PDB-8oiw: Crystal structure of the cysteine-rich Gallus gallus urate oxidas...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8oiw

タイトル

Crystal structure of the cysteine-rich Gallus gallus urate oxidase in complex with the 8-azaxanthine inhibitor under oxidising conditions (space group P 21 21 21)

要素

(Uricase

尿酸オキシダーゼ) x 2

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / COFACTOR-FREE OXIDASE /

INHIBITOR (酵素阻害剤) /

DIOXYGEN BINDING /

CYSTEINE (システイン)

機能・相同性

factor-independent urate hydroxylase /

尿酸オキシダーゼ /

尿酸オキシダーゼ / purine nucleobase metabolic process /

ペルオキシソーム /

oxidoreductase activity / 8-AZAXANTHINE /

OXYGEN MOLECULE /

尿酸オキシダーゼ

機能・相同性情報

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.89 Å

データ登録者

Di Palma, M. / Chegkazi, M. / Bui, S. / Mori, G. / Percudani, R. / Steiner, R.A.

資金援助

英国,

イタリア, 2件

引用

ジャーナル: Mol.Biol.Evol. / 年: 2023
タイトル: Cysteine Enrichment Mediates Co-Option of Uricase in Reptilian Skin and Transition to Uricotelism.
著者: Mori, G. / Liuzzi, A. / Ronda, L. / Di Palma, M. / Chegkazi, M.S. / Bui, S. / Garcia-Maya, M. / Ragazzini, J. / Malatesta, M. / Della Monica, E. / Rivetti, C. / Antin, P.B. / Bettati, S. / ...

履歴

登録	2023年3月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年1月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8oiw.cif.gz	485.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8oiw.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8oiw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/8oiw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/8oiw	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8ofkC 8oh8C 8oihC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#117 - 2009年9月キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase) 類似性 (3) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1) #41 - 2003年5月ヘモグロビン (Hemoglobin) 類似性 (1) #159 - 2013年3月エリスロクルオリン (Erythrocruorin) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1) #206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (1) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#117 - 2009年9月
キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase)
類似性 (3)
#263 - 2021年11月
アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase)
類似性 (1)
#41 - 2003年5月
ヘモグロビン (Hemoglobin)
類似性 (1)
#159 - 2013年3月
エリスロクルオリン (Erythrocruorin)
類似性 (1)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (1)
#206 - 2017年2月
グロビンの進化 (Globin Evolution)
類似性 (1)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Uricase

BBB: Uricase

CCC: Uricase

DDD: Uricase

ヘテロ分子

159 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.775, 124.859, 128.265
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	BBB
3	2	AAA
4	2	CCC
5	3	AAA
6	3	DDD
7	4	BBB
8	4	CCC
9	5	BBB
10	5	DDD
11	6	CCC
12	6	DDD

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	VAL	VAL	ALA	ALA	AAA	A	4 - 299	27 - 322
2	1	1	VAL	VAL	ALA	ALA	BBB	B	4 - 299	27 - 322
3	2	2	VAL	VAL	ALA	ALA	AAA	A	4 - 299	27 - 322
4	2	2	VAL	VAL	ALA	ALA	CCC	C	4 - 299	27 - 322
5	3	3	VAL	VAL	GLN	GLN	AAA	A	4 - 300	27 - 323
6	3	3	VAL	VAL	GLN	GLN	DDD	D	4 - 300	27 - 323
7	4	4	GLN	GLN	ALA	ALA	BBB	B	3 - 299	26 - 322
8	4	4	GLN	GLN	ALA	ALA	CCC	C	3 - 299	26 - 322
9	5	5	VAL	VAL	ALA	ALA	BBB	B	4 - 299	27 - 322
10	5	5	VAL	VAL	ALA	ALA	DDD	D	4 - 299	27 - 322
11	6	6	VAL	VAL	ALA	ALA	CCC	C	4 - 299	27 - 322
12	6	6	VAL	VAL	ALA	ALA	DDD	D	4 - 299	27 - 322

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

-
タンパク質 , 2種, 4分子 AAABBBCCCDDD

#1: タンパク質	Uricase / 尿酸オキシダーゼ / Urate oxidase 分子量: 39189.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: LOC101747367 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A8V0ZED1, factor-independent urate hydroxylase
#2: タンパク質	Uricase / 尿酸オキシダーゼ / Urate oxidase 分子量: 39205.883 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: LOC101747367 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A8V0ZED1, factor-independent urate hydroxylase

