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- EMDB-16862: Molecular Mechanism of trypanosomal AQP2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16862
タイトルMolecular Mechanism of trypanosomal AQP2
マップデータ
試料
  • 複合体: Aquaporin 2 tetramer wildtype
    • タンパク質・ペプチド: Aquaglyceroporin 2
  • リガンド: [(2~{R},4~{S})-2-[4-[[4,6-bis(azanyl)-1,3,5-triazin-2-yl]amino]phenyl]-1,3,2-dithiarsolan-4-yl]methanol
キーワードAquaporin / Tetramer / Drug Uptake / Glycerol / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


glycerol channel activity / urea transmembrane transporter activity / glycerol transmembrane transport / urea transmembrane transport / water transport / water channel activity / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Major intrinsic protein / Major intrinsic protein / Aquaporin-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Aquaglyceroporin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Weyand SN / Matusevicius M / Yamashita K
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust101234/Z/13/Z 英国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2025
タイトル: Insights from aquaporin structures into drug-resistant sleeping sickness
著者: Matusevicius M / Corey RA / Gragera M / Yamashita K / Sprenger T / Ungogo MA / Blaza JN / Castro-Hartmann P / Chirgadze DY / Chaitanya Vedithi S / Afanasyev P / Melero R / Warshamanage R / ...著者: Matusevicius M / Corey RA / Gragera M / Yamashita K / Sprenger T / Ungogo MA / Blaza JN / Castro-Hartmann P / Chirgadze DY / Chaitanya Vedithi S / Afanasyev P / Melero R / Warshamanage R / Gusach A / Carazo JM / Carrington M / Blundell TL / Murshudov G / Stansfeld P / Sansom M / de Koning HP / Tate CG / Weyand SN
履歴
登録2023年3月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月2日-
マップ公開2024年10月2日-
更新2025年10月22日-
現状2025年10月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16862.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16862.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 9.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 136 pix.
= 141.712 Å		1.04 Å/pix.
x 136 pix.
= 141.712 Å		1.04 Å/pix.
x 136 pix.
= 141.712 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.042 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.91
最小 - 最大-5.092649 - 6.7148523
平均 (標準偏差)-0.020571876 (±0.40743268)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin929292
サイズ136136136
Spacing136136136
セルA=B=C: 141.712 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_16862_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_16862_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_16862_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Aquaporin 2 tetramer wildtype

全体名称: Aquaporin 2 tetramer wildtype
要素
  • 複合体: Aquaporin 2 tetramer wildtype
    • タンパク質・ペプチド: Aquaglyceroporin 2
  • リガンド: [(2~{R},4~{S})-2-[4-[[4,6-bis(azanyl)-1,3,5-triazin-2-yl]amino]phenyl]-1,3,2-dithiarsolan-4-yl]methanol

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超分子 #1: Aquaporin 2 tetramer wildtype

超分子名称: Aquaporin 2 tetramer wildtype / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
分子量理論値: 220 KDa

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分子 #1: Aquaglyceroporin 2

分子名称: Aquaglyceroporin 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Melarsoprol / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
分子量理論値: 33.614645 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MQSQPDNVAY PMELQAVNKD GTVEVRVQGN VDNSSNERWD ADVQKHEVAE AQEKPVGGIN FWAPRELRLN YRDYVAEFLG NFVLIYIAK GAVITSLLVP DFGLLGLTIG IGVAVTMALY VSLGISGGHL NSAVTVGNAV FGDFPWRKVP GYIAAQMLGT F LGAACAYG ...文字列:
MQSQPDNVAY PMELQAVNKD GTVEVRVQGN VDNSSNERWD ADVQKHEVAE AQEKPVGGIN FWAPRELRLN YRDYVAEFLG NFVLIYIAK GAVITSLLVP DFGLLGLTIG IGVAVTMALY VSLGISGGHL NSAVTVGNAV FGDFPWRKVP GYIAAQMLGT F LGAACAYG VFADLLKAHG GGELIAFGEK GIAWVFAMYP AEGNGIFYPI FAELISTAVL LLCVCGIFDP NNSPAKGYET VA IGALVFV MVNNFGLASP LAMNPSLDFG PRVFGAILLG GEVFSHANYY FWVPLVVPFF GAILGLFLYK YFLPH

UniProtKB: Aquaglyceroporin-2

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分子 #2: [(2~{R},4~{S})-2-[4-[[4,6-bis(azanyl)-1,3,5-triazin-2-yl]amino]ph...

分子名称: [(2~{R},4~{S})-2-[4-[[4,6-bis(azanyl)-1,3,5-triazin-2-yl]amino]phenyl]-1,3,2-dithiarsolan-4-yl]methanol
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: VO6
分子量理論値: 398.339 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.8 mg/mL
緩衝液pH: 7.2
構成要素:
濃度式名称
100.0 mMNaClSodium Chloride
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES

詳細: 20 mM HEPES 100 mM NaCl
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Monodisperse

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 56.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 100075
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成使用したクラス数: 6 / 想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 126551
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 詳細: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 詳細: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: RECIPROCAL
得られたモデル

PDB-8ofx:
Molecular Mechanism of trypanosomal AQP2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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