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Yorodumi- PDB-8ofk: Crystal structure of the cysteine-rich Gallus gallus urate oxidas... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 8ofk | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of the cysteine-rich Gallus gallus urate oxidase in complex with the 8-azaxanthine inhibitor under reducing conditions (space group C 2 2 21) | |||||||||
Components | Uricase | |||||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / COFACTOR-FREE OXIDASE / INHIBITOR / DIOXYGEN BINDING / CYSTEINE | |||||||||
| Function / homology | factor-independent urate hydroxylase / Uricase / Uricase / purine nucleobase metabolic process / peroxisome / oxidoreductase activity / 8-AZAXANTHINE / OXYGEN MOLECULE / Uricase Function and homology information | |||||||||
| Biological species | ![]() | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.713 Å | |||||||||
Authors | Di Palma, M. / Chegkazi, M. / Bui, S. / Mori, G. / Percudani, R. / Steiner, R.A. | |||||||||
| Funding support | United Kingdom, Italy, 2items
| |||||||||
Citation | Journal: Mol.Biol.Evol. / Year: 2023Title: Cysteine Enrichment Mediates Co-Option of Uricase in Reptilian Skin and Transition to Uricotelism. Authors: Mori, G. / Liuzzi, A. / Ronda, L. / Di Palma, M. / Chegkazi, M.S. / Bui, S. / Garcia-Maya, M. / Ragazzini, J. / Malatesta, M. / Della Monica, E. / Rivetti, C. / Antin, P.B. / Bettati, S. / ...Authors: Mori, G. / Liuzzi, A. / Ronda, L. / Di Palma, M. / Chegkazi, M.S. / Bui, S. / Garcia-Maya, M. / Ragazzini, J. / Malatesta, M. / Della Monica, E. / Rivetti, C. / Antin, P.B. / Bettati, S. / Steiner, R.A. / Percudani, R. #1: Journal: tobedecided / Year: 2023 Title: Crystal structure of the cysteine-rich Gallus gallus urate oxidase in complex with the 8-azaxanthine inhibitor under reducing conditions (space group C 2 2 21) Authors: Di Palma, M. / Chegkazi, M. / Mori, G. / Percudani, R. / Steiner, R.A. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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| PDBx/mmCIF format | 8ofk.cif.gz | 502.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb8ofk.ent.gz | Display | PDB format | |
| PDBx/mmJSON format | 8ofk.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 8ofk_validation.pdf.gz | 2.5 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 8ofk_full_validation.pdf.gz | 2.6 MB | Display | |
| Data in XML | 8ofk_validation.xml.gz | 55 KB | Display | |
| Data in CIF | 8ofk_validation.cif.gz | 79.4 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/8ofk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/8ofk | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 8oh8C ![]() 8oihC ![]() 8oiwC C: citing same article ( |
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| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Components on special symmetry positions |
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| Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules AAABBBCCCDDD
| #1: Protein | Mass: 39109.887 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() References: UniProt: A0A8V0ZED1, factor-independent urate hydroxylase |
|---|
-Non-polymers , 5 types, 980 molecules 








| #2: Chemical | ChemComp-AZA / #3: Chemical | ChemComp-OXY / #4: Chemical | ChemComp-EDO / #5: Chemical | ChemComp-CL / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | Y |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.56 Å3/Da / Density % sol: 52.03 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.8 Details: His6-tagged GgUOX at approx. 22 mg/ml in 50 mM Tris-HCl pH 8.0, 10 mM NaCl, 1 mM TCEP-HCl was incubated with a 20-fold molar excess of AZA. Crystals were obtained by mixing the protein with ...Details: His6-tagged GgUOX at approx. 22 mg/ml in 50 mM Tris-HCl pH 8.0, 10 mM NaCl, 1 mM TCEP-HCl was incubated with a 20-fold molar excess of AZA. Crystals were obtained by mixing the protein with 8% PGA-LM, 0.3M KBr, 0.1M Tris-HCl pH 7.8 using a 1:1 ratio |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I24 / Wavelength: 0.9795 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 20, 2021 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.713→81.502 Å / Num. obs: 169907 / % possible obs: 98.9 % / Redundancy: 4.4 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rpim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 8.7 |
| Reflection shell | Resolution: 1.713→1.742 Å / Redundancy: 4 % / Rmerge(I) obs: 1.418 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 8369 / CC1/2: 0.345 / Rpim(I) all: 0.768 / % possible all: 98.2 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.713→81.502 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 6.416 / SU ML: 0.097 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.093 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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| Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 35.416 Å2
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| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.713→81.502 Å
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| Refine LS restraints |
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| Refine LS restraints NCS |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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