PDB-8oic: Trichomonas vaginalis riboside hydrolase (His-tagged)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8oic

タイトル

Trichomonas vaginalis riboside hydrolase (His-tagged)

要素

Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase family protein

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) / NH-fold / nucleoside hydrolase / riboside hydrolase /

nicotinamide riboside

機能・相同性

purine nucleosidase activity / Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase / Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase domain / Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase / Ribonucleoside hydrolase-like / purine nucleoside catabolic process /

metal ion binding /

細胞質基質 / Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase family protein

機能・相同性情報

生物種

Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Patrone, M. / Stockman, B.J. / Degano, M.

資金援助

イタリア,

米国, 2件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: A riboside hydrolase that salvages both nucleobases and nicotinamide in the auxotrophic parasite Trichomonas vaginalis.
著者: Patrone, M. / Galasyn, G.S. / Kerin, F. / Nyitray, M.M. / Parkin, D.W. / Stockman, B.J. / Degano, M.

履歴

登録	2023年3月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年8月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8oic.cif.gz	1.4 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8oic.ent.gz	889.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8oic.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/8oic ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/8oic	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8oi7C 8oi9C 8oiaC 8oibC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase family protein

B: Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase family protein

C: Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase family protein

D: Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase family protein

E: Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase family protein

F: Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase family protein

G: Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase family protein

H: Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase family protein

ヘテロ分子

333 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase family protein

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ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
166 kDa, 4 ポリマー
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2

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ヘテロ分子

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根拠: gel filtration
166 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	73.055, 94.665, 120.589
Angle α, β, γ (deg.)	105.081, 89.959, 93.826
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 1 - 346 / Label seq-ID: 21 - 366

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12
7	Local NCS retraints between domains: 13 14
8	Local NCS retraints between domains: 15 16
9	Local NCS retraints between domains: 17 18
10	Local NCS retraints between domains: 19 20
11	Local NCS retraints between domains: 21 22
12	Local NCS retraints between domains: 23 24
13	Local NCS retraints between domains: 25 26
14	Local NCS retraints between domains: 27 28
15	Local NCS retraints between domains: 29 30
16	Local NCS retraints between domains: 31 32
17	Local NCS retraints between domains: 33 34
18	Local NCS retraints between domains: 35 36
19	Local NCS retraints between domains: 37 38
20	Local NCS retraints between domains: 39 40
21	Local NCS retraints between domains: 41 42
22	Local NCS retraints between domains: 43 44
23	Local NCS retraints between domains: 45 46
24	Local NCS retraints between domains: 47 48
25	Local NCS retraints between domains: 49 50
26	Local NCS retraints between domains: 51 52
27	Local NCS retraints between domains: 53 54
28	Local NCS retraints between domains: 55 56

#1: タンパク質	Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase family protein 分子量: 41378.324 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし) 遺伝子: TVAG_092730 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A2FTT0
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-BCN / BICINE / N,N-ビス(2-ヒドロキシエチル)グリシン / ビシン分子量: 163.172 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄ / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.32 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M bicine pH 8.5, 20% (w/v) PEG 5000 monomethyl ether, 3% sucrose

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.578→116.42 Å / Num. obs: 96699 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.7 % / CC_1/2: 0.993 / R_pim(I) all: 0.089 / R_sym value: 0.147 / Net I/σ(I): 6.3
反射シェル	解像度: 2.578→2.623 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 4868 / CC_1/2: 0.361 / R_pim(I) all: 0.855 / R_sym value: 1.432 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0405	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.8→116.418 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.933 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9 / WR_factor R_free: 0.241 / WR_factor R_work: 0.201 / SU B: 38.785 / SU ML: 0.339 / Average fsc free: 0.9507 / Average fsc work: 0.9667 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.395 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2508	3857	5.107 %	Random
R_work	0.2093	71660	-	-
all	0.211	-	-	-
obs	-	75517	98.572 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 64.186 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.629 Å²	0.695 Å²	-0.286 Å²
2-	-	4.401 Å²	1.406 Å²
3-	-	-	-3.193 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→116.418 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	21277	0	96	238	21611

