PDB-8ohw: Crystal structure of heparanase from Burkholderia pseudomallei in...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ohw

タイトル

Crystal structure of heparanase from Burkholderia pseudomallei in complex with siastatin B derived inhibitor

要素

Glycoside hydrolase family 44 domain-containing protein

キーワード

HYDROLASE / Inhibitor / Complex

機能・相同性

: / Glycoside hydrolase, family 44 / Glycoside hydrolase family 44 / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycoside hydrolase superfamily / Chem-VON / Glycoside hydrolase family 44 domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.27 Å

データ登録者

Armstrong, Z. / Yurong, C. / Wu, L. / Overkleeft, H.S. / Davies, G.J.

資金援助

オランダ, European Union,

英国, 6件

組織	認可番号	国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)	VI.Veni.212.173	オランダ
European Research Council (ERC)	ERC-2011-AdG-290836	European Union
European Research Council (ERC)	ERC-2012-AdG-32294	European Union
European Research Council (ERC)	ERC-2020-SyG-951231	European Union
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/R001162/1	英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/M011151/1	英国

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2024
タイトル: Molecular Basis for Inhibition of Heparanases and beta-Glucuronidases by Siastatin B.
著者: Chen, Y. / van den Nieuwendijk, A.M.C.H. / Wu, L. / Moran, E. / Skoulikopoulou, F. / van Riet, V. / Overkleeft, H.S. / Davies, G.J. / Armstrong, Z.

履歴

登録	2023年3月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年1月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ohw.cif.gz	203.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ohw.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ohw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ohw_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ohw_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8ohw_validation.xml.gz	41.9 KB	表示
CIF形式データ	8ohw_validation.cif.gz	65.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/8ohw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/8ohw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8cqiC 8ogxC 8ohqC 8ohrC 8ohtC 8ohuC 8ohvC 8ohxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Glycoside hydrolase family 44 domain-containing protein

BBB: Glycoside hydrolase family 44 domain-containing protein

ヘテロ分子

90.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.370, 104.610, 113.710
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Glycoside hydrolase family 44 domain-containing protein 分子量: 44638.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌) 遺伝子: BPSL2070 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q63T97
#2: 化合物	ChemComp-VON / (3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-4,5,6-tris(oxidanyl)piperidine-3-carboxylic acid 分子量: 177.155 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₁NO₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 967 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.65 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M sodium citrate pH 5.0, 14% (w/v) PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97933 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.27→61.758 Å / Num. obs: 238876 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.2 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 12.6
反射シェル	解像度: 1.27→1.29 Å / Num. unique obs: 11543 / CC_1/2: 0.518

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
DIALS		データ削減
DIALS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.27→61.758 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.978 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.972 / WR_factor R_free: 0.184 / WR_factor R_work: 0.161 / SU B: 0.776 / SU ML: 0.032 / Average fsc free: 0.9205 / Average fsc work: 0.9237 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.04 / ESU R Free: 0.043 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1815	12173	5.098 %
R_work	0.1603	226593	-
all	0.161	-	-
obs	-	238766	99.87 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.891 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.358 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.171 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.529 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.27→61.758 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6276	0	56	967	7299

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.013	6654
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	6010
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.911	1.636	9110
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.618	1.568	13872
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.901	5	911
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.648	21.812	298
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.341	15	875
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.555	15	39
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	880
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	7878
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	1443
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	1364
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.184	0.2	5556
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	3312
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.092	0.2	2972
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.156	0.2	680
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.234	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.234	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.178	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.656	1.702	3596
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.634	1.7	3595
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.399	2.549	4523
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.408	2.55	4524
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.815	1.928	3058
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.814	1.928	3059
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.112	2.798	4587
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.111	2.799	4588
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.715	22.276	7752
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.477	21.278	7457

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.27-1.303	0.298	868	0.292	16422	X-RAY DIFFRACTION	98.7718
1.303-1.339	0.279	817	0.272	16235	X-RAY DIFFRACTION	99.7543
1.339-1.377	0.274	830	0.245	15800	X-RAY DIFFRACTION	99.9099
1.377-1.42	0.243	798	0.227	15355	X-RAY DIFFRACTION	100
1.42-1.466	0.24	807	0.213	14855	X-RAY DIFFRACTION	99.9809
1.466-1.518	0.202	756	0.188	14413	X-RAY DIFFRACTION	99.9802
1.518-1.575	0.188	726	0.172	13944	X-RAY DIFFRACTION	99.9796
1.575-1.639	0.191	663	0.165	13442	X-RAY DIFFRACTION	99.9858
1.639-1.712	0.18	686	0.156	12868	X-RAY DIFFRACTION	99.9852
1.712-1.796	0.192	697	0.153	12268	X-RAY DIFFRACTION	99.9923
1.796-1.893	0.18	649	0.15	11689	X-RAY DIFFRACTION	99.9838
1.893-2.008	0.165	617	0.149	11085	X-RAY DIFFRACTION	100
2.008-2.146	0.168	593	0.148	10398	X-RAY DIFFRACTION	99.9818
2.146-2.318	0.17	500	0.141	9790	X-RAY DIFFRACTION	99.9903
2.318-2.54	0.167	484	0.139	8989	X-RAY DIFFRACTION	100
2.54-2.839	0.163	491	0.137	8092	X-RAY DIFFRACTION	99.9651
2.839-3.278	0.165	402	0.145	7209	X-RAY DIFFRACTION	99.9475
3.278-4.014	0.166	323	0.15	6190	X-RAY DIFFRACTION	100
4.014-5.673	0.166	303	0.144	4781	X-RAY DIFFRACTION	100
5.673-61.758	0.196	163	0.185	2768	X-RAY DIFFRACTION	99.5922

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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