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Yorodumi- PDB-8oih: Crystal structure of the cysteine-rich Gallus gallus urate oxidas... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 8oih | |||||||||
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| Title | Crystal structure of the cysteine-rich Gallus gallus urate oxidase in complex with the 8-azaxanthine inhibitor under oxidising conditions (space group C 2 2 21) | |||||||||
Components | (Uricase) x 2 | |||||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / COFACTOR-FREE OXIDASE / INHIBITOR / DIOXYGEN BINDING / CYSTEINE | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationfactor-independent urate hydroxylase / purine nucleobase metabolic process / peroxisome / oxidoreductase activity Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | ![]() | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.86 Å | |||||||||
Authors | Di Palma, M. / Chegkazi, M. / Bui, S. / Mori, G. / Percudani, R. / Steiner, R.A. | |||||||||
| Funding support | United Kingdom, Italy, 2items
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Citation | Journal: Mol.Biol.Evol. / Year: 2023Title: Cysteine Enrichment Mediates Co-Option of Uricase in Reptilian Skin and Transition to Uricotelism. Authors: Mori, G. / Liuzzi, A. / Ronda, L. / Di Palma, M. / Chegkazi, M.S. / Bui, S. / Garcia-Maya, M. / Ragazzini, J. / Malatesta, M. / Della Monica, E. / Rivetti, C. / Antin, P.B. / Bettati, S. / ...Authors: Mori, G. / Liuzzi, A. / Ronda, L. / Di Palma, M. / Chegkazi, M.S. / Bui, S. / Garcia-Maya, M. / Ragazzini, J. / Malatesta, M. / Della Monica, E. / Rivetti, C. / Antin, P.B. / Bettati, S. / Steiner, R.A. / Percudani, R. #1: Journal: tobedecided / Year: 2023 Title: Crystal structure of the cysteine-rich Gallus gallus urate oxidase in complex with the 8-azaxanthine inhibitor under reducing conditions (space group C 2 2 21) Authors: Di Palma, M. / Chegkazi, M. / Mori, G. / Percudani, R. / Steiner, R.A. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 8oih.cif.gz | 503.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb8oih.ent.gz | Display | PDB format | |
| PDBx/mmJSON format | 8oih.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/8oih ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/8oih | HTTPS FTP |
|---|
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 8ofkC ![]() 8oh8C ![]() 8oiwC C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 2 types, 4 molecules AAABBBCCCDDD
| #1: Protein | Mass: 39237.879 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() References: UniProt: A0A8V0ZED1, factor-independent urate hydroxylase #2: Protein | | Mass: 39269.879 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() References: UniProt: A0A8V0ZED1, factor-independent urate hydroxylase |
|---|
-Non-polymers , 6 types, 803 molecules 










| #3: Chemical | ChemComp-AZA / #4: Chemical | ChemComp-OXY / #5: Chemical | ChemComp-EDO / #6: Chemical | ChemComp-CL / #7: Chemical | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | Y |
|---|---|
| Has protein modification | Y |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.57 Å3/Da / Density % sol: 52.17 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.8 Details: His6-tagged GgUOX at approx. 22 mg/ml in 50 mM Tris-HCl pH 8.0, 10 mM NaCl, 1 mM TCEP-HCl was incubated with a 20-fold molar excess of AZA. Crystals were obtained by mixing the protein with ...Details: His6-tagged GgUOX at approx. 22 mg/ml in 50 mM Tris-HCl pH 8.0, 10 mM NaCl, 1 mM TCEP-HCl was incubated with a 20-fold molar excess of AZA. Crystals were obtained by mixing the protein with 8% PGA-LM, 0.3M KBr, 0.1M Tris-HCl pH 7.8 using a 1:1 ratio. Crystals were then transferred into cryoprotective solutions supplemented with 100 mM H2O2 and devoid of the TCEP-HCl reducing agent for approximately 15 minutes prior to cryocooling in liquid nitrogen. |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04 / Wavelength: 0.97948 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Sep 18, 2021 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97948 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.86→77.06 Å / Num. obs: 135367 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 13.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Rpim(I) all: 0.033 / Net I/σ(I): 12.1 |
| Reflection shell | Resolution: 1.86→1.89 Å / Redundancy: 14.2 % / Rmerge(I) obs: 0.403 / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 6674 / CC1/2: 0.3 / Rpim(I) all: 0.11 / % possible all: 100 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.86→77.058 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 7.747 / SU ML: 0.108 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.116 / ESU R Free: 0.114 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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| Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 45.567 Å2
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| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.86→77.058 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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X-RAY DIFFRACTION
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