PDB-8oi9: Trichomonas vaginalis riboside hydrolase in complex with 5-methyl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8oi9

タイトル

Trichomonas vaginalis riboside hydrolase in complex with 5-methyluridine

要素

Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase family protein

キーワード

HYDROLASE / NH-fold / nucleoside hydrolase / riboside hydrolase / nicotinamide riboside

機能・相同性

機能・相同性情報

purine nucleosidase activity / purine nucleoside catabolic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Patrone, M. / Stockman, B.J. / Degano, M.

資金援助

イタリア,

米国, 2件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: A riboside hydrolase that salvages both nucleobases and nicotinamide in the auxotrophic parasite Trichomonas vaginalis.
著者: Patrone, M. / Galasyn, G.S. / Kerin, F. / Nyitray, M.M. / Parkin, D.W. / Stockman, B.J. / Degano, M.

履歴

登録	2023年3月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年8月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8oi9.cif.gz	381.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8oi9.ent.gz	238 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8oi9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8oi9_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8oi9_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	8oi9_validation.xml.gz	28.6 KB	表示
CIF形式データ	8oi9_validation.cif.gz	41.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/8oi9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/8oi9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8oi7C 8oiaC 8oibC 8oicC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase family protein

B: Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase family protein

ヘテロ分子

79.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase family protein

B: Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase family protein

ヘテロ分子

A: Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase family protein

B: Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase family protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
159 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.490, 92.490, 186.884
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	95
Space group name H-M	P4₃22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-540- HOH
2	1	A-544- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 1 - 346 / Label seq-ID: 1 - 346

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase family protein 分子量: 39206.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし) 遺伝子: TVAG_092730 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A2FTT0

-
非ポリマー , 7種, 309分子

#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-38T / 5-methyluridine / 5-メチルウリジン分子量: 258.228 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-PIN / PIPERAZINE-N,N'-BIS(2-ETHANESULFONIC ACID) / PIPES / 1,4-PIPERAZINEDIETHANESULFONIC ACID / PIPES 分子量: 302.368 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₆S₂ / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#7: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 300 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.74 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 90 mM PIPES pH 7.0, 90 mM MgCl2, 45 mM KCl, 1 mM NiSO4, 14% (w/v) PEG 5000 monomethyl ether

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9724 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月25日 / 詳細: Toroidal mirror
放射	モノクロメーター: Silicon 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9724 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→46.288 Å / Num. obs: 59963 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.2 % / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.059 / R_sym value: 0.213 / Net I/σ(I): 11.5
反射シェル	解像度: 1.95→2 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 4118 / CC_1/2: 0.537 / R_pim(I) all: 1.112 / R_sym value: 3.966

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0405	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.95→46.288 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.96 / WR_factor R_free: 0.189 / WR_factor R_work: 0.159 / SU B: 8.249 / SU ML: 0.11 / Average fsc free: 0.963 / Average fsc work: 0.969 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.129 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2036	3026	5.052 %
R_work	0.1731	56868	-
all	0.175	-	-
obs	-	59894	99.985 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.226 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.743 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.743 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.487 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→46.288 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5425	0	64	300	5789

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.012	5688
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	5354
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.029	1.655	7709
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.359	1.576	12404
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.305	5	696
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	4.098	5	24
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.021	10	977
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	1.824	10	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.451	10	249
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.056	0.2	868
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	6426
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1215
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	1117
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.18	0.2	4995
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	2756
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	2922
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.13	0.2	297
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.107	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.162	0.2	91
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.94	3.707	2755
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.937	3.706	2753
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.955	8.313	3437
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.955	8.313	3438
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.009	4.188	2933
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.008	4.182	2929
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.832	9.36	4265
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.833	9.349	4260
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.671	31.109	6376
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.634	30.994	6328
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.08	0.05	11495

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07962	0.0501
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07962	0.0501

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.95-2.001	0.335	194	0.305	4118	0.306	4312	0.901	0.918	100	0.291
2.001-2.055	0.274	224	0.279	4046	0.279	4270	0.944	0.937	100	0.259
2.055-2.115	0.248	216	0.249	3901	0.249	4117	0.954	0.951	100	0.223
2.115-2.18	0.264	206	0.226	3814	0.228	4020	0.948	0.961	100	0.197
2.18-2.251	0.243	197	0.214	3692	0.215	3890	0.953	0.965	99.9743	0.181
2.251-2.33	0.215	179	0.195	3599	0.196	3778	0.97	0.973	100	0.164
2.33-2.418	0.247	182	0.193	3462	0.195	3644	0.96	0.974	100	0.164
2.418-2.516	0.207	179	0.183	3337	0.184	3516	0.972	0.977	100	0.154
2.516-2.627	0.208	184	0.171	3187	0.173	3371	0.972	0.981	100	0.149
2.627-2.755	0.198	156	0.164	3083	0.166	3239	0.978	0.983	100	0.145
2.755-2.904	0.194	178	0.169	2909	0.171	3087	0.975	0.983	100	0.152
2.904-3.079	0.2	143	0.168	2791	0.169	2934	0.976	0.982	100	0.152
3.079-3.291	0.205	152	0.156	2618	0.159	2770	0.973	0.984	100	0.146
3.291-3.553	0.175	123	0.156	2453	0.157	2576	0.981	0.985	100	0.148
3.553-3.89	0.176	126	0.151	2272	0.153	2398	0.983	0.985	100	0.147
3.89-4.345	0.176	105	0.142	2079	0.144	2184	0.983	0.988	100	0.143
4.345-5.01	0.201	93	0.135	1845	0.138	1938	0.978	0.989	100	0.14
5.01-6.118	0.218	70	0.159	1611	0.161	1681	0.977	0.986	100	0.162
6.118-8.577	0.163	78	0.163	1257	0.163	1335	0.982	0.984	100	0.167
8.577-46.288	0.197	41	0.2	794	0.2	835	0.981	0.976	100	0.208

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0741	0.0053	-0.19	0.8888	0.002	0.7009	-0.0078	0.0818	-0.0913	0.0318	-0.0013	0.1061	0.031	-0.1063	0.0091	0.003	-0.0029	0.0024	0.1093	0.0038	0.0297	24.4069	38.094	5.5687
2	1.1973	0.3908	-0.3151	1.8368	-0.2399	0.8922	0.177	-0.0242	0.4909	0.2111	0.0327	0.3037	-0.3259	-0.1046	-0.2097	0.2071	0.0808	0.1412	0.0539	0.0094	0.2814	25.9768	79.5125	8.9655

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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