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Yorodumi- PDB-8oh8: Crystal structure of the cysteine-rich Gallus gallus urate oxidas... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8oh8 | |||||||||
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Title | Crystal structure of the cysteine-rich Gallus gallus urate oxidase in complex with the 8-azaxanthine inhibitor under reducing conditions (space group P 21 21 21) | |||||||||
Components | UricaseUrate oxidase | |||||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / COFACTOR-FREE OXIDASE / INHIBITOR / DIOXYGEN BINDING / CYSTEINE | |||||||||
Function / homology | Function and homology information factor-independent urate hydroxylase / purine nucleobase metabolic process / peroxisome / oxidoreductase activity Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Gallus gallus (chicken) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.12 Å | |||||||||
Authors | Di Palma, M. / Chegkazi, M. / Bui, S. / Mori, G. / Percudani, R. / Steiner, R.A. | |||||||||
Funding support | United Kingdom, Italy, 2items
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Citation | Journal: Mol.Biol.Evol. / Year: 2023 Title: Cysteine Enrichment Mediates Co-Option of Uricase in Reptilian Skin and Transition to Uricotelism. Authors: Mori, G. / Liuzzi, A. / Ronda, L. / Di Palma, M. / Chegkazi, M.S. / Bui, S. / Garcia-Maya, M. / Ragazzini, J. / Malatesta, M. / Della Monica, E. / Rivetti, C. / Antin, P.B. / Bettati, S. / ...Authors: Mori, G. / Liuzzi, A. / Ronda, L. / Di Palma, M. / Chegkazi, M.S. / Bui, S. / Garcia-Maya, M. / Ragazzini, J. / Malatesta, M. / Della Monica, E. / Rivetti, C. / Antin, P.B. / Bettati, S. / Steiner, R.A. / Percudani, R. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8oh8.cif.gz | 483.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8oh8.ent.gz | Display | PDB format | |
PDBx/mmJSON format | 8oh8.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/8oh8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/8oh8 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 8ofkC 8oihC 8oiwC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL
NCS ensembles :
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules AAABBBCCCDDD
#1: Protein | Mass: 39109.887 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Gallus gallus (chicken) / Gene: LOC101747367 / Production host: Escherichia coli BL21 (bacteria) References: UniProt: A0A8V0ZED1, factor-independent urate hydroxylase |
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-Non-polymers , 6 types, 467 molecules
#2: Chemical | ChemComp-AZA / #3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.56 Å3/Da / Density % sol: 51.87 % |
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Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: His6-tagged GgUOX at approx. 22 mg/ml in 50 mM Tris-HCl pH 8.0, 10 mM NaCl, 1 mM TCEP-HCl was incubated with a 20-fold molar excess of AZA. Crystals were obtained by mixing the protein with ...Details: His6-tagged GgUOX at approx. 22 mg/ml in 50 mM Tris-HCl pH 8.0, 10 mM NaCl, 1 mM TCEP-HCl was incubated with a 20-fold molar excess of AZA. Crystals were obtained by mixing the protein with 0.8M K/Na tartrate tetrahydrate, 0.1 M HEPES pH 7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I24 / Wavelength: 0.9795 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 20, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.12→66.88 Å / Num. obs: 91505 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 8 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.186 / Rpim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 8.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.12→2.16 Å / Redundancy: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 2.54 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 4515 / CC1/2: 0.363 / Rpim(I) all: 0.934 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.12→66.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 14.269 / SU ML: 0.168 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.192 / ESU R Free: 0.16 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 46.99 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.12→66.88 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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