PDB-8ofk: Crystal structure of the cysteine-rich Gallus gallus urate oxidas...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ofk

タイトル

Crystal structure of the cysteine-rich Gallus gallus urate oxidase in complex with the 8-azaxanthine inhibitor under reducing conditions (space group C 2 2 21)

要素

Uricase

尿酸オキシダーゼ

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / COFACTOR-FREE OXIDASE /

INHIBITOR (酵素阻害剤) /

DIOXYGEN BINDING /

CYSTEINE (システイン)

機能・相同性

factor-independent urate hydroxylase /

尿酸オキシダーゼ /

尿酸オキシダーゼ / purine nucleobase metabolic process /

ペルオキシソーム /

oxidoreductase activity / 8-AZAXANTHINE /

OXYGEN MOLECULE /

尿酸オキシダーゼ

機能・相同性情報

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.713 Å

データ登録者

Di Palma, M. / Chegkazi, M. / Bui, S. / Mori, G. / Percudani, R. / Steiner, R.A.

資金援助

英国,

イタリア, 2件

引用

ジャーナル: Mol.Biol.Evol. / 年: 2023
タイトル: Cysteine Enrichment Mediates Co-Option of Uricase in Reptilian Skin and Transition to Uricotelism.
著者: Mori, G. / Liuzzi, A. / Ronda, L. / Di Palma, M. / Chegkazi, M.S. / Bui, S. / Garcia-Maya, M. / Ragazzini, J. / Malatesta, M. / Della Monica, E. / Rivetti, C. / Antin, P.B. / Bettati, S. / ...

履歴

登録	2023年3月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年1月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ofk.cif.gz	502.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ofk.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ofk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/8ofk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/8ofk	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8oh8C 8oihC 8oiwC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#117 - 2009年9月キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase) 類似性 (3) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1) #41 - 2003年5月ヘモグロビン (Hemoglobin) 類似性 (1) #159 - 2013年3月エリスロクルオリン (Erythrocruorin) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1) #206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (1) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1)

PDBのページ

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wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#117 - 2009年9月
キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase)
類似性 (3)
#263 - 2021年11月
アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase)
類似性 (1)
#41 - 2003年5月
ヘモグロビン (Hemoglobin)
類似性 (1)
#159 - 2013年3月
エリスロクルオリン (Erythrocruorin)
類似性 (1)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (1)
#206 - 2017年2月
グロビンの進化 (Globin Evolution)
類似性 (1)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Uricase

BBB: Uricase

CCC: Uricase

DDD: Uricase

ヘテロ分子

159 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	107.195, 125.475, 238.581
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	BBB-841- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	BBB
3	2	AAA
4	2	CCC
5	3	AAA
6	3	DDD
7	4	BBB
8	4	CCC
9	5	BBB
10	5	DDD
11	6	CCC
12	6	DDD

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	SER	SER	ALA	ALA	AAA	A	2 - 299	25 - 322
2	1	1	SER	SER	ALA	ALA	BBB	B	2 - 299	25 - 322
3	2	2	VAL	VAL	GLN	GLN	AAA	A	4 - 300	27 - 323
4	2	2	VAL	VAL	GLN	GLN	CCC	C	4 - 300	27 - 323
5	3	3	GLN	GLN	GLN	GLN	AAA	A	3 - 300	26 - 323
6	3	3	GLN	GLN	GLN	GLN	DDD	D	3 - 300	26 - 323
7	4	4	VAL	VAL	ALA	ALA	BBB	B	4 - 299	27 - 322
8	4	4	VAL	VAL	ALA	ALA	CCC	C	4 - 299	27 - 322
9	5	5	GLN	GLN	ALA	ALA	BBB	B	3 - 299	26 - 322
10	5	5	GLN	GLN	ALA	ALA	DDD	D	3 - 299	26 - 322
11	6	6	VAL	VAL	GLN	GLN	CCC	C	4 - 300	27 - 323
12	6	6	VAL	VAL	GLN	GLN	DDD	D	4 - 300	27 - 323

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

-
タンパク質 , 1種, 4分子 AAABBBCCCDDD

#1: タンパク質	Uricase / 尿酸オキシダーゼ / Urate oxidase 分子量: 39109.887 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: LOC101747367 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A8V0ZED1, factor-independent urate hydroxylase