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.012	21966
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	20768
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.205	1.654	29722
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.4	1.576	48047
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.451	5	2674
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.625	5	96
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.533	10	3781
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.982	10	976
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.057	0.2	3336
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.004	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	24905
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	4743
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	5002
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.187	0.2	20847
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	10960
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	12102
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.201	0.2	645
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.156	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.007	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.296	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.259	0.2	55
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.331	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.926	4.516	10731
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.926	4.516	10728
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.08	8.102	13354
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.08	8.102	13355
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.173	4.793	11235
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.173	4.794	11236
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.582	8.672	16360
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.581	8.672	16361
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.394	54.43	96552
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.395	54.432	96544
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.04	0.05	11777
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.033	0.05	12044
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.039	0.05	11590
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.038	0.05	12079
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.041	0.05	11682
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.032	0.05	12064
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_7	0.034	0.05	11747
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_8	0.038	0.05	11707
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_9	0.04	0.05	11596
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_10	0.044	0.05	11749
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_11	0.04	0.05	11660
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_12	0.034	0.05	11739
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_13	0.037	0.05	11717
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_14	0.041	0.05	11562
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_15	0.04	0.05	12028
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_16	0.037	0.05	11692
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_17	0.026	0.05	12038
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_18	0.032	0.05	11710
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_19	0.043	0.05	11572
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_20	0.039	0.05	11631
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_21	0.037	0.05	11606
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_22	0.037	0.05	11631
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_23	0.037	0.05	11706
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_24	0.036	0.05	12032
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_25	0.035	0.05	11734
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_26	0.033	0.05	11732
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_27	0.034	0.05	11793
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_28	0.03	0.05	11782

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04031	0.0501
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04031	0.0501
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03314	0.0501
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03314	0.0501
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03938	0.0501
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03938	0.0501
4	7	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03771	0.0501
4	8	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03771	0.0501
5	9	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04098	0.0501
5	10	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04098	0.0501
6	11	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03176	0.0501
6	12	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03176	0.0501
7	13	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03362	0.0501
7	14	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03362	0.0501
8	15	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0381	0.0501
8	16	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0381	0.0501
9	17	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04018	0.0501
9	18	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04018	0.0501
10	19	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04424	0.0501
10	20	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04424	0.0501
11	21	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04034	0.0501
11	22	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04034	0.0501
12	23	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03382	0.0501
12	24	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03382	0.0501
13	25	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03674	0.0501
13	26	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03674	0.0501
14	27	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04053	0.0501
14	28	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04053	0.0501
15	29	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04041	0.0501
15	30	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04041	0.0501
16	31	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0372	0.0501
16	32	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0372	0.0501
17	33	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02633	0.05011
17	34	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02633	0.05011
18	35	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03169	0.0501
18	36	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03169	0.0501
19	37	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04266	0.0501
19	38	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04266	0.0501
20	39	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03864	0.05011
20	40	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03864	0.05011
21	41	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03735	0.0501
21	42	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03735	0.0501
22	43	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03674	0.0501
22	44	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03674	0.0501
23	45	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03664	0.0501
23	46	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03664	0.0501
24	47	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03628	0.0501
24	48	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03628	0.0501
25	49	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03458	0.0501
25	50	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03458	0.0501
26	51	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03312	0.0501
26	52	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03312	0.0501
27	53	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03372	0.0501
27	54	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03372	0.0501
28	55	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02996	0.0501
28	56	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02996	0.0501

