PDB-8ogb: Crystal structure of human DCAF1 WD40 repeats (Q1250L) in complex...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ogb

タイトル

Crystal structure of human DCAF1 WD40 repeats (Q1250L) in complex with compound 8

要素

DDB1- and CUL4-associated factor 1

キーワード

TRANSFERASE / DCAF1 / E3 ligase / compound

機能・相同性

機能・相同性情報

cell competition in a multicellular organism / V(D)J recombination / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / post-translational protein modification / B cell differentiation / nuclear estrogen receptor binding / fibrillar center / positive regulation of protein catabolic process / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.27 Å

データ登録者

Schroeder, M. / Vulpetti, A. / Renatus, M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2023
タイトル: Discovery of New Binders for DCAF1, an Emerging Ligase Target in the Targeted Protein Degradation Field.
著者: Vulpetti, A. / Holzer, P. / Schmiedeberg, N. / Imbach-Weese, P. / Pissot-Soldermann, C. / Hollingworth, G.J. / Radimerski, T. / Thoma, C.R. / Stachyra, T.M. / Wojtynek, M. / Maschlej, M. / ...

履歴

登録	2023年3月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年6月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年8月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年6月19日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ogb.cif.gz	236.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ogb.ent.gz	184.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ogb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/og/8ogb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/og/8ogb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8og5C 8og6C 8og7C 8og8C 8og9C 8ogaC 8ogcC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: DDB1- and CUL4-associated factor 1

ヘテロ分子

42.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.018, 85.018, 219.360
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

#1: タンパク質	DDB1- and CUL4-associated factor 1 / HIV-1 Vpr-binding protein / VprBP / Serine/threonine-protein kinase VPRBP / Vpr-interacting protein 分子量: 41764.824 Da / 分子数: 1 / 変異: Q1250L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DCAF1, KIAA0800, RIP, VPRBP 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9Y4B6, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-VN5 / ~{N}'-[2-[1-(4-methoxyphenyl)cyclopropyl]-7-(4-methylpiperazin-1-yl)quinazolin-4-yl]ethane-1,2-diamine 分子量: 432.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₃₂N₆O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.11 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M Tris pH 7.5, 2.13M Lithium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.27→219.36 Å / Num. obs: 22640 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.8 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 14.8
反射シェル	解像度: 2.27→2.34 Å / Num. unique obs: 2016 / CC_1/2: 0.784

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.27→61.206 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 9.524 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.195 / ESU R Free: 0.174 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2125	1129	5.007 %
R_work	0.1682	21420	-
all	0.17	-	-
obs	-	22549	99.951 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.147 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.229 Å²	-0.115 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.229 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.743 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.27→61.206 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2384	0	44	233	2661

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.013	2516
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	2275
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.049	1.656	3417
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.46	1.579	5229
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.356	5	306
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.975	22.836	134
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.562	15	407
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.091	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	327
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	2869
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	602
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.193	0.2	417
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.199	0.2	2243
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	1173
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.088	0.2	1388
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.195	0.2	194
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.097	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.167	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.164	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.228	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.016	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.617	2.947	1218
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.6	2.946	1217
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.115	4.409	1526
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.114	4.41	1527
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.22	3.446	1298
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.219	3.45	1299
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.098	4.996	1888
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.097	5	1889
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.676	35.395	2759
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.613	34.823	2705

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.27-2.329	0.302	81	0.232	1536	X-RAY DIFFRACTION	100
2.329-2.393	0.288	87	0.224	1503	X-RAY DIFFRACTION	100
2.393-2.462	0.276	69	0.219	1457	X-RAY DIFFRACTION	100
2.462-2.538	0.308	90	0.215	1416	X-RAY DIFFRACTION	100
2.538-2.621	0.248	85	0.188	1364	X-RAY DIFFRACTION	100
2.621-2.713	0.288	57	0.174	1364	X-RAY DIFFRACTION	100
2.713-2.816	0.225	68	0.162	1301	X-RAY DIFFRACTION	100
2.816-2.93	0.189	56	0.163	1269	X-RAY DIFFRACTION	100
2.93-3.061	0.212	67	0.144	1202	X-RAY DIFFRACTION	100
3.061-3.21	0.186	66	0.153	1138	X-RAY DIFFRACTION	100
3.21-3.384	0.227	65	0.164	1104	X-RAY DIFFRACTION	99.744
3.384-3.589	0.206	53	0.156	1054	X-RAY DIFFRACTION	100
3.589-3.837	0.199	50	0.15	986	X-RAY DIFFRACTION	99.9036
3.837-4.144	0.192	40	0.155	945	X-RAY DIFFRACTION	99.7974
4.144-4.539	0.139	43	0.134	861	X-RAY DIFFRACTION	99.8895
4.539-5.075	0.172	28	0.141	806	X-RAY DIFFRACTION	99.7608
5.075-5.859	0.179	29	0.167	710	X-RAY DIFFRACTION	100
5.859-7.175	0.215	40	0.194	612	X-RAY DIFFRACTION	100
7.175-10.142	0.176	35	0.169	482	X-RAY DIFFRACTION	100
10.142-61.206	0.307	20	0.253	310	X-RAY DIFFRACTION	99.3976

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -17.2735 Å / Origin y: -35.2045 Å / Origin z: 11.3902 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0062 Å²	0.0119 Å²	0.0042 Å²	-	0.0351 Å²	0.0087 Å²	-	-	0.0173 Å²
L	3.3277 °²	-0.727 °²	0.8946 °²	-	0.5216 °²	0.0052 °²	-	-	0.9761 °²
S	-0.0453 Å °	-0.0473 Å °	0.0697 Å °	0.0181 Å °	0.0214 Å °	0.0545 Å °	-0.0574 Å °	-0.1525 Å °	0.0239 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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