-
非ポリマー , 5種, 980分子

#2: 化合物	ChemComp-AZA / 8-AZAXANTHINE / 8-アザキサンチン分子量: 153.099 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₃N₅O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシド / 酸素分子量: 31.999 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 933 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.03 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: His6-tagged GgUOX at approx. 22 mg/ml in 50 mM Tris-HCl pH 8.0, 10 mM NaCl, 1 mM TCEP-HCl was incubated with a 20-fold molar excess of AZA. Crystals were obtained by mixing the protein with ...詳細: His6-tagged GgUOX at approx. 22 mg/ml in 50 mM Tris-HCl pH 8.0, 10 mM NaCl, 1 mM TCEP-HCl was incubated with a 20-fold molar excess of AZA. Crystals were obtained by mixing the protein with 8% PGA-LM, 0.3M KBr, 0.1M Tris-HCl pH 7.8 using a 1:1 ratio

結晶

マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.03 %

結晶化

温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: His6-tagged GgUOX at approx. 22 mg/ml in 50 mM Tris-HCl pH 8.0, 10 mM NaCl, 1 mM TCEP-HCl was incubated with a 20-fold molar excess of AZA. Crystals were obtained by mixing the protein with ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.713→81.502 Å / Num. obs: 169907 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.4 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.082 / R_pim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 8.7
反射シェル	解像度: 1.713→1.742 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 1.418 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 8369 / CC_1/2: 0.345 / R_pim(I) all: 0.768 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.713→81.502 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / SU B: 6.416 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.093 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2008	8247	4.897 %
R_work	0.1815	160164	-
all	0.182	-	-
obs	-	168411	98.014 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.416 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.476 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.665 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.188 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.713→81.502 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9613	0	172	933	10718

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	10361
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	9733
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.362	1.652	13999
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.319	1.58	22465
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.946	5	1272
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.311	22.604	553
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.472	15	1821
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.195	15	62
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	1322
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	11958
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2454
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.193	0.2	1600
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.172	0.2	8677
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.162	0.2	4824
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.073	0.2	5096
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.184	0.2	757
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.193	0.2	70
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.185	0.2	276
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.122	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.741	1.637	4989
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.741	1.636	4988
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.241	2.447	6294
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.241	2.448	6295
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.051	1.816	5372
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.051	1.816	5373
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.612	2.633	7705
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.612	2.633	7706
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.171	20.635	11211
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.009	19.581	10964
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.063	0.05	9706
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.061	0.05	9739
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.069	0.05	9663
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.056	0.05	9831
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.061	0.05	9778
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.066	0.05	9630

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06341	0.05009
1	2	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06341	0.05009
2	3	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06148	0.05009
2	4	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06148	0.05009
3	5	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06884	0.05009
3	6	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06884	0.05009
4	7	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0556	0.05009
4	8	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0556	0.05009
5	9	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06121	0.05009
5	10	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06121	0.05009
6	11	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06552	0.05009
6	12	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06552	0.05009

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.713-1.757	0.368	583	0.364	10792	X-RAY DIFFRACTION	90.0348
1.757-1.805	0.334	576	0.337	11164	X-RAY DIFFRACTION	95.7039
1.805-1.858	0.322	540	0.299	11110	X-RAY DIFFRACTION	97.4243
1.858-1.915	0.278	561	0.273	10901	X-RAY DIFFRACTION	98.3103
1.915-1.978	0.263	516	0.248	10608	X-RAY DIFFRACTION	98.9856
1.978-2.047	0.246	552	0.218	10245	X-RAY DIFFRACTION	99.046
2.047-2.124	0.223	510	0.202	9958	X-RAY DIFFRACTION	99.2886
2.124-2.211	0.217	496	0.195	9558	X-RAY DIFFRACTION	99.4756
2.211-2.309	0.21	468	0.186	9237	X-RAY DIFFRACTION	99.5793
2.309-2.422	0.207	455	0.184	8869	X-RAY DIFFRACTION	99.7326
2.422-2.553	0.194	445	0.177	8383	X-RAY DIFFRACTION	99.7401
2.553-2.708	0.217	419	0.168	7947	X-RAY DIFFRACTION	99.5834
2.708-2.894	0.2	389	0.174	7485	X-RAY DIFFRACTION	99.3565
2.894-3.126	0.179	353	0.165	6945	X-RAY DIFFRACTION	99.0499
3.126-3.424	0.192	328	0.171	6416	X-RAY DIFFRACTION	98.9146
3.424-3.828	0.174	323	0.156	5753	X-RAY DIFFRACTION	98.5404
3.828-4.42	0.161	257	0.143	5095	X-RAY DIFFRACTION	97.6642
4.42-5.411	0.137	222	0.138	4319	X-RAY DIFFRACTION	97.5929
5.411-7.644	0.241	156	0.194	3437	X-RAY DIFFRACTION	98.2231
7.644-81.502	0.189	98	0.164	1942	X-RAY DIFFRACTION	97.0504