-
非ポリマー , 5種, 629分子

#3: 化合物	ChemComp-AZA / 8-AZAXANTHINE / 8-アザキサンチン分子量: 153.099 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₃N₅O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシド / 酸素分子量: 31.999 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 597 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.67 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: His6-tagged GgUOX at approx. 22 mg/ml in 50 mM Tris-HCl pH 8.0, 10 mM NaCl, 1 mM TCEP-HCl was incubated with a 20-fold molar excess of AZA. Crystals were obtained by mixing the protein with 0. ...詳細: His6-tagged GgUOX at approx. 22 mg/ml in 50 mM Tris-HCl pH 8.0, 10 mM NaCl, 1 mM TCEP-HCl was incubated with a 20-fold molar excess of AZA. Crystals were obtained by mixing the protein with 0.8M K/Na tartrate tetrahydrate, 0.1 M HEPES pH 7.5 using a 1:1 ratio. Crystals were transferred into cryoprotective solutions supplemented with 100 mM H2O2 and devoid of the TCEP-HCl reducing agent for approximately 15 minutes prior to cryocooling in liquid nitrogen.

結晶

マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.67 %

結晶化

温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: His6-tagged GgUOX at approx. 22 mg/ml in 50 mM Tris-HCl pH 8.0, 10 mM NaCl, 1 mM TCEP-HCl was incubated with a 20-fold molar excess of AZA. Crystals were obtained by mixing the protein with 0. ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97948 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97948 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.89→78.89 Å / Num. obs: 131041 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.5 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.17 / R_pim(I) all: 0.048 / Net I/σ(I): 7.6
反射シェル	解像度: 1.89→1.92 Å / 冗長度: 11.4 % / R_merge(I) obs: 0.405 / Mean I/σ(I) obs: 0.3 / Num. unique obs: 6365 / CC_1/2: 0.253 / R_pim(I) all: 0.123 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
DIALS		データ削減
DIALS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.89→78.888 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.96 / SU B: 10.963 / SU ML: 0.141 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.122 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2145	6233	4.868 %
R_work	0.1881	121801	-
all	0.189	-	-
obs	-	128034	97.677 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.869 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.517 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.129 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.646 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.89→78.888 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9620	0	118	597	10335

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	10111
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	9467
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.414	1.653	13678
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.25	1.579	21840
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.238	5	1232
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.123	22.593	540
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.352	15	1762
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.366	15	61
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	1312
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	11595
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2383
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.194	0.2	1554
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.176	0.2	8491
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.163	0.2	4717
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	5148
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.174	0.2	542
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.1	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.142	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.219	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.299	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.259	2.934	4874
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.259	2.934	4873
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2	4.395	6118
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2	4.395	6119
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.718	3.152	5237
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.718	3.153	5238
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.722	4.623	7558
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.722	4.624	7559
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.774	33.877	10667
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.773	33.882	10668
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.055	0.05	9414
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.051	0.05	9454
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.052	0.05	9451
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.059	0.05	9393
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.055	0.05	9386
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.047	0.05	9410

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05543	0.05009
1	2	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05543	0.05009
2	3	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.051	0.05009
2	4	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.051	0.05009
3	5	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0519	0.05009
3	6	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0519	0.05009
4	7	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05914	0.05009
4	8	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05914	0.05009
5	9	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0545	0.05009
5	10	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0545	0.05009
6	11	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04696	0.05009
6	12	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04696	0.05009

