PDB-8ohq: Crystal structure of human heparanase in complex with competitive...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ohq

タイトル

Crystal structure of human heparanase in complex with competitive inhibitor derrived from siastatin B

要素

Heparanase 50 kDa subunit
Heparanase 8 kDa subunit

キーワード

HYDROLASE / Inhibitor / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

heparanase / heparanase activity / regulation of hair follicle development / heparan sulfate proteoglycan catabolic process / heparin metabolic process / proteoglycan metabolic process / HS-GAG degradation / positive regulation of hair follicle development / beta-glucuronidase activity / syndecan binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Wu, L. / Davies, G.J. / Overkleeft, H.S. / Armstrong, Z. / Yurong, C.

資金援助

オランダ, European Union,

英国, 6件

組織	認可番号	国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)	VI.Veni.212.173	オランダ
European Research Council (ERC)	ERC-2011-AdG-290836	European Union
European Research Council (ERC)	ERC-2012-AdG-32294	European Union
European Research Council (ERC)	ERC-2020-SyG-951231	European Union
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/R001162/1	英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/M011151/1	英国

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2024
タイトル: Molecular Basis for Inhibition of Heparanases and beta-Glucuronidases by Siastatin B.
著者: Chen, Y. / van den Nieuwendijk, A.M.C.H. / Wu, L. / Moran, E. / Skoulikopoulou, F. / van Riet, V. / Overkleeft, H.S. / Davies, G.J. / Armstrong, Z.

履歴

登録	2023年3月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年1月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ohq.cif.gz	121.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ohq.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ohq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ohq_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ohq_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8ohq_validation.xml.gz	22.1 KB	表示
CIF形式データ	8ohq_validation.cif.gz	31.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/8ohq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/8ohq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8cqiC 8ogxC 8ohrC 8ohtC 8ohuC 8ohvC 8ohwC 8ohxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Heparanase 50 kDa subunit

BBB: Heparanase 8 kDa subunit

ヘテロ分子

53.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.110, 70.920, 78.560
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.530, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AAABBB

#1: タンパク質	Heparanase 50 kDa subunit 分子量: 43334.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HPSE, HEP, HPA, HPA1, HPR1, HPSE1, HSE1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9Y251
#2: タンパク質	Heparanase 8 kDa subunit 分子量: 8273.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HPSE, HEP, HPA, HPA1, HPR1, HPSE1, HSE1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9Y251

-
糖 , 2種, 5分子

#3: 多糖

alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
LFucpa1-6DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(6+1)][a-L-Fucp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 256分子

#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物	ChemComp-VGO / (3~{S},4~{S})-4,5,5-tris(oxidanyl)piperidine-3-carboxylic acid 分子量: 177.155 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₁NO₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.35 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1 M MES pH 5.5, 0.1 M MgCl2, 17% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.91733 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91733 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→45.938 Å / Num. obs: 55285 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 1.9 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 10.8
反射シェル	解像度: 1.7→1.73 Å / Num. unique obs: 2968 / CC_1/2: 0.598

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→45.938 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / WR_factor R_free: 0.207 / WR_factor R_work: 0.173 / SU B: 2.427 / SU ML: 0.078 / Average fsc free: 0.9162 / Average fsc work: 0.9249 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.1 / ESU R Free: 0.1 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2077	2756	4.985 %
R_work	0.1743	52528	-
all	0.176	-	-
obs	-	55284	99.566 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.937 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.357 Å²	0 Å²	0.28 Å²
2-	-	-0.658 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.739 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→45.938 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3640	0	107	249	3996

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	3874
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.017	3644
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.65	1.676	5258
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.478	1.604	8466
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.809	5	465
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.795	21.913	183
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.453	15	655
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.75	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	497
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.494	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	4255
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	825
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	693
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.192	0.2	3210
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	1883
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	1603
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.142	0.2	201
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.354	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.192	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.259	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.171	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.607	2.715	1854
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.607	2.712	1853
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.917	4.058	2321
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.916	4.061	2322
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.514	3.292	2020
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.514	3.292	2021
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.372	4.75	2937
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.371	4.75	2938
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.13	32.982	4235
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.12	32.776	4192

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.744	0.296	205	0.278	3887	X-RAY DIFFRACTION	99.8049
1.744-1.792	0.293	183	0.268	3797	X-RAY DIFFRACTION	99.7494
1.792-1.844	0.306	169	0.248	3701	X-RAY DIFFRACTION	99.8967
1.844-1.9	0.273	203	0.226	3516	X-RAY DIFFRACTION	99.5716
1.9-1.963	0.233	189	0.193	3475	X-RAY DIFFRACTION	99.7278
1.963-2.032	0.2	187	0.186	3303	X-RAY DIFFRACTION	99.8284
2.032-2.108	0.244	165	0.188	3257	X-RAY DIFFRACTION	99.7086
2.108-2.194	0.209	187	0.177	3085	X-RAY DIFFRACTION	99.7561
2.194-2.292	0.184	160	0.168	2989	X-RAY DIFFRACTION	99.8731
2.292-2.404	0.234	135	0.164	2834	X-RAY DIFFRACTION	99.6643
2.404-2.533	0.21	143	0.165	2735	X-RAY DIFFRACTION	99.7574
2.533-2.687	0.226	129	0.169	2565	X-RAY DIFFRACTION	99.7778
2.687-2.872	0.213	124	0.166	2428	X-RAY DIFFRACTION	99.5708
2.872-3.102	0.225	115	0.175	2252	X-RAY DIFFRACTION	99.2453
3.102-3.397	0.224	105	0.182	2065	X-RAY DIFFRACTION	98.9964
3.397-3.798	0.17	105	0.163	1857	X-RAY DIFFRACTION	98.8413
3.798-4.383	0.146	88	0.136	1659	X-RAY DIFFRACTION	99.3743
4.383-5.364	0.178	82	0.142	1391	X-RAY DIFFRACTION	98.9919
5.364-7.568	0.23	57	0.178	1099	X-RAY DIFFRACTION	98.8034
7.568-45.938	0.17	25	0.17	633	X-RAY DIFFRACTION	98.6507

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