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2475	0.7088	0.0244	0.4954	0.7778	10.4873	0.183	-0.6509	0.1506	0.2028	0.0327	0.1099	0.0705	-0.1786	-0.2158	0.4528	0.0745	0.0103	0.4977	-0.0029	0.4353	-5.9443	26.3441	27.4447
2	2.0131	0.4209	1.7062	2.7695	4.0674	10.2516	0.0267	0.1865	0.0362	0.0705	0.0796	0.087	-0.0462	0.235	-0.1063	0.0839	0.0121	0.0243	0.0293	0.0532	0.2557	-12.5255	12.6019	-3.5134
3	2.4665	0.6227	2.7829	2.378	2.4088	8.4399	0.0267	0.1705	-0.046	-0.177	0.0119	0.0161	-0.2397	-0.2397	-0.0387	0.2255	0.0062	-0.0081	0.2246	0.0184	0.244	-15.8791	8.1975	-24.5523
4	0.7645	-0.1794	-1.2979	1.4911	3.0915	9.2008	0.0896	-0.0705	0.1799	0.2684	0.1412	-0.0881	0.046	0.0966	-0.2308	0.162	0.082	0.0249	0.065	-0.007	0.2804	-12.0177	20.2313	6.8167
5	0.5693	0.1447	-0.2113	0.9731	0.9674	6.4975	-0.0425	-0.0028	0.0283	-0.0031	-0.0233	0.1057	-0.0355	-0.1731	0.0658	0.1499	0.027	0.0119	0.1549	0.0234	0.2551	-19.8745	17.0404	0.9367
6	7.2966	-1.914	-6.0778	2.4251	3.3608	9.4781	0.0762	0.1002	0.1273	-0.1011	0.0048	0.1528	-0.2657	-0.1716	-0.081	0.1053	0.0409	-0.0022	0.0286	0.0545	0.2635	-14.8394	23.9103	-6.3807
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51	1.702	0.3748	-1.2323	1.5823	-0.0844	1.0245	-0.1673	0.1027	0.0698	0.1053	0.1303	0.041	0.2615	0.1067	0.037	0.2303	0.1622	0.0636	0.2782	0.1171	0.1866	10.7297	28.4207	-43.3069
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79	4.5317	4.8043	3.4303	8.1899	6.286	7.6851	0.0134	-0.1158	0.1378	0.1586	-0.1468	0.0697	-0.1597	-0.1988	0.1334	0.2483	0.1059	0.0263	0.0546	0.0112	0.1679	-11.0651	60.3258	-50.6365
80	2.2682	-2.3394	4.4225	9.4659	-3.9882	8.7561	-0.1571	-0.0205	0.2278	0.104	-0.0967	-0.2867	-0.2892	-0.0275	0.2538	0.3862	-0.0149	0.0059	0.34	-0.0206	0.44	-1.409	77.5883	-43.3361