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.89-1.938	0.368	345	0.388	6400	X-RAY DIFFRACTION	70.3263
1.938-1.991	0.372	428	0.356	8748	X-RAY DIFFRACTION	97.8982
1.991-2.049	0.314	418	0.321	8643	X-RAY DIFFRACTION	100
2.049-2.112	0.298	424	0.298	8404	X-RAY DIFFRACTION	100
2.112-2.181	0.281	444	0.276	8160	X-RAY DIFFRACTION	100
2.181-2.258	0.264	431	0.252	7882	X-RAY DIFFRACTION	100
2.258-2.343	0.253	383	0.239	7628	X-RAY DIFFRACTION	100
2.343-2.439	0.265	375	0.227	7358	X-RAY DIFFRACTION	100
2.439-2.547	0.237	357	0.21	7074	X-RAY DIFFRACTION	100
2.547-2.671	0.234	346	0.197	6751	X-RAY DIFFRACTION	100
2.671-2.815	0.228	368	0.189	6395	X-RAY DIFFRACTION	100
2.815-2.986	0.198	300	0.184	6139	X-RAY DIFFRACTION	100
2.986-3.192	0.217	285	0.166	5723	X-RAY DIFFRACTION	100
3.192-3.447	0.208	267	0.173	5363	X-RAY DIFFRACTION	100
3.447-3.775	0.198	254	0.166	4958	X-RAY DIFFRACTION	100
3.775-4.22	0.184	223	0.148	4502	X-RAY DIFFRACTION	100
4.22-4.87	0.144	220	0.118	3982	X-RAY DIFFRACTION	100
4.87-5.959	0.192	174	0.16	3412	X-RAY DIFFRACTION	100
5.959-8.404	0.227	103	0.176	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
8.404-78.888	0.172	88	0.174	1571	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8028	-0.0741	-4.5924	0.9372	2.0816	11.8102	0.3179	-0.0819	0.2495	0.1462	-0.0553	0.128	-0.1923	-0.1498	-0.2626	0.2202	0.0194	0.0002	0.2186	0.0369	0.2324	6.2648	42.6895	54.0953
2	1.9858	-0.1473	0.4011	3.4167	5.2094	10.6161	0.0707	0.0555	-0.0104	-0.0523	0.1864	-0.1483	-0.1836	0.1954	-0.257	0.0682	0.0089	0.0216	0.0262	0.0189	0.0817	6.4301	24.8299	25.7234
3	3.1297	1.0286	2.6371	4.0999	3.6939	9.9248	-0.006	0.2575	-0.0398	-0.1433	0.0901	0.0345	-0.1641	-0.2194	-0.0841	0.1231	0.0302	0.0166	0.1217	0.0076	0.1303	6.1801	17.7717	4.989
4	0.3057	-0.7197	-1.6431	1.7023	3.8939	9.0581	-0.0163	-0.0512	0.0457	0.0457	0.1226	-0.0755	-0.0119	0.2021	-0.1063	0.1037	0.0662	-0.0146	0.048	-0.0233	0.1447	4.4139	33.1848	35.1331
5	1.4833	-0.3761	-1.8019	1.0076	1.3633	9.8888	-0.0119	0.0904	-0.0198	-0.0643	-0.0046	0.0724	0.0431	-0.2621	0.0165	0.057	0.0316	-0.0067	0.0368	-0.0092	0.1198	-2.1196	27.9396	29.0674
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80	15.5286	-7.1567	4.9768	14.0112	1.8734	3.2258	0.0294	-0.1394	0.3785	-0.1293	-0.2431	-0.0533	-0.042	-0.2101	0.2137	0.3687	-0.0041	0.0222	0.4193	-0.0286	0.4061	15.2491	49.9079	53.3461

