREE RPIDPKKFM NLVKSTLYEK RFSPFFVTPV IAGLLPETNE PYLAASDSIG AFAFPKDFAV AGTCEESLYG ICESAWRPNM N PDELFECT AKCLIAAVER DSISGWGGIV YIITQDKVII KEIKTRMD

UniProtKB: Proteasome subunit beta

+
分子 #11: Proteasome subunit beta

分子名称: Proteasome subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし)
分子量理論値: 21.4216 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MLSIVGLQGP DWVLIAADSS VSSSIICMSE NYDRIAQLDD RHALAMSGET GDCLQLSEYL QGNVALYKFR NGVELSSDAL AHFIRHTMA KAVRKSPYEV NMLLSGYDGK PHLYFMDYLG TLQSIPYGAQ GYCQYFVMSV FDKHYKEGLT LEDGKELMKL A LNQIKQRF ...文字列:
MLSIVGLQGP DWVLIAADSS VSSSIICMSE NYDRIAQLDD RHALAMSGET GDCLQLSEYL QGNVALYKFR NGVELSSDAL AHFIRHTMA KAVRKSPYEV NMLLSGYDGK PHLYFMDYLG TLQSIPYGAQ GYCQYFVMSV FDKHYKEGLT LEDGKELMKL A LNQIKQRF TVAPHGFIVK LVDKNGITKI DLE

UniProtKB: Proteasome subunit beta

+
分子 #12: Proteasome subunit beta

分子名称: Proteasome subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし)
分子量理論値: 22.471494 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: TTLSFIYNGG IVVAVDSRAT GGQFIFSQTV MKILPLAPNM IGTMAGGAAD CQYWLRNLSR LIQLHKFRYQ QPLTVAAASK ILVNELYRY KGYNLSIGSM ICGYDNTGPH IFYIDNHGSR IAGKRFSVGS GSTHAYGVLD TCYREDMTKE EACELGRRAI Y HATYRDSG ...文字列:
TTLSFIYNGG IVVAVDSRAT GGQFIFSQTV MKILPLAPNM IGTMAGGAAD CQYWLRNLSR LIQLHKFRYQ QPLTVAAASK ILVNELYRY KGYNLSIGSM ICGYDNTGPH IFYIDNHGSR IAGKRFSVGS GSTHAYGVLD TCYREDMTKE EACELGRRAI Y HATYRDSG SGGRVSVVHI TQNGVEWIDK TDVFDMHDFS KTTF

UniProtKB: Proteasome subunit beta

+
分子 #13: Proteasome subunit beta

分子名称: Proteasome subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし)
分子量理論値: 25.001025 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MEGEFRENKK GQWSPYEMHG GTAIGICGDD YVVIGADTRL SVDYSIDSRH KARIFKMNSN CMISATGFDG DIDAFITRMR SILLNYENQ HFHEMSVESV ARCVSNTLYS KRFFPYYINI LVGGINSEGK GKLYGYDPVG TIEDLHYDSN GSGSSLAAPL L DSAFGTIH ...文字列:
MEGEFRENKK GQWSPYEMHG GTAIGICGDD YVVIGADTRL SVDYSIDSRH KARIFKMNSN CMISATGFDG DIDAFITRMR SILLNYENQ HFHEMSVESV ARCVSNTLYS KRFFPYYINI LVGGINSEGK GKLYGYDPVG TIEDLHYDSN GSGSSLAAPL L DSAFGTIH HNTRPFPAVS LQDAKNIVRD AICSVTERDI YTGDALQLCV FTKDGFAQEE FPLPRH

UniProtKB: Proteasome subunit beta

+
分子 #14: Family T1, proteasome beta subunit, threonine peptidase

分子名称: Family T1, proteasome beta subunit, threonine peptidase
タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし)
分子量理論値: 26.486643 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MQVITASGAI VAAKYDGGIL LASDLSITYG SMFRHNNVSH FVEVAPNIII GASGEFADFQ TLIEVIKSVI LQQQCKHNGE YLTASEVHN YIKRYMYQCR SNMKPLSCKV IVAGINPDGS KFLACTDPYG ASWESDHIGT GFGKYLQGLQ IADVVNGSFD D VKKGITEV ...文字列:
MQVITASGAI VAAKYDGGIL LASDLSITYG SMFRHNNVSH FVEVAPNIII GASGEFADFQ TLIEVIKSVI LQQQCKHNGE YLTASEVHN YIKRYMYQCR SNMKPLSCKV IVAGINPDGS KFLACTDPYG ASWESDHIGT GFGKYLQGLQ IADVVNGSFD D VKKGITEV FRAVNARNTT ANGKIEFITV TPQGINHLAP EQIDPNWEVV EGTWDQSAWS HPQFEKGGGS GGGSGGSAWS HP QFEK

UniProtKB: Family T1, proteasome beta subunit, threonine peptidase

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分子 #15: N-[(2S)-1-[[(2S)-1-[[(1S)-1-[(2S,3R,5S,6R)-3-(hydroxymethyl)-5-me...

分子名称: N-[(2S)-1-[[(2S)-1-[[(1S)-1-[(2S,3R,5S,6R)-3-(hydroxymethyl)-5-methanoyl-2,3,6-trimethyl-morpholin-2-yl]-2-phenyl-ethyl]amino]-3-(1H-indol-3-yl)-1-oxidanylidene-propan-2-yl]amino]-3-(1H-indol- ...名称: N-[(2S)-1-[[(2S)-1-[[(1S)-1-[(2S,3R,5S,6R)-3-(hydroxymethyl)-5-methanoyl-2,3,6-trimethyl-morpholin-2-yl]-2-phenyl-ethyl]amino]-3-(1H-indol-3-yl)-1-oxidanylidene-propan-2-yl]amino]-3-(1H-indol-3-yl)-1-oxidanylidene-propan-2-yl]hexanamide
タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 4 / 式: X5C
分子量理論値: 776.963 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMHEPESHEPES
150.0 mMNaClsodium chloride
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7983 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1209490
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

8oix


詳細: 8OIX Trichomonas vaginalis 20S SUBUNIT
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.65 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 詳細: FSC Validation software within cryoSparc v4 / 使用した粒子像数: 197332
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: OTHER
最終 3次元分類クラス数: 6
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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