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	{ AAA\|2-12 }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	{ AAA\|13-27 }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	{ AAA\|28-36 }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	{ AAA37-53 }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	{ AAA\|54-79 }
6	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	{ AAA\|80-98 }
7	X-RAY DIFFRACTION	7	ALL	{ AAA\|99-111 }
8	X-RAY DIFFRACTION	8	ALL	{ AAA\|112-118 }
9	X-RAY DIFFRACTION	9	ALL	{ AAA\|119-136 }
10	X-RAY DIFFRACTION	10	ALL	{ AAA\|137-147 }
11	X-RAY DIFFRACTION	11	ALL	{ AAA\|148-164 }
12	X-RAY DIFFRACTION	12	ALL	{ AAA\|165-181 }
13	X-RAY DIFFRACTION	13	ALL	{ AAA\|182-195 }
14	X-RAY DIFFRACTION	14	ALL	{ AAA\|196-199 }
15	X-RAY DIFFRACTION	15	ALL	{ AAA\|200-210 }
16	X-RAY DIFFRACTION	16	ALL	{ AAA\|211-225 }
17	X-RAY DIFFRACTION	17	ALL	{ AAA\|226-258 }
18	X-RAY DIFFRACTION	18	ALL	{ AAA\|259-280 }
19	X-RAY DIFFRACTION	19	ALL	{ AAA\|281-294 }
20	X-RAY DIFFRACTION	20	ALL	{ AAA\|295-301 }
21	X-RAY DIFFRACTION	21	ALL	{ BBB\|1-6 }
22	X-RAY DIFFRACTION	22	ALL	{ BBB\|7-14 }
23	X-RAY DIFFRACTION	23	ALL	{ BBB\|15-26 }
24	X-RAY DIFFRACTION	24	ALL	{ BBB\|27-36 }
25	X-RAY DIFFRACTION	25	ALL	{ BBB\|37-48 }
26	X-RAY DIFFRACTION	26	ALL	{ BBB\|49-89 }
27	X-RAY DIFFRACTION	27	ALL	{ BBB\|90-126 }
28	X-RAY DIFFRACTION	28	ALL	{ BBB\|127-136 }
29	X-RAY DIFFRACTION	29	ALL	{ BBB\|137-147 }
30	X-RAY DIFFRACTION	30	ALL	{ BBB\|148-165 }
31	X-RAY DIFFRACTION	31	ALL	{ BBB\|166-181 }
32	X-RAY DIFFRACTION	32	ALL	{ BBB\|182-193 }
33	X-RAY DIFFRACTION	33	ALL	{ BBB\|194-199 }
34	X-RAY DIFFRACTION	34	ALL	{ BBB\|200-217 }
35	X-RAY DIFFRACTION	35	ALL	{ BBB\|218-225 }
36	X-RAY DIFFRACTION	36	ALL	{ BBB\|226-253 }
37	X-RAY DIFFRACTION	37	ALL	{ BBB\|254-266 }
38	X-RAY DIFFRACTION	38	ALL	{ BBB\|267-280 }
39	X-RAY DIFFRACTION	39	ALL	{ BBB\|281-294 }
40	X-RAY DIFFRACTION	40	ALL	{ BBB\|295-300 }
41	X-RAY DIFFRACTION	41	ALL	{ CCC\|4-12 }
42	X-RAY DIFFRACTION	42	ALL	{ CCC\|13-27 }
43	X-RAY DIFFRACTION	43	ALL	{ CCC\|28-37 }
44	X-RAY DIFFRACTION	44	ALL	{ CCC\|38-54 }
45	X-RAY DIFFRACTION	45	ALL	{ CCC\|55-79 }
46	X-RAY DIFFRACTION	46	ALL	{ CCC\|80-96 }
47	X-RAY DIFFRACTION	47	ALL	{ CCC\|97-111 }
48	X-RAY DIFFRACTION	48	ALL	{ CCC\|112-118 }
49	X-RAY DIFFRACTION	49	ALL	{ CCC\|119-136 }
50	X-RAY DIFFRACTION	50	ALL	{ CCC\|137-147 }
51	X-RAY DIFFRACTION	51	ALL	{ CCC\|148-168 }
52	X-RAY DIFFRACTION	52	ALL	{ CCC\|169-181 }
53	X-RAY DIFFRACTION	53	ALL	{ CCC\|182-195 }
54	X-RAY DIFFRACTION	54	ALL	{ CCC\|196-200 }
55	X-RAY DIFFRACTION	55	ALL	{ CCC\|201-213 }
56	X-RAY DIFFRACTION	56	ALL	{ CCC\|214-225 }
57	X-RAY DIFFRACTION	57	ALL	{ CCC\|226-258 }
58	X-RAY DIFFRACTION	58	ALL	{ CCC\|259-280 }
59	X-RAY DIFFRACTION	59	ALL	{ CCC\|281-294 }
60	X-RAY DIFFRACTION	60	ALL	{ CCC\|295-301 }
61	X-RAY DIFFRACTION	61	ALL	{ DDD\|3-14 }
62	X-RAY DIFFRACTION	62	ALL	{ DDD\|15-27 }
63	X-RAY DIFFRACTION	63	ALL	{ DDD\|28-34 }
64	X-RAY DIFFRACTION	64	ALL	{ DDD\|35-45 }
65	X-RAY DIFFRACTION	65	ALL	{ DDD\|46-87 }
66	X-RAY DIFFRACTION	66	ALL	{ DDD\|88-97 }
67	X-RAY DIFFRACTION	67	ALL	{ DDD\|98-111 }
68	X-RAY DIFFRACTION	68	ALL	{ DDD\|112-126 }
69	X-RAY DIFFRACTION	69	ALL	{ DDD\|127-136 }
70	X-RAY DIFFRACTION	70	ALL	{ DDD\|137-147 }
71	X-RAY DIFFRACTION	71	ALL	{ DDD\|148-160 }
72	X-RAY DIFFRACTION	72	ALL	{ DDD\|161-170 }
73	X-RAY DIFFRACTION	73	ALL	{ DDD\|171-194 }
74	X-RAY DIFFRACTION	74	ALL	{ DDD\|195-200 }
75	X-RAY DIFFRACTION	75	ALL	{ DDD\|201-217 }
76	X-RAY DIFFRACTION	76	ALL	{ DDD\|218-229 }
77	X-RAY DIFFRACTION	77	ALL	{ DDD\|230-258 }
78	X-RAY DIFFRACTION	78	ALL	{ DDD\|259-280 }
79	X-RAY DIFFRACTION	79	ALL	{ DDD\|281-294 }
80	X-RAY DIFFRACTION	80	ALL	{ DDD\|295-301 }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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