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- PDB-8ofx: Molecular Mechanism of trypanosomal AQP2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ofx
タイトルMolecular Mechanism of trypanosomal AQP2
要素Aquaglyceroporin 2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Aquaporin / Tetramer / Drug Uptake / Glycerol
機能・相同性
機能・相同性情報


glycerol channel activity / urea transmembrane transporter activity / urea transmembrane transport / glycerol transmembrane transport / water channel activity / water transport / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Major intrinsic protein / Major intrinsic protein / Aquaporin-like
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Aquaglyceroporin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Weyand, S.N. / Matusevicius, M. / Yamashita, K.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust101234/Z/13/Z 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Molecular Mechanism of trypanosomal AQP2
著者: Weyand, S.N.
履歴
登録2023年3月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aquaglyceroporin 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0132
ポリマ－33,6151
非ポリマー3981
水00
1
A: Aquaglyceroporin 2
ヘテロ分子

A: Aquaglyceroporin 2
ヘテロ分子

A: Aquaglyceroporin 2
ヘテロ分子

A: Aquaglyceroporin 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,0528
ポリマ－134,4594
非ポリマー1,5934
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
point symmetry operation3
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(-1), (1), (1)333.44
3generate(-1), (-1), (1)333.44, 333.44
4generate(1), (-1), (1)333.44

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要素

#1: タンパク質 Aquaglyceroporin 2


分子量: 33614.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Melarsoprol
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
遺伝子: aqp2 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q6ZXT3
#2: 化合物 ChemComp-VO6 / [(2~{R},4~{S})-2-[4-[[4,6-bis(azanyl)-1,3,5-triazin-2-yl]amino]phenyl]-1,3,2-dithiarsolan-4-yl]methanol


分子量: 398.339 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H15AsN6OS2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Aquaporin 2 tetramer wildtype / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.22 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera (蝶・蛾)
緩衝液pH: 7.2 / 詳細: 20 mM HEPES 100 mM NaCl
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1100 mMSodium ChlorideNaCl1
220 mMHEPESC8H18N2O4S1
試料濃度: 0.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Monodisperse
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 56 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0403 / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2EPU画像取得
4GctfCTF補正
10cryoSPARC初期オイラー角割当
11cryoSPARC最終オイラー角割当
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 100075
対称性点対称性: C4 (4回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 126551 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 6 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: RECIPROCAL
精密化解像度: 3.2→3.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9 / SU B: 11.232 / SU ML: 0.194 / ESU R: 0.189
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rwork0.32138 --
obs0.32138 55785 100 %
溶媒の処理溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION
原子変位パラメータBiso mean: 137.031 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 1852
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.010.0111911
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d00.0161811
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.9031.6252610
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg0.611.5474135
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg6.6375243
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg6.953
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg16.53410255
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.0990.2291
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0090.022201
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0040.02464
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it19.87612.784975
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other19.86812.778975
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it26.69123.1791217
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other26.71323.1991218
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it24.34814.607936
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other24.33614.61937
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other33.11926.0261394
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined39.968312.4931779
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other39.967312.4831780
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0 0 -
Rwork1.856 4079 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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