PDB-8oga: Crystal structure of human DCAF1 WD40 repeats (Q1250L) in complex...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8oga

タイトル

Crystal structure of human DCAF1 WD40 repeats (Q1250L) in complex with compound 6

要素

DDB1- and CUL4-associated factor 1

キーワード

TRANSFERASE / DCAF1 / E3 ligase / compound

機能・相同性

機能・相同性情報

cell competition in a multicellular organism / histone H2AT120 kinase activity / V(D)J recombination / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / post-translational protein modification / B cell differentiation / nuclear estrogen receptor binding / fibrillar center / positive regulation of protein catabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Schroeder, M. / Vulpetti, A. / Renatus, M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2023
タイトル: Discovery of New Binders for DCAF1, an Emerging Ligase Target in the Targeted Protein Degradation Field.
著者: Vulpetti, A. / Holzer, P. / Schmiedeberg, N. / Imbach-Weese, P. / Pissot-Soldermann, C. / Hollingworth, G.J. / Radimerski, T. / Thoma, C.R. / Stachyra, T.M. / Wojtynek, M. / Maschlej, M. / ...

履歴

登録	2023年3月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年6月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年8月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 2.0	2023年10月25日	Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / pdbx_entity_nonpoly Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.name / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8oga.cif.gz	234.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8oga.ent.gz	183.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8oga.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8oga_validation.pdf.gz	733.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8oga_full_validation.pdf.gz	736 KB	表示
XML形式データ	8oga_validation.xml.gz	14.2 KB	表示
CIF形式データ	8oga_validation.cif.gz	19.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/og/8oga ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/og/8oga	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8og5C 8og6C 8og7C 8og8C 8og9C 8ogbC 8ogcC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

P: DDB1- and CUL4-associated factor 1

ヘテロ分子

36.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.581, 81.581, 234.805
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	P-1404- DMS
2	1	P-1546- HOH
3	1	P-1547- HOH

#1: タンパク質	DDB1- and CUL4-associated factor 1 / HIV-1 Vpr-binding protein / VprBP / Serine/threonine-protein kinase VPRBP / Vpr-interacting protein 分子量: 36062.562 Da / 分子数: 1 / 変異: Q1250L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DCAF1, KIAA0800, RIP, VPRBP 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9Y4B6, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-VLW / 5-[1-(4-methoxyphenyl)cyclopropyl]-8-(4-methylpiperazin-1-yl)-2,3-dihydroimidazo[2,1-a]isoquinoline 分子量: 414.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₆H₃₀N₄O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.67 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M Tris pH 7.5, 1.66M Lithium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→46.96 Å / Num. obs: 24491 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 29.5 % / CC_1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 16
反射シェル	解像度: 2.2→2.27 Å / Num. unique obs: 2058 / CC_1/2: 0.703

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→45.191 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.96 / SU B: 12.866 / SU ML: 0.141 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.182 / ESU R Free: 0.154 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2086	1237	5.068 %
R_work	0.1853	23169	-
all	0.187	-	-
obs	-	24406	99.984 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.031 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.24 Å²	0.12 Å²	0 Å²
2-	-	0.24 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.779 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→45.191 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2363	0	51	57	2471

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.013	2527
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	2265
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.988	1.657	3437
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.437	1.577	5201
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.565	5	308
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.512	22.857	133
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.288	15	395
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.574	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	328
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2895
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	608
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.197	0.2	400
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.198	0.2	2169
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	1184
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	1329
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	83
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.148	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.231	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.12	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.095	4.313	1220
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.085	4.304	1218
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.691	6.452	1529
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.695	6.452	1529
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.26	4.912	1307
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.068	4.8	1272
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.135	7.155	1904
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.943	6.987	1854
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.344	50.31	2630
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.215	49.688	2590

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.257	0.323	105	0.337	1626	X-RAY DIFFRACTION	100
2.257-2.319	0.318	95	0.294	1630	X-RAY DIFFRACTION	100
2.319-2.386	0.347	85	0.291	1585	X-RAY DIFFRACTION	100
2.386-2.46	0.318	84	0.293	1530	X-RAY DIFFRACTION	100
2.46-2.54	0.278	75	0.261	1514	X-RAY DIFFRACTION	100
2.54-2.63	0.265	92	0.242	1442	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-2.729	0.282	44	0.224	1435	X-RAY DIFFRACTION	100
2.729-2.84	0.226	69	0.185	1342	X-RAY DIFFRACTION	100
2.84-2.966	0.281	71	0.175	1302	X-RAY DIFFRACTION	100
2.966-3.111	0.245	67	0.179	1257	X-RAY DIFFRACTION	100
3.111-3.279	0.222	69	0.174	1198	X-RAY DIFFRACTION	100
3.279-3.478	0.228	55	0.181	1124	X-RAY DIFFRACTION	100
3.478-3.718	0.169	63	0.163	1092	X-RAY DIFFRACTION	100
3.718-4.016	0.146	64	0.152	978	X-RAY DIFFRACTION	100
4.016-4.4	0.17	40	0.146	947	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4-4.919	0.14	36	0.125	866	X-RAY DIFFRACTION	100
4.919-5.679	0.186	35	0.163	774	X-RAY DIFFRACTION	100
5.679-6.954	0.283	34	0.205	665	X-RAY DIFFRACTION	100
6.954-9.831	0.17	34	0.206	531	X-RAY DIFFRACTION	100
9.831-45.191	0.207	20	0.248	331	X-RAY DIFFRACTION	98.8732

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -14.6277 Å / Origin y: -31.8078 Å / Origin z: 11.6545 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1743 Å²	0.0296 Å²	0.0148 Å²	-	0.0269 Å²	-0.0108 Å²	-	-	0.0308 Å²
L	3.1678 °²	-0.7776 °²	-0.0463 °²	-	2.0931 °²	0.3798 °²	-	-	1.0836 °²
S	-0.0803 Å °	0.1234 Å °	-0.3087 Å °	-0.133 Å °	0.0879 Å °	0.0549 Å °	0.1823 Å °	0.0246 Å °	-0.0075 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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