精密化 TLSグループ

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2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	{ AAA\|13-27 }
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4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	{ AAA\|37-53 }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	{ AAA\|54-79 }
6	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	{ AAA\|80-98 }
7	X-RAY DIFFRACTION	7	ALL	{ AAA\|99-111 }
8	X-RAY DIFFRACTION	8	ALL	{ AAA\|112-118 }
9	X-RAY DIFFRACTION	9	ALL	{ AAA\|119-136 }
10	X-RAY DIFFRACTION	10	ALL	{ AAA\|137-147 }
11	X-RAY DIFFRACTION	11	ALL	{ AAA\|148-164 }
12	X-RAY DIFFRACTION	12	ALL	{ AAA\|165-181 }
13	X-RAY DIFFRACTION	13	ALL	{ AAA\|182-195 }
14	X-RAY DIFFRACTION	14	ALL	{ AAA\|196-199 }
15	X-RAY DIFFRACTION	15	ALL	{ AAA\|200-210 }
16	X-RAY DIFFRACTION	16	ALL	{ AAA\|211-225 }
17	X-RAY DIFFRACTION	17	ALL	{ AAA\|226-258 }
18	X-RAY DIFFRACTION	18	ALL	{ AAA\|259-280 }
19	X-RAY DIFFRACTION	19	ALL	{ AAA\|281-294 }
20	X-RAY DIFFRACTION	20	ALL	{ AAA\|295-300 }
21	X-RAY DIFFRACTION	21	ALL	{ BBB\|-1-6 }
22	X-RAY DIFFRACTION	22	ALL	{ BBB\|7-14 }
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24	X-RAY DIFFRACTION	24	ALL	{ BBB\|27-36 }
25	X-RAY DIFFRACTION	25	ALL	{ BBB\|37-48 }
26	X-RAY DIFFRACTION	26	ALL	{ BBB\|49-89 }
27	X-RAY DIFFRACTION	27	ALL	{ BBB\|90-126 }
28	X-RAY DIFFRACTION	28	ALL	{ BBB\|127-136 }
29	X-RAY DIFFRACTION	29	ALL	{ BBB\|137-147 }
30	X-RAY DIFFRACTION	30	ALL	{ BBB\|148-165 }
31	X-RAY DIFFRACTION	31	ALL	{ BBB\|166-181 }
32	X-RAY DIFFRACTION	32	ALL	{ BBB\|182-193 }
33	X-RAY DIFFRACTION	33	ALL	{ BBB\|194-199 }
34	X-RAY DIFFRACTION	34	ALL	{ BBB\|200-217 }
35	X-RAY DIFFRACTION	35	ALL	{ BBB\|218-225 }
36	X-RAY DIFFRACTION	36	ALL	{ BBB\|226-253 }
37	X-RAY DIFFRACTION	37	ALL	{ BBB\|254-266 }
38	X-RAY DIFFRACTION	38	ALL	{ BBB\|267-280 }
39	X-RAY DIFFRACTION	39	ALL	{ BBB\|281-294 }
40	X-RAY DIFFRACTION	40	ALL	{ BBB\|295-301 }
41	X-RAY DIFFRACTION	41	ALL	{ CCC\|3-12 }
42	X-RAY DIFFRACTION	42	ALL	{ CCC\|13-27 }
43	X-RAY DIFFRACTION	43	ALL	{ CCC\|28-37 }
44	X-RAY DIFFRACTION	44	ALL	{ CCC\|38-54 }
45	X-RAY DIFFRACTION	45	ALL	{ CCC\|55-79 }
46	X-RAY DIFFRACTION	46	ALL	{ CCC\|80-96 }
47	X-RAY DIFFRACTION	47	ALL	{ CCC\|97-111 }
48	X-RAY DIFFRACTION	48	ALL	{ CCC\|112-118 }
49	X-RAY DIFFRACTION	49	ALL	{ CCC\|119-136 }
50	X-RAY DIFFRACTION	50	ALL	{ CCC\|137-147 }
51	X-RAY DIFFRACTION	51	ALL	{ CCC\|148-168 }
52	X-RAY DIFFRACTION	52	ALL	{ CCC\|169-181 }
53	X-RAY DIFFRACTION	53	ALL	{ CCC\|182-195 }
54	X-RAY DIFFRACTION	54	ALL	{ CCC\|196-200 }
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59	X-RAY DIFFRACTION	59	ALL	{ CCC\|281-294 }
60	X-RAY DIFFRACTION	60	ALL	{ CCC\|295-300 }
61	X-RAY DIFFRACTION	61	ALL	{ DDD\|4-14 }
62	X-RAY DIFFRACTION	62	ALL	{ DDD\|15-27 }
63	X-RAY DIFFRACTION	63	ALL	{ DDD\|28-34 }
64	X-RAY DIFFRACTION	64	ALL	{ DDD\|35-45 }
65	X-RAY DIFFRACTION	65	ALL	{ DDD\|4-14 }
66	X-RAY DIFFRACTION	66	ALL	{ DDD\|88-97 }
67	X-RAY DIFFRACTION	67	ALL	{ DDD\|98-111 }
68	X-RAY DIFFRACTION	68	ALL	{ DDD\|112-126 }
69	X-RAY DIFFRACTION	69	ALL	{ DDD\|127-136 }
70	X-RAY DIFFRACTION	70	ALL	{ DDD\|137-147 }
71	X-RAY DIFFRACTION	71	ALL	{ DDD\|148-160 }
72	X-RAY DIFFRACTION	72	ALL	{ DDD\|161-170 }
73	X-RAY DIFFRACTION	73	ALL	{ DDD\|171-194 }
74	X-RAY DIFFRACTION	74	ALL	{ DDD\|195-200 }
75	X-RAY DIFFRACTION	75	ALL	{ DDD\|201-217 }
76	X-RAY DIFFRACTION	76	ALL	{ DDD\|218-229 }
77	X-RAY DIFFRACTION	77	ALL	{ DDD\|230-258 }
78	X-RAY DIFFRACTION	78	ALL	{ DDD\|259-280 }
79	X-RAY DIFFRACTION	79	ALL	{ DDD\|281-294 }
80	X-RAY DIFFRACTION	80	ALL	{ DDD\|295-300 }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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