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.8-2.873	0.361	268	0.328	5291	0.33	5656	0.913	0.934	98.285	0.32
2.873-2.951	0.329	290	0.295	5105	0.297	5481	0.928	0.947	98.4309	0.283
2.951-3.037	0.329	271	0.267	5016	0.27	5373	0.936	0.955	98.3994	0.254
3.037-3.13	0.331	256	0.269	4857	0.272	5190	0.93	0.953	98.5164	0.254
3.13-3.233	0.307	257	0.256	4749	0.259	5086	0.934	0.959	98.4271	0.239
3.233-3.346	0.269	240	0.228	4586	0.23	4895	0.954	0.968	98.5904	0.212
3.346-3.472	0.245	259	0.219	4374	0.221	4716	0.96	0.97	98.24	0.206
3.472-3.614	0.287	246	0.225	4237	0.229	4552	0.942	0.969	98.4842	0.211
3.614-3.775	0.222	182	0.203	4091	0.204	4340	0.968	0.975	98.4562	0.19
3.775-3.959	0.234	231	0.189	3884	0.191	4159	0.965	0.978	98.9421	0.179
3.959-4.172	0.221	192	0.181	3740	0.182	3967	0.965	0.98	99.1177	0.175
4.172-4.425	0.207	196	0.169	3536	0.171	3762	0.971	0.982	99.2026	0.168
4.425-4.73	0.201	175	0.16	3311	0.162	3516	0.974	0.984	99.1468	0.16
4.73-5.109	0.213	161	0.167	3071	0.169	3263	0.968	0.983	99.05	0.168
5.109-5.595	0.218	168	0.177	2836	0.179	3037	0.972	0.982	98.9134	0.176
5.595-6.254	0.257	131	0.179	2524	0.183	2694	0.96	0.981	98.5523	0.179
6.254-7.218	0.233	111	0.192	2273	0.194	2425	0.971	0.978	98.3093	0.195
7.218-8.831	0.264	93	0.206	1909	0.209	2031	0.958	0.974	98.5721	0.215
8.831-12.454	0.208	82	0.213	1459	0.213	1569	0.975	0.975	98.2154	0.231
12.454-116.418	0.294	44	0.292	790	0.292	873	0.947	0.947	95.5326	0.349

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4755	0.0678	-0.1269	0.691	-0.031	0.2782	-0.0108	-0.0504	0.0112	-0.1333	-0.0057	-0.0871	0.0698	-0.0262	0.0165	0.2674	0.0197	0.036	0.039	-0.0195	0.2345	54.4081	-58.0805	13.9088
2	0.2406	0.4039	-0.2378	0.9294	-0.2638	0.5477	0.1082	0.0079	0.095	0.1231	-0.043	0.0634	-0.0199	-0.0166	-0.0653	0.2473	-0.0217	0.0702	0.0546	-0.0105	0.2584	51.5088	-17.2781	20.9812
3	0.848	-0.2566	-0.5355	0.4058	0.5466	1.0268	-0.1117	0.179	-0.089	0.2353	-0.1783	0.0746	0.2449	-0.2299	0.29	0.238	-0.1765	0.0818	0.1482	-0.0909	0.2429	19.5839	-65.5332	40.428
4	0.7541	0.3947	-0.6571	0.4927	-0.2918	0.9771	0.3886	-0.0471	0.2567	0.1282	-0.1114	0.1238	-0.1662	-0.0085	-0.2772	0.3811	-0.1011	0.2141	0.1241	-0.1205	0.2349	20.9497	-26.0056	53.9635
5	0.855	-0.2601	0.3537	0.7427	-0.1407	0.283	-0.0801	0.0555	0.0842	0.1672	0.0115	-0.1743	-0.0192	-0.0616	0.0687	0.2352	-0.0169	-0.0744	0.0562	-0.0183	0.2653	17.6014	-10.2719	-7.4551
6	0.5817	-0.0831	0.2278	0.566	-0.1311	0.5913	0.1499	0.0219	-0.1239	-0.0769	-0.0001	-0.0471	0.0677	0.0096	-0.1498	0.2733	0.0154	-0.1283	0.0016	-0.0176	0.2789	15.7624	-51.0972	-15.6146
7	0.6626	0.1179	0.2662	0.5099	0.0739	0.4954	-0.0734	-0.028	0.0423	-0.1121	0.0176	0.0913	-0.139	-0.0194	0.0558	0.2169	0.0496	-0.0471	0.1088	0.0002	0.2244	-17.1958	-3.0751	-33.83
8	0.373	0.0357	0.2961	0.6013	0.0938	0.7749	0.1213	0.0369	-0.1075	0.031	0.0275	0.0343	0.1117	-0.0158	-0.1488	0.2393	-0.0299	-0.121	0.0928	-0.049	0.2096	-14.8804	-42.2554	-47.6948

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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