PDB-8ohr: Crystal structure of human heparanase in complex with glucuronic ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ohr

タイトル

Crystal structure of human heparanase in complex with glucuronic acid configured 3-geminal diol iminosugar inhibitor

要素

Heparanase 50 kDa subunit
Heparanase 8 kDa subunit

キーワード

HYDROLASE / Inhibitor / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

heparanase / heparanase activity / regulation of hair follicle development / heparan sulfate proteoglycan catabolic process / heparin metabolic process / proteoglycan metabolic process / HS-GAG degradation / positive regulation of hair follicle development / beta-glucuronidase activity / syndecan binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Armstrong, Z. / Yurong, C. / Wu, L. / Overkleeft, H.S. / Davies, G.J.

資金援助

オランダ, European Union,

英国, 6件

組織	認可番号	国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)	VI.Veni.212.173	オランダ
European Research Council (ERC)	ERC-2011-AdG-290836	European Union
European Research Council (ERC)	ERC-2012-AdG-32294	European Union
European Research Council (ERC)	ERC-2020-SyG-951231	European Union
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/R001162/1	英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/M011151/1	英国

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2024
タイトル: Molecular Basis for Inhibition of Heparanases and beta-Glucuronidases by Siastatin B.
著者: Chen, Y. / van den Nieuwendijk, A.M.C.H. / Wu, L. / Moran, E. / Skoulikopoulou, F. / van Riet, V. / Overkleeft, H.S. / Davies, G.J. / Armstrong, Z.

履歴

登録	2023年3月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年1月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ohr.cif.gz	116.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ohr.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ohr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ohr_validation.pdf.gz	861.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ohr_full_validation.pdf.gz	864.8 KB	表示
XML形式データ	8ohr_validation.xml.gz	20.4 KB	表示
CIF形式データ	8ohr_validation.cif.gz	29 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/8ohr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/8ohr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8cqiC 8ogxC 8ohqC 8ohtC 8ohuC 8ohvC 8ohwC 8ohxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Heparanase 50 kDa subunit

BBB: Heparanase 8 kDa subunit

ヘテロ分子

52.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.436, 71.080, 78.232
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.433, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AAABBB

#1: タンパク質	Heparanase 50 kDa subunit 分子量: 43334.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HPSE, HEP, HPA, HPA1, HPR1, HPSE1, HSE1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9Y251
#2: タンパク質	Heparanase 8 kDa subunit 分子量: 8273.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HPSE, HEP, HPA, HPA1, HPR1, HPSE1, HSE1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9Y251

-
糖 , 1種, 1分子

#5: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 187分子

#3: 化合物	ChemComp-VP5 / (3~{S},4~{R})-4,5,5-tris(oxidanyl)piperidine-3-carboxylic acid 分子量: 177.155 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₁NO₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.06 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1 M MES pH 5.5, 0.1 M MgCl2, 17% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.979499 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979499 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→43.994 Å / Num. obs: 44493 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.6 % / CC_1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 8.8
反射シェル	解像度: 1.8→1.84 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 2569 / CC_1/2: 0.606

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
DIALS		データ削減
DIALS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→43.994 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / WR_factor R_free: 0.213 / WR_factor R_work: 0.178 / SU B: 3.218 / SU ML: 0.095 / Average fsc free: 0.8907 / Average fsc work: 0.907 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.12 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2164	2225	5.012 %
R_work	0.1798	42171	-
all	0.182	-	-
obs	-	44396	99.2 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.174 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.333 Å²	0 Å²	0.543 Å²
2-	-	-1.6 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→43.994 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3617	0	39	182	3838

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	3770
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3564
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.65	1.649	5109
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.366	1.582	8272
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.992	5	461
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.976	22.011	179
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.328	15	648
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.056	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	473
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.029	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	4162
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	803
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211	0.2	729
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.19	0.2	3318
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	1859
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	1658
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.167	0.2	189
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.134	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.216	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.289	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.185	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.489	2.852	1841
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.469	2.85	1840
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.566	4.268	2303
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.565	4.272	2304
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.317	3.245	1929
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.315	3.236	1926
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.99	4.702	2806
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.99	4.7	2805
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.691	34.211	4202
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.647	34.13	4182

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.847	0.316	170	0.278	3076	X-RAY DIFFRACTION	98.3935
1.847-1.897	0.297	159	0.238	2991	X-RAY DIFFRACTION	98.4991
1.897-1.952	0.248	152	0.23	2952	X-RAY DIFFRACTION	98.7591
1.952-2.012	0.214	152	0.196	2848	X-RAY DIFFRACTION	98.7167
2.012-2.078	0.272	151	0.226	2737	X-RAY DIFFRACTION	98.9719
2.078-2.151	0.218	157	0.203	2659	X-RAY DIFFRACTION	98.7724
2.151-2.232	0.191	156	0.172	2578	X-RAY DIFFRACTION	99.2378
2.232-2.323	0.244	128	0.168	2497	X-RAY DIFFRACTION	99.3942
2.323-2.427	0.192	125	0.164	2376	X-RAY DIFFRACTION	99.5225
2.427-2.545	0.226	114	0.169	2304	X-RAY DIFFRACTION	99.2204
2.545-2.682	0.223	98	0.17	2202	X-RAY DIFFRACTION	99.7398
2.682-2.845	0.202	124	0.162	2057	X-RAY DIFFRACTION	99.6345
2.845-3.041	0.175	85	0.155	1964	X-RAY DIFFRACTION	99.8052
3.041-3.284	0.219	99	0.18	1822	X-RAY DIFFRACTION	99.948
3.284-3.597	0.211	76	0.174	1690	X-RAY DIFFRACTION	99.9434
3.597-4.02	0.191	91	0.176	1518	X-RAY DIFFRACTION	99.9379
4.02-4.64	0.212	58	0.154	1353	X-RAY DIFFRACTION	99.7878
4.64-5.678	0.189	57	0.166	1145	X-RAY DIFFRACTION	99.421
5.678-8.009	0.302	43	0.205	896	X-RAY DIFFRACTION	99.8936
8.009-43.994	0.185	30	0.178	506	X-RAY DIFFRACTION	99.2593

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AAABBB

-
糖 , 1種, 1分子

-
非ポリマー , 4種, 187分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 2種, 2分子 AAABBB

-糖 , 1種, 1分子

-非ポリマー , 4種, 187分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AAABBB

-
糖 , 1種, 1分子

-
非ポリマー , 4種, 187分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)