PDB-8ohx: Crystal structure of Beta-glucuronidase from Escherichia coli in ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ohx

タイトル

Crystal structure of Beta-glucuronidase from Escherichia coli in complex with siastatin B derived inhibitor

要素

Beta-D-glucuronidase

キーワード

HYDROLASE / Inhibitor / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-glucuronidase / beta-glucuronidase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Armstrong, Z. / Yurong, C. / Wu, L. / Overkleeft, H.S. / Davies, G.J.

資金援助

オランダ, European Union,

英国, 6件

組織	認可番号	国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)	VI.Veni.212.173	オランダ
European Research Council (ERC)	ERC-2011-AdG-290836	European Union
European Research Council (ERC)	ERC-2012-AdG-32294	European Union
European Research Council (ERC)	ERC-2020-SyG-951231	European Union
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/R001162/1	英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/M011151/1	英国

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2024
タイトル: Molecular Basis for Inhibition of Heparanases and beta-Glucuronidases by Siastatin B.
著者: Chen, Y. / van den Nieuwendijk, A.M.C.H. / Wu, L. / Moran, E. / Skoulikopoulou, F. / van Riet, V. / Overkleeft, H.S. / Davies, G.J. / Armstrong, Z.

履歴

登録	2023年3月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年1月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ohx.cif.gz	261.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ohx.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ohx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ohx_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ohx_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8ohx_validation.xml.gz	46.1 KB	表示
CIF形式データ	8ohx_validation.cif.gz	64.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/8ohx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/8ohx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8cqiC 8ogxC 8ohqC 8ohrC 8ohtC 8ohuC 8ohvC 8ohwC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (12) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (12)

登録構造単位

AAA: Beta-D-glucuronidase

BBB: Beta-D-glucuronidase

ヘテロ分子

137 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	126.281, 76.711, 141.018
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 102.010, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121

#1: タンパク質	Beta-D-glucuronidase 分子量: 68375.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: uidA, BN877_II1269 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: U4Q148, beta-glucuronidase
#2: 化合物	ChemComp-VON / (3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-4,5,6-tris(oxidanyl)piperidine-3-carboxylic acid 分子量: 177.155 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₁NO₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 312 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.65 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M Bis-Tris propane pH 7.5, 20% (w/v) PEG 3350, 0.2 M NaNO3

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→67.04 Å / Num. obs: 94487 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 4.1 % / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 8.1
反射シェル	解像度: 1.95→1.98 Å / Num. unique obs: 4628 / CC_1/2: 0.717

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
DIALS		データ削減
DIALS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.95→61.835 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.913 / WR_factor R_free: 0.343 / WR_factor R_work: 0.245 / SU B: 7.175 / SU ML: 0.192 / Average fsc free: 0.7935 / Average fsc work: 0.817 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.195 / ESU R Free: 0.188 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2847	4644	4.916 %
R_work	0.2206	89827	-
all	0.224	-	-
obs	-	94471	98.229 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.837 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.065 Å²	-0 Å²	-0.735 Å²
2-	-	4.979 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.302 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→61.835 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9538	0	24	312	9874

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	9837
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	8685
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.532	1.641	13389
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.332	1.577	20135
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.995	5	1187
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.386	22.827	566
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.886	15	1564
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.877	15	58
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	1240
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	11157
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2169
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	2002
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.202	0.2	8544
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	4566
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	4217
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.186	0.2	424
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.125	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.196	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.241	0.2	75
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.128	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.826	5.289	4757
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.826	5.288	4756
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.337	7.913	5941
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.337	7.915	5942
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.666	5.501	5080
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.666	5.501	5081
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.404	8.158	7448
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.404	8.157	7449
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.331	59.635	11027
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.325	59.625	10969

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.95-2.001	0.373	340	0.353	6549	X-RAY DIFFRACTION	97.2748
2.001-2.055	0.378	323	0.335	6402	X-RAY DIFFRACTION	97.2805
2.055-2.115	0.388	329	0.342	6189	X-RAY DIFFRACTION	97.4727
2.115-2.18	0.351	339	0.315	6031	X-RAY DIFFRACTION	97.7444
2.18-2.252	0.381	287	0.291	5890	X-RAY DIFFRACTION	97.7064
2.252-2.331	0.353	290	0.275	5677	X-RAY DIFFRACTION	97.9964
2.331-2.418	0.321	285	0.252	5547	X-RAY DIFFRACTION	98.0827
2.418-2.517	0.304	293	0.255	5265	X-RAY DIFFRACTION	98.3021
2.517-2.629	0.316	280	0.257	5119	X-RAY DIFFRACTION	98.3604
2.629-2.757	0.314	267	0.253	4852	X-RAY DIFFRACTION	98.5371
2.757-2.906	0.321	261	0.255	4638	X-RAY DIFFRACTION	98.334
2.906-3.082	0.314	226	0.25	4425	X-RAY DIFFRACTION	98.6426
3.082-3.295	0.306	181	0.235	4159	X-RAY DIFFRACTION	98.9061
3.295-3.559	0.285	206	0.241	3889	X-RAY DIFFRACTION	99.0326
3.559-3.898	0.25	166	0.203	3585	X-RAY DIFFRACTION	99.1017
3.898-4.357	0.253	157	0.164	3270	X-RAY DIFFRACTION	99.2183
4.357-5.03	0.215	151	0.153	2872	X-RAY DIFFRACTION	99.3428
5.03-6.157	0.204	126	0.167	2471	X-RAY DIFFRACTION	99.5401
6.157-8.691	0.222	84	0.15	1913	X-RAY DIFFRACTION	99.1559
8.691-61.835	0.294	53	0.187	1084	X-RAY DIFFRACTION	98.